RNA-seq

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: scRNA-Seq_papers:来自我们阅读小组的单细胞 RNA-Seq 论文列表到目前为止，这是一些单细胞 RNA-Seq (scRNA-Seq) 论文的非详尽列表。粗体的论文是我稍微偏向于覆盖的论文。这些论文包括分析方法、协议、评论和应用。论文列表 2015年 2014年使用单细胞 RNA-seq 重建远端肺...
评级：0 浏览量：361 收藏量：0 资源大小：2KB 上传时间：2021-06-03

: RNA-Seq-Analysis RNA序列分析此仓库包含一些功能，我可能会一再使用它们进行RNA Seq数据的差异表达分析。
评级：0 浏览量：151 收藏量：0 资源大小：248KB 上传时间：2021-04-17

: hppRNA:用于 RNA-Seq 分析的基于 Snakemake 的便捷无参数管道-开源 hppRNA包专用于从头到尾同时对大量样本进行RNA-Seq分析，在Snakemake管道管理系统中制定。它从fastq文件开始，结合最先进的软件，将生成基因/异构体表达矩阵、差异表达基因、样本簇以及SNP和融合基因的检测。第一...
评级：0 浏览量：263 收藏量：0 资源大小：13.43MB 上传时间：2021-06-28

: RNASeq_pipeline:用于 RNA-Seq 数据处理的脚本集用于 RNA-Seq 数据处理的脚本集，特别是差异表达分析要求R 包和软件： R >= 3.1.2，使用 /cluster/project8/vyp/vincent/Software/R-3.1.2/bin/RDESeq >= 1.18 DEXSeq >= 1.10.8 BiocParallel >= 1.0.1 DEXSeq安装...
评级：0 浏览量：397 收藏量：1 资源大小：28KB 上传时间：2021-06-28

: rnaseq:RNA-seq分析 RNA-seq管线设置在raw运行中，先执行./fetch_data.sh ，然后执行./create_index.sh 。在src运行./fetch_binaries.sh （需要的MacOS或Linux）， ./setup_samtools.sh和./setup_rsem.sh （需要各种库编译）。 ...
评级：0 浏览量：660 收藏量：2 资源大小：5.37MB 上传时间：2021-04-28

: TCGA的RNA-seq数据id转换 TCGA 的 RNA-seq 文件的 gene id 是 ENSEMBL 的 RNA id，使用的时候常常需要转化成 gene symbol。此文档介绍了id转换的方法
评级：0 浏览量：2891 收藏量：4 资源大小：405KB 上传时间：2019-04-12

: trinityrnaseq:Trinity RNA-Seq de novo转录组组装三硝唑钠 Trinity RNA-Seq de novo转录组组装请参见主要网页贡献我们鼓励您为三位一体做出贡献！请查看指南。
评级：5 浏览量：901 收藏量：0 资源大小：19.61MB 上传时间：2021-04-06

: rna-seq-pipeline 编码RNA-seq管道概述这是ENCODE-DCC RNA测序管道。流水线的范围是对齐读取，生成信号轨迹以及量化基因和同工型。安装安装说明如何如何指导输入管道描述输出值管道说明参考参考
评级：0 浏览量：102 收藏量：0 资源大小：254.41MB 上传时间：2021-05-08

: scLRTC：scLRTC：通过低秩张量完成输入单细胞RNA-seq数据 scLRTC：通过低秩张量完成对单细胞RNA-seq数据的估算演示版如果您想运行我们提供的演示。步骤1.下载源代码并解压缩MATLAB包。在MATLAB中将当前目录更改为包含脚本的文件夹。步骤2.打开demo.m，然后单击运行按钮...
评级：0 浏览量：108 收藏量：0 资源大小：1.76MB 上传时间：2021-02-09

: RNA-Seq-Pipeline:用 Python 编写的 RNA-Seq 管道 rnaSeqPipelineGLBRC.py 目的： Implementation of the Gasch lab RNA-Seq pipeline.输入： A text file with RNA-Seq fastq files to be processed.请使用专用目录来运行管道。创建您的目录并将您的 fastq 文件...
评级：2 浏览量：428 收藏量：0 资源大小：11KB 上传时间：2021-06-06

: 通过整合ChIP-seq和RNA-seq数据揭示跨细胞系的转录因子和组蛋白修饰共定位和动态基因组学技术的最新发展实现了通过RNA-seq进行转录谱分析和通过ChIP-seq进行蛋白质结合谱分析。对这两种类型数据的综合分析使我们能够从基因组共定位和下游靶基因表达中研究TF和HM的相互作用。结果：我们提出了一...
评级：5 浏览量：1002 收藏量：0 资源大小：2.19MB 上传时间：2021-03-07

: RSCS:RNA-seq和小RNA-seq组合策略 RSCS 在这里，我们开发了一种集成了RNA-seq和小RNA-seq数据（称为RSCS）的计算流水线，该策略极大地提高了多种哺乳动物样品中转录组注释的分辨率和准确性。
评级：0 浏览量：149 收藏量：0 资源大小：12KB 上传时间：2021-04-02

: 鲑鱼：使用选择性比对，可从RNA-seq读取物中进行高精度且快速的转录本水平定量有关更多信息，请在最新修订的预印本查看我们的广泛基准测试，以比较不同的比对方法及其在RNA-seq定量方面的性能。请使用该的逐步指南，了解如何有效地索引参考转录组和基因组，以进行基于准确的双端核糖核酸的RNA...
评级：0 浏览量：178 收藏量：0 资源大小：7.22MB 上传时间：2021-03-03

: sashimiplot:一个JBrowse插件，用于根据RNA-seq数据创建生鱼片或接合点样式图具有将RNA-seq BAM文件转换为内含子支持覆盖率功能的商店类，添加菜单选项的轨道类型以及绘制弧线的特征字形。追踪选项 style-> color-返回颜色字符串的颜色字符串（RGB，HSL，十六进制）或回调函数。对于正链，...
评级：0 浏览量：315 收藏量：0 资源大小：423KB 上传时间：2021-05-12

: sciPath:通过整合途径改善单细胞RNA-seq聚类通过整合途径改善单细胞RNA-seq聚类内容描述我们设计了一个框架（sciPath），以通过整合途径来研究现有单细胞聚类的准确性和鲁棒性，包括10种最新的单细胞聚类方法和4种途径数据库，途径整合方法和一套完整的评估...
评级：0 浏览量：127 收藏量：0 资源大小：23.76MB 上传时间：2021-03-26

: kallisto:接近最佳的RNA-Seq定量在具有标准RNA-Seq数据的基准测试中， kallisto可以在Mac台式计算机上不到3分钟的时间内，仅使用读取序列和本身需要10分钟即可完成的转录组索引，就可以定量分析3000万个人的大量RNA-seq读数。读数的伪比对保留了...
评级：0 浏览量：338 收藏量：1 资源大小：2.71MB 上传时间：2021-04-28

: RNAseq_ChIPseq_course:使用PAF1 Cell 2015进行RNA-seq和ChIP-seq数据分析简介 RNA-seq和ChIP-seq数据分析：课程资料数据和会话设置资料呈现会话设置序列，注释和索引基因组序列（fasta）注释（GTF文件）： STAR指数 Bowtie2指数笔录序列原始数据（读取） RNA序列原始读取-质量控制-...
评级：0 浏览量：177 收藏量：0 资源大小：7.97MB 上传时间：2021-05-09

: BlackOPs: RNA-Seq Variant Blacklist Tool:黑行动-开源该页面包含必要的软件，用于表征RNA-Seq读段的可定位性，并创建错配读段的基因组位置的“黑名单”。此黑名单可用于过滤来自变体或RNA编辑调用的潜在误报。 CR Cabanski等人在“ BlackOPs：通过可映射性过滤提高变异...
评级：0 浏览量：57 收藏量：0 资源大小：10.03MB 上传时间：2021-05-27

: 论文研究 - RNA-Seq和散装分离基因分析与高生长的相关基因我们通过在转录组水平上开发多态性分子标记，将mRNA测序（RNA-Seq）与大量分离子分析（BSA）结合起来，精细绘制重要的农艺性状基因。在这项研究中，对银杏半同胞家族的高生长（GD）和低生长（BD）样品进行了转录组...
评级：0 浏览量：220 收藏量：0 资源大小：3.97MB 上传时间：2020-05-23

: spladder:用于检测和定量RNA-Seq数据中可变剪接事件的工具本自述文件介绍了SplAdder软件，它是Splicing Adder的缩写，SplAdder是基于RNA-Seq比对数据进行选择性剪接分析的工具箱。简而言之，该软件以标准格式获取给定的批注和RNA-Seq读取比对，将批注转换为剪接图表示形式...
评级：0 浏览量：384 收藏量：0 资源大小：5.11MB 上传时间：2021-05-16

: matlab集成c代码-RNA-seq:RNA序列 Matlab集成的c代码RNA序列工具出版年份特色功能程式语言包经理所需的专业知识软件网址类型 1.旨在托管源代码的Web服务 2.其他（例如个人和/或大学网络服务）一种。数据质量控制 iSeqQC 2020年基于表达式...
评级：0 浏览量：102 收藏量：0 资源大小：3.71MB 上传时间：2021-05-22

: RNA-seq、FPKM和Cuffdiff RNA-seq即转录组测序技术，是将细胞内mRNA，nonconding-RNA等RNA或其中一些提取出来利用高通量测序技术进行测序和分析的技术，RNA-seq分析的主要目的是分析RNA对应基因的表达量。 RNA-seq的主要步骤如下：分离RNA...
评级：0 浏览量：1143 收藏量：0 资源大小：439KB 上传时间：2021-01-06

: SOAPfuse:一种从双端 RNA-Seq 数据中识别融合转录本的工具-开源 SOAPfuse 是一种开源工具，开发用于从双端 RNA-Seq 数据中全基因组检测融合转录本。与之前发布的工具相比，SOAPfuse 具有良好的性能。它是用 perl 开发的，只能在 linux 操作系统上使用。运行整个分析需要大约 8G...
评级：0 浏览量：160 收藏量：0 资源大小：40.84MB 上传时间：2021-06-28

: RNA-seq数据分析实用方法(2015) RNA-seq数据分析实用方法，包含了RNA-seq数据分析的各个方面。
评级：4 浏览量：3036 收藏量：9 资源大小：10.19MB 上传时间：2018-10-11

: RNA-seq Data Analysis RNA-seq 实战, 介绍了大量主流软件,并提供了研究流程与思路.
评级：0 浏览量：525 收藏量：0 资源大小：13.05MB 上传时间：2019-02-25

: eFP-Seq_Browser:一种RNA-Seq数据探索工具，可根据其RPKM表达水平显示目标基因的阅读图谱以及彩色的“电子... eFP-Seq-浏览器eFP-Seq浏览器是一种RNA-Seq数据探索工具，可显示感兴趣的基因的阅读图谱以及“电子荧光象形”（eFP）图像。如果随SAM / BAM（及其索引文件）一起提供，此网络工具还可以生成新的数据集，以可视化...
评级：0 浏览量：615 收藏量：0 资源大小：33.35MB 上传时间：2021-05-03

: celltypes：用于反卷积RNA-seq的项目文件用于反卷积RNA-Seq的项目文件。
评级：0 浏览量：173 收藏量：0 资源大小：6.09MB 上传时间：2021-03-04

: RNA-seq Data Analysis a practical approach.zip RNA-seq数据分析实用方法, 介绍了RNA-seq分析的很多方法，比如edgeR，limma包等。
评级：0 浏览量：582 收藏量：0 资源大小：10.99MB 上传时间：2020-03-28

: 使用基于模型的框架从RNA-seq数据中定量环状RNA表达使用基于模型的框架从RNA-seq数据中定量环状RNA表达
评级：0 浏览量：70 收藏量：0 资源大小：552KB 上传时间：2021-03-12

: rna-seq-vae：使用变分自动编码器生成合成基因表达数据 GTEx数据集（V8）的条件变量自动编码器该项目旨在使用生成模型生成合成基因表达数据。我们首先研究数据的3D表示形式以及可能要依据的变量，以便有效地分离分布。当前模型以组织为条件。组织着色的GTEx数据集...
评级：0 浏览量：482 收藏量：2 资源大小：1.65MB 上传时间：2021-02-26

: brainmapr:R包通过将单细胞RNA-seq数据与来自Allen发育中小鼠大脑图集的原位RNA模式整合来推断发育中小鼠... 我们通过将单细胞RNA-seq数据与原位RNA模式整合在一起，开发了brainmapr来推断发育中的小鼠脑内神经祖细胞亚群的空间位置。首先使用单细胞RNA-seq数据鉴定推定的神经祖细胞亚群。分析可鉴定与每个亚群相关的基因...
评级：0 浏览量：126 收藏量：0 资源大小：19.95MB 上传时间：2021-05-21

: scRNA.seq.course：单细胞RNA-seq数据过程的分析 scRNA-seq的主要优点是细胞分辨率和全基因组范围使解决其他方法难以解决的问题成为可能，例如批量RNA-seq或单细胞RT-qPCR。但是，要分析scRNA-seq数据，需要新颖的方法，为批量RNA-seq实验开发的方法的一些基本...
评级：5 浏览量：858 收藏量：2 资源大小：12.48MB 上传时间：2021-02-05

: grape-nf:使用Nextflow的自动RNA-seq管道 Grape提供了广泛的RNA-Seq分析渠道。它允许创建自动化和集成的工作流程来管理和分析RNA-Seq数据。它使用作为执行后端。请查看以获取更多信息。在IHEC联盟中，Grape已被用于RNA-seq整合分析。根据IHEC建议，...
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: RNA-combine:RNA-seq数据综合数据分析工具箱 1批量NGS RNA-seq数据分析 1.1预处理_RNA 预处理bulf RNA-seq数据。输入是fastq文件。输出主要包括对齐的bam文件和基因计数矩阵，中间文件保存在4个目录中。 1.rm_rrna删除rRNA序列后保存序列，日志文件记录每个...
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: circrna:circRNA定量，差异表达分析和miRNA靶标预测RNA-Seq数据 RNA-Seq数据中circRNA的定量，差异表达分析和miRNA目标预测分析的工作流程。介绍 nf-core / circrna是一种生物信息学流水线，用于定量，miRNA靶标预测和RNA测序数据中存在的circRNA的差异表达分析（当前支持总RNA-...
评级：5 浏览量：1265 收藏量：0 资源大小：990KB 上传时间：2021-03-11

: olego:OLego –短或长RNA-seq读图，可发现外显子连接-开源 OLego是专门为从头剪接mRNA-seq读图而设计的程序。 OLego采用播种和扩展方案，并且不依赖于单独的外部映射器。通过使用很小的种子（12-14 nt），使用Burrows-Wheeler变换（BWT）和FM-index进行有效映射，可以实现高...
评级：0 浏览量：113 收藏量：0 资源大小：1.36MB 上传时间：2021-04-29

: kallisto-nf:Kallisto和Sleuth RNA-Seq工具的nextflow实现 Kallisto和Sleuth RNA-Seq工具的Nextflow实现快速开始确保您已在上一节中列出了所有必需的依赖项。通过运行以下命令来安装Nextflow运行时： $ curl -fsSL get.nextflow.io | bash 完成后，您可以通过输入以下...
评级：0 浏览量：161 收藏量：0 资源大小：107.07MB 上传时间：2021-05-15

: gogadget:用于解释和可视化RNA-seq GO分析的工具箱-开源 gogadget是一个R包，可以帮助可视化和解释RNA序列数据的GO富集分析。它是专门为与goseq结合使用而开发的。用户指南中详细介绍了此软件包中提供的功能。要安装软件包，请下载“ gogadget_2.1.tar.gz”文件，打开R...
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: RNA-Seq-annotation-and-comparison RNA-Seq-注释和比较 Olson_lab 存储库 Augustus_gene_predict_RNA_seq_data 存储库：augustus_beocat.txt - autoAugPred.pl - intron_filter.pl - shellForAug - KSU_bioinfo_lab 引用为：Jennifer Shelton 等人...
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: rnatoy:使用Nextflow的概念验证RNA-Seq管道 RNA-Seq玩具管道 RNA-Seq管道概念的证明，旨在显示Nextflow脚本和可重复性功能。如何执行在您的计算机上安装Docker。在此处了解更多信息安装Nextflow（版本20.01.0或更高版本） curl -fsSL get.nextflow.io | ...
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: RASflow:RNA-Seq分析工作流程 RASflow：RNA-Seq分析Snakemake工作流程 RASflow是一种模块化，灵活且用户友好的RNA-Seq分析工作流程。 RASflow可以应用于模型生物和非模型生物。它支持将RNA-Seq原始读物映射到基因组和转录组（可以从公共数据库...
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: 寻找RNA：全面的质量控制和定量RNA-seq流程 RNA-seek是一个全面的开放源代码RNA-seq管道，它依赖于诸如和来保持最高水平的可重复性。该管道包括由精心策划的一系列数据处理和质量控制步骤，是一种灵活且可扩展的工作流管理系统，用于将作业提交给集群或云...
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: Bulk_and_singlecell_RNA-seq_pipeline:RT实验室癌症表观遗传学大量RNA序列 Bulk_and_singlecell_RNA-seq_pipeline RT实验室癌症表观遗传学批量和单细胞RNA序列
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: COPILOT:单细胞RNA-seq预处理工具，用于UMI计数的逐细胞矩阵。建议使用scKB管道生成的原始拼接和非拼接... 单细胞RNA-seq预处理工具，用于UMI计数的逐细胞矩阵。该工具提供的简单摘要文件可直接与10X Genomics开发的CellRanger 3.1进行比较。建议使用scKB管道生成的原始的拼接和非拼接计数矩阵作为COPILOT的输入。引文 ...
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: RNA-seq-workshop：RNA-seq-workshop RNA序列工作室这次RNA-seq研讨会旨在让您开始自己的RNA-seq分析，并假设您已经熟悉bash和R的基础知识。我们将使用NeSI HPC进行某些分析，因此请确保您拥有NeSI帐户并且能够登录。浏览讲习班的准备文件，以确保您...
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: 一种基于概率模型的RNA-Seq数据分析方法 RNA-Seq是基于高通量测序技术对转录组进行研究的实验技术，该技术正成为分析基因表达水平的重要实验手段。真核生物中普遍存在的选择性剪切导致从RNA-Seq读段到参考序列存在剪切异构体多源映射，并且读段在参考序列上...
评级：0 浏览量：164 收藏量：1 资源大小：449KB 上传时间：2021-03-16

: RNAseqR:RNA-seq表达分析工具-开源 RNAseqR专为RNA-seq数据的表达分析而设计，最适合分析多个未复制的文库。它是当前为Linux系统编译的C ++编码程序。借助GUI和命令行界面，它可以使用负二项式累积分布函数（CDF）或R检验统计量进行log，PPM和/或...
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: single-cell-pseudotime:估计单细胞RNA-seq数据中伪时间的算法概述单细胞RNA-seq伪时间估计算法单细胞，许多算法。此页面的目标是对许多算法进行分类，这些算法根据细胞的基因表达水平来估计细胞的伪时间。此问题也称为单细胞轨迹推断或排序。最终，它将包含方法名称，软件链接...
评级：0 浏览量：284 收藏量：0 资源大小：17KB 上传时间：2021-05-01

: Rascaf:具有RNA-seq读取比对的支架 Rascaf（RnA-seq SCAFfolder）使用来自配对末端RNA-seq读数的连续性和顺序信息来改善草图装配，尤其是在基因区域。它以装配体和与基因组对齐的一个或几个RNA-seq数据集为输入，并在装配体中募集额外的重叠群，可能...
评级：0 浏览量：81 收藏量：0 资源大小：996KB 上传时间：2021-05-02

: SMARTer-Analysis:该存储库包含用于分析从小鼠胸腺细胞使用Smart-seq2和SMARTer协议生成的单细胞RNA-... 该存储库包含脚本，该脚本用于分析使用Smart-seq2和SMARTer协议从小鼠胸腺细胞生成的单细胞RNA-seq数据，以研究CD4 CD8谱系选择和分化的顺序和逻辑。该存储库中的脚本来自研究- Karimi，MM，Guo，Y.，Cui，X.，...
评级：0 浏览量：133 收藏量：0 资源大小：21.86MB 上传时间：2021-05-08

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