RNA-combine:RNA-seq数据综合数据分析工具箱

RNA结合 用于对多个平台转录组数据进行综合分析的工具包 原理图 RNA组合主要包含三个模块：NGS批量RNA序列数据分析，scRNA序列数据分析，PacBio数据分析 用法 将代码下载到您的目录。 要在每个目录中使用功能模块，首先，需要在配置文件中编辑相关模块的参数，例如软件路径，原始测序数据的路径。 此过程非常简单，因为所有参数均在配置文件中进行了说明。 然后，运行相应的bash命令。 1批量NGS RNA-seq数据分析 1.1预处理_RNA 预处理bulf RNA-seq数据。 输入是fastq文件。 输出主要包括对齐的bam文件和基因计数矩阵，中间文件保存在4个目录中。 1.rm_rrna删除rRNA序列后保存序列，日志文件记录每个样品的rRNA信息。 2.剪掉适配器和低质量碱基后修剪序列，日志文件记录剪切序列的信息。 3.align保存对齐的bam文件，日志文件记录对齐信息。