kallisto-nf:Kallisto和Sleuth RNA-Seq工具的nextflow实现

Kallisto-NF Kallisto和Sleuth RNA-Seq工具的Nextflow实现 快速开始 确保您已在上一节中列出了所有必需的依赖项。 通过运行以下命令来安装Nextflow运行时： $ curl -fsSL get.nextflow.io | bash 完成后，您可以通过输入以下所示的命令来启动管道执行： $ nextflow run cbcrg/kallisto-nf 默认情况下，对提供的示例数据集执行管道。 检查下面的“管道参数”部分，以了解如何在程序命令行中输入数据。 管道参数 --reads 指定读取的fastq文件的位置。 可以使用通常的通配符（*，？）指定多个文件，在这种情况下，请确保参数字符串值用单引号引起来（请参见下面的示例） 它必须以.fastq 。 参与的任务：Kallisto映射。 默认情况下，它设置为Kallisto-NF的位