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kf-rnaseq-workflow:适用于Kids-First DRC的RNA-Seq工作流程
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2021-02-18
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Kids First RNA-Seq工作流程 这是Kids First RNA-Seq管道,其中包括融合和表达检测。 介绍 如果有必要,该管道利用cutadapt修剪原始读取的适配器,并将读取的数据传递给STAR进行对齐。 RSEM将比对输出用于基因表达丰度估计。 此外,Kallisto用于定量,但使用伪比对从原始数据估算基因丰度。 使用STAR对齐输出上的Arriba和STAR-Fusion检测工具执行融合调用。 融合调用的过滤和优先级由annoFuse完成。 工作流程的指标由RNA-SeQC生成。 如果您想使用cavatica公共应用程序运行此工作流程,请在找到有关运行公共应用程序的基本入门。 另外,如果您想使用cwltool在本地运行,可以在找到其基础入门,并与以下自述文件中与应用程序特定的信息结合使用。 此工作流程是当前的生产工作流程,等效于此。 Cutadapt 如果需要,可
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kf-rnaseq-workflow-master.zip (33个子文件)
kf-rnaseq-workflow-master
docs
kfdrc-rnaseq-workflow.png 505KB
dataservice.png 57KB
drc_logo.png 10KB
tools
arriba_draw_fusion.cwl 1KB
fusion_annotator.cwl 1KB
kallisto_calc_expression_with_fusion.cwl 1KB
samtools_sort.cwl 1KB
rsem_calc_expression.cwl 1KB
annoFuse.cwl 1KB
samtools_flagstat.cwl 606B
kallisto_calc_expression.cwl 1KB
format_fusion_file.cwl 956B
star_align.cwl 3KB
pizzly_fusion.cwl 906B
samtools_fastq.cwl 3KB
expression_parse_strand_param.cwl 1KB
star_genomegenerate.cwl 952B
arriba_fusion.cwl 2KB
cutadapter.cwl 2KB
supplemental_tar_gz.cwl 935B
star_fusion.cwl 1KB
RNAseQC.cwl 1KB
METHOD.md 1KB
.github
PULL_REQUEST_TEMPLATE.md 1KB
workflows
sync_pr_template.yml 2KB
LICENSE 11KB
.gitignore 56B
workflow
kfdrc-rnaseq-workflow.cwl 18KB
kfdrc_flagstat_qc.cwl 587B
kfdrc_RNAseq_workflow.cwl 13KB
kfdrc_annoFuse_wf.cwl 2KB
README.md 11KB
deprecated
arriba_fusion.cwl 2KB
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Demeyi-邓子
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