没有合适的资源?快使用搜索试试~ 我知道了~
nf-rnaseq-bacteria:Nextflow管道,用于从NCBI SRA下载和处理微生物RNA序列数据
共18个文件
config:4个
py:4个
md:3个
需积分: 9 4 下载量 126 浏览量
2021-03-05
07:28:45
上传
评论
收藏 16KB ZIP 举报
温馨提示
模数流 Nextflow管道,用于从NCBI SRA下载和处理微生物RNA序列数据 设置 安装 检查的Java 8或更高版本安装使用: java -version 将nextflow下载到当前目录: curl -s https://get.nextflow.io | bash curl -s https://get.nextflow.io | bash 通过运行以下./nextflow run hello测试安装: ./nextflow run hello 安装 为您的数据集准备元数据文件。 使用来获取指定生物的所有元数据。 要附加本地数据,您可以向tsv文件中添加新行,并填写以下各列: Experiment :对于公共数据,这是您的SRX ID。 对于本地数据,应使用标准化的ID命名数据(例如ecoli_0001) LibraryLayout :要么成对或非单 Platfo
资源推荐
资源详情
资源评论
收起资源包目录
nf-rnaseq-bacteria-main.zip (18个子文件)
nf-rnaseq-bacteria-main
conf
docker.config 961B
local.config 451B
user.config 359B
README.md 300B
multiqc_config.yaml 836B
download_metadata
download_metadata 2KB
README.md 646B
clean_metadata_file.py 954B
nextflow.config 1KB
LICENSE 1KB
main.nf 12KB
README.md 3KB
.gitignore 2KB
bin
merge_summaries.sh 476B
parse_direction.py 1KB
assemble_tpm.py 1KB
stage_fastq.sh 558B
assemble_qc_stats.py 1KB
共 18 条
- 1
资源评论
cestZOE
- 粉丝: 27
- 资源: 4547
上传资源 快速赚钱
- 我的内容管理 展开
- 我的资源 快来上传第一个资源
- 我的收益 登录查看自己的收益
- 我的积分 登录查看自己的积分
- 我的C币 登录后查看C币余额
- 我的收藏
- 我的下载
- 下载帮助
安全验证
文档复制为VIP权益,开通VIP直接复制
信息提交成功