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Intro-to-rnaseq-hpc-gt:使用HPC的RNA-seq简介
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2021-05-16
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使用高性能计算(HPC)的RNA-seq简介 描述 该资料库提供了为期2天的RNA测序数据分析研讨会的教学材料。 该研讨会的重点是教授基本的计算技能,以有效利用高性能计算环境来实现RNA-seq数据分析工作流程。 它包括对shell(bash)和shell脚本的介绍。 除了运行来自FASTQ文件的RNA-seq工作流程以计算数据外,该研讨会还涵盖了RNA-seq实验设计和数据组织/管理的最佳实践准则。 这些材料是为培训师主导的讲习班开发的,但也适合进行自学学习。 学习目标 了解用于分析高通量测序数据的命令行界面(bash)和HPC的必要性和用途。 了解设计RNA-seq实验并分析所得数据的最佳实践。 内容 Shell基础 经验教训 预计时间 70分钟 45分钟 30分钟 75分钟 50分钟 40分钟 HPC和RNA-seq工作流程 经验教训 预计时间 RNA-seq实验设计最佳实践 5
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Intro-to-rnaseq-hpc-gt-master.zip (86个子文件)
Intro-to-rnaseq-hpc-gt-master
lectures
Intro_to_workshop.pdf 7.43MB
Workshop_wrap_up.pdf 892KB
RNAseq-analysis-methods.pdf 153KB
HPC_intro_genentech.pdf 1.34MB
alignment_and_builds.pdf 2.74MB
rna-seq_design.pdf 2.6MB
sam.md 1KB
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pseudo_count_comparison-sailfish.png 25KB
rnaseq_workflow_trimming.png 49KB
R_screenshot.png 57KB
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Slide1.jpg 25KB
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rnaseq_workflow_FASTQC.png 49KB
SAM_file.png 42KB
FastQC_contam.png 106KB
putty-2.PNG 54KB
alignmentfree_workflow_aug2017.png 101KB
pseudo_count_comparison.png 152KB
sam_bam.png 40KB
Filezilla_step2.png 82KB
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putty-1.PNG 59KB
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alignment_STAR_step4.png 20KB
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scripts
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mov10_fastqc.run 662B
rnaseq_analysis_on_allfiles_for-slurm.sh 260B
salmon_all_samples.sh 384B
lessons
04_loops_and_scripts.md 14KB
05_permissions_and_environment_variables.md 10KB
03_vim.md 9KB
09_automating_workflow.md 14KB
DE_analysis.md 15KB
08_rnaseq_workflow.md 19KB
07_assessing_quality.md 14KB
06_data_organization.md 11KB
01_the_filesystem.md 25KB
02_searching_files.md 12KB
10_salmon.md 15KB
assets
images
dna-sequence-1600x800.jpg 201KB
css
style.scss 338B
README.md 3KB
_config.yml 68B
schedule
README.md 3KB
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