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hppRNA:用于 RNA-Seq 分析的基于 Snakemake 的便捷无参数管道-开源
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2021-06-28
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hppRNA包专用于从头到尾同时对大量样本进行RNA-Seq分析,在Snakemake管道管理系统中制定。 它从fastq文件开始,结合最先进的软件,将生成基因/异构体表达矩阵、差异表达基因、样本簇以及SNP和融合基因的检测。 第一个版本处理蛋白质编码基因、lncRNA 和 circRNA,包括六个核心工作流程,例如 (1) Tophat - Cufflink - Cuffdiff; (2) Subread - featureCounts - DESeq2; (3) STAR-RSEM-EBSeq; (4) 领结-eXpress-edgeR; (5) kallisto - 侦探; (6) HISAT - StringTie - Ballgown。 使用本包时请引用以下论文:王大鹏。 hppRNA——一种基于 Snakemake 的方便的无参数管道,用于对大量样本进行 RNA-Seq 分析。 生物信息学简报,第 19 卷,第 4 期,2018 年 7 月 20 日,第 622-626 页。
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hppRNA:用于 RNA-Seq 分析的基于 Snakemake 的便捷无参数管道-开源 (134个子文件)
README.md 1KB
hppRNA_manual.pdf 1.4MB
generate_hppRNA_main_snakemake.pl 298KB
generate_hppRNA_installation.pl 49KB
generate_Subread_Rscript.pl 5KB
generate_featureCounts_DESeq2_Rscript.pl 4KB
statistics_read_number_new.pl 4KB
generate_Ballgown_DEG_Rscript.pl 4KB
generate_DESeq2_Rscript.pl 3KB
combine_cufflinks_isoform_results_new.pl 3KB
combine_cufflinks_results_new.pl 3KB
statistics_rsubread_align_summary.pl 3KB
combine_eXpress_results.pl 3KB
combine_cuffdiff_results_new.pl 3KB
combine_kallisto_results.pl 3KB
combine_eXpress_counts.pl 3KB
generate_sleuth_Rscript_lncRNA.pl 3KB
generate_sleuth_Rscript.pl 3KB
combine_RSEM_transcript_results.pl 2KB
combine_RSEM_gene_results.pl 2KB
statistics_tophat2_align_summary.pl 2KB
generate_path.pl 2KB
sleuth_transcript2gene.pl 2KB
generate_Ballgown_matrix_Rscript.pl 2KB
classify_result_new_new.pl 2KB
classify_result_new_new_isoform.pl 2KB
generate_PCA_Rscript.pl 2KB
generate_comparison_info_lncRNA.pl 2KB
generate_comparison_info.pl 2KB
generate_heatmap_Rscript.pl 2KB
generate_DESeq2_configure.pl 1KB
generate_DCC_samplesheet.pl 1KB
format_DESeq2_result_strict.pl 1KB
format_DESeq2_result.pl 1KB
identify_noncoding.pl 1KB
select_cuffcompare_class_code.pl 1KB
clean_RPKM_Subread_featureCounts_DESeq2.pl 1KB
clean_RPKM_STAR_featureCounts_DESeq2.pl 1KB
only_FPKM_isoform.pl 1KB
only_FPKM.pl 1KB
combine_cuffdiff_cufflink_new.pl 1KB
combine_cuffdiff_cufflink_isoform_new.pl 1KB
get_transcript_to_gene_table.pl 1KB
Ballgown_fix_FPKM_title.pl 1019B
clean_FPKM.pl 1012B
edgeR_DEG_gene.pl 1010B
sleuth_DEG_gene.pl 1005B
clean_FPKM_STAR_RSEM_EBSeq.pl 976B
generate_DCC_samplesheet_all.pl 970B
generate_cuffmerge_assembly_list.pl 900B
only_pc.pl 728B
extract_transcript_to_gene.pl 696B
get_gene_names.pl 679B
workflow_lncRNA_denovo_paired.snakemake.DAG.png 2.72MB
workflow_1_paired_variation.snakemake.DAG.png 2.65MB
workflow_1_paired.snakemake.DAG.png 1.87MB
workflow_6_paired.snakemake.DAG.png 1.37MB
workflow_2_paired.snakemake.DAG.png 1.09MB
workflow_4_paired.snakemake.DAG.png 1.06MB
workflow_3_paired.snakemake.DAG.png 1.06MB
workflow_circRNA_paired.snakemake.DAG.png 897KB
workflow_5_paired.snakemake.DAG.png 798KB
Subread_featureCounts_DESeq2.DESeq2.R 3KB
STAR_featureCounts_DESeq2.DESeq2.R 3KB
Subread_featureCounts_DESeq2.featureCounts.R 2KB
STAR_featureCounts_DESeq2.featureCounts.R 2KB
circTest.R 1KB
Bowtie_eXpress_edgeR.edgeR.R 1KB
Subread_featureCounts_DESeq2.align.R 957B
Subread_featureCounts_DESeq2.buildindex.R 123B
hppRNA_installation_script.sh 22KB
hppRNA_pipeline.sh 2KB
workflow_1_protein_coding_variation_paired.snakemake 41KB
workflow_1_protein_coding_variation_single.snakemake 40KB
workflow_novel_lncRNA_single.snakemake 39KB
workflow_6_known_lncRNA_single.snakemake 34KB
workflow_6_protein_coding_single.snakemake 34KB
workflow_novel_lncRNA_paired.snakemake 34KB
workflow_1_known_lncRNA_single.snakemake 33KB
workflow_1_protein_coding_single.snakemake 33KB
workflow_1_known_lncRNA_paired.snakemake 33KB
workflow_1_protein_coding_paired.snakemake 33KB
workflow_3_known_lncRNA_single.snakemake 28KB
workflow_3_protein_coding_single.snakemake 28KB
workflow_6_known_lncRNA_paired.snakemake 28KB
workflow_6_protein_coding_paired.snakemake 28KB
workflow_4_known_lncRNA_single.snakemake 27KB
workflow_4_protein_coding_single.snakemake 27KB
workflow_2_known_lncRNA_single.snakemake 25KB
workflow_2_protein_coding_single.snakemake 25KB
workflow_3_known_lncRNA_paired.snakemake 24KB
workflow_3_protein_coding_paired.snakemake 24KB
workflow_5_known_lncRNA_single.snakemake 24KB
workflow_5_protein_coding_single.snakemake 24KB
workflow_2_known_lncRNA_paired.snakemake 24KB
workflow_2_protein_coding_paired.snakemake 24KB
workflow_4_known_lncRNA_paired.snakemake 23KB
workflow_4_protein_coding_paired.snakemake 23KB
workflow_circRNA_paired.snakemake 21KB
workflow_circRNA_single.snakemake 21KB
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