brainmapr:R包通过将单细胞RNA-seq数据与来自Allen发育中小鼠大脑图集的原位RNA模式整合来推断发育中小鼠大脑...

#brainmapr 神经祖细胞在哺乳动物大脑中的空间定位在神经元命运的确定和成熟中起着重要作用。 我们通过将单细胞RNA-seq数据与原位RNA模式整合在一起，开发了brainmapr来推断发育中的小鼠脑内神经祖细胞亚群的空间位置。 首先使用单细胞RNA-seq数据鉴定推定的神经祖细胞亚群。 分析可鉴定与每个亚群相关的基因表达特征。 这些基因的原位表达模式然后在空间上定位每个亚群，以证明亚群的空间隔离。 brainmapr软件包预装了11.5天大的胚胎小鼠的38个基因的ISH数据的小样本。 可通过方便的RData格式获取〜2000个基因的其他ISH数据，这些数据可用于胚胎11.5、13.5、15.5、16.5和18.5，以及出生后4、14、28和56天大的小鼠，可从下载由于GitHub上的文件大小限制而受到限制。 通过提供这些数据格式，我们希望使研究人员能够探索基因表达空间相关性的趋