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scLRTC:scLRTC:通过低秩张量完成输入单细胞RNA-seq数据
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2021-02-09
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scLRTC:通过低秩张量完成对单细胞RNA-seq数据的估算 演示版 如果您想运行我们提供的演示。 步骤1.下载源代码并解压缩MATLAB包。 在MATLAB中将当前目录更改为包含脚本的文件夹。 步骤2.打开demo.m,然后单击运行按钮以获取结果。 然后会生成一个CSV文件。 在此演示中,它称为“ yanltrc.csv”。(行是基因,列是细胞) 如果要使用其他数据集,请将csv文件复制到此文件夹,更改demo.m文件中的文件名和参数,然后单击“运行”按钮以获取结果。 分析 在此文件夹中,我们提供用于单细胞下游分析的部分代码,作为快速实现单细胞下游分析的参考。 SC3软件包是从R Bioconductor( )下载的。 TSCAN软件包是从R Bioconductor( )下载的。 SEURAT软件包是从( )下载的 救命 如果您对使用该软件包有任何疑问或疑问,请联系
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scLRTC-main.zip (17个子文件)
scLRTC-main
process.m 465B
analysis
plot_mask.py 3KB
TSCAN.R 5KB
simulation.R 1KB
DEMAST.R 4KB
tsnekmeans.R 791B
plot_annotated_heatmap.py 6KB
sc3.R 2KB
YANDATA.csv 5.8MB
ADMMLRTC.m 1KB
README.md 1KB
scLRTC.m 2KB
yanlabel.csv 543B
demo.m 247B
private
Pro2TraceNorm.m 801B
Unfold.m 76B
Fold.m 112B
共 17 条
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阿礅
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