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diffxpy:单细胞RNA-seq数据的差异表达分析
共70个文件
py:49个
rst:9个
txt:2个
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2021-05-06
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对单细胞RNA-seq数据进行快速且可扩展的差异表达分析 diffxpy涵盖了单细胞RNA-seq方案中遇到的各种差异表达分析方案,并已集成到工作流程中。 将diffxpy导入为de,将diffxpy.api导入为de,以访问以下与差异表达分析相关的工具: 测试模块中的差异表达分析。* 基于模块de.enrich。*中的差异表达调用的基因集富集分析 有关这些模块的详细信息,请参考和。
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diffxpy-master.zip (70个子文件)
diffxpy-master
MANIFEST.in 50B
README.rst 1KB
.gitattributes 33B
requirements.txt 161B
diffxpy
unit_test
test_twosample.py 7KB
test_partition.py 9KB
test_continuous_null.py 13KB
test_single_de.py 10KB
test_single_sf_null.py 4KB
test_single_null.py 19KB
test_acc_glm_all_numpy_temp.py 1KB
test_data_types.py 4KB
test_vsrest.py 7KB
test_continuous_de.py 5KB
test_pairwise_null.py 6KB
__init__.py 0B
test_constrained.py 9KB
test_extreme_values.py 2KB
test_fit.py 10KB
test_single_external_libs.py 4KB
test_enrich.py 2KB
test_stats.py 8KB
test_single_fullrank.py 3KB
test_numeric_covar.py 1KB
test_backends.py 5KB
test_correction.py 117B
fit
__init__.py 44B
fit.py 42KB
external.py 186B
_version.py 18KB
__init__.py 315B
log_cfg.py 826B
enrichment
enrich.py 15KB
__init__.py 0B
testing
tests.py 107KB
correction.py 833B
utils.py 13KB
__init__.py 130B
det_cont.py 20KB
det_pair.py 24KB
det.py 74KB
api
test.py 139B
enrich.py 89B
utils.py 246B
__init__.py 221B
fit.py 52B
stats.py 423B
stats
__init__.py 0B
stats.py 14KB
pkg_constants.py 474B
versioneer.py 67KB
LICENSE 2KB
setup.cfg 157B
setup.py 1KB
NOTICE 196B
docs
models.rst 2KB
training.rst 2KB
requires.txt 161B
conf.py 5KB
installation.rst 2KB
references.rst 22B
tutorials.rst 3KB
index.rst 438B
Makefile 613B
parallelization.rst 3KB
api
index.rst 3KB
.gitignore 10B
_static
css
custom.css 522B
.readthedocs.yml 46B
.gitignore 214B
共 70 条
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