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scCancer:用于自动处理癌症中单细胞RNA-seq数据的软件包
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2021-05-04
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scCancer 介绍 scCancer软件包专注于处理和分析基于液滴的scRNA-seq数据,用于癌症研究。 除了基本的数据处理步骤外,此软件包还针对癌症特定功能进行了一些特殊考虑。 scCancer的工作流程主要包括三个模块: scStatistics , scAnnotation和scCombination 。 scStatistics对原始数据和质量控制进行基本的统计分析。 scAnnotation执行功能数据分析和可视化,例如低维表示,聚类,细胞类型分类,细胞恶性评估,细胞表型分析,基因特征分析,细胞间相互作用分析等。 scCombination执行多个样本数据集成,批处理效果校正并分析可视化。 经过计算分析后,以用户友好HTML格式生成了详细的图形报告。 () 系统要求 R版本:> = 3.5.0(建议: R 3.6,而不是4.0 ) 提示:对于Windows
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scCancer-master.zip (85个子文件)
scCancer-master
.gitignore 49B
NAMESPACE 2KB
vignettes
.gitignore 11B
scCancer.Rmd 39KB
R
scAnnotation.R 81KB
cnvFunction.R 22KB
scCombination.R 23KB
scStatistics.R 34KB
utils.R 26KB
.Rbuildignore 41B
scCancer.Rproj 356B
man
runGeneSets.Rd 625B
runSeurat.Rd 1KB
runCellClassify.Rd 1KB
runCellCycle.Rd 460B
checkAnnoArguments.Rd 320B
prepareData.Rd 1KB
getCellTypeColor.Rd 319B
plotSeurat.Rd 2KB
ggplot_config.Rd 289B
extractFiles.Rd 992B
plotCellInteraction.Rd 500B
runExprProgram.Rd 898B
checkCombArguments.Rd 321B
predCellType.Rd 617B
genStatReport.Rd 399B
checkStatArguments.Rd 320B
runMalignancy.Rd 2KB
genAnnoReport.Rd 397B
plotMalignancy.Rd 670B
runStemness.Rd 680B
runScStatistics.Rd 2KB
generate10Xdata.Rd 868B
plotGeneSet.Rd 694B
Read10Xdata.Rd 1KB
runSurvival.Rd 1KB
runScCombination.Rd 6KB
runDoublet.Rd 500B
pointDRPlot.Rd 2KB
runScAnnotation.Rd 7KB
getDefaultColors.Rd 383B
runCellInteraction.Rd 780B
plotExprProgram.Rd 822B
markerPlot.Rd 1016B
prepareSeurat.Rd 3KB
clusterBarPlot.Rd 990B
getDefaultMarkers.Rd 486B
getTumorCluster.Rd 782B
getDefaultGeneSets.Rd 452B
README.md 3KB
inst
txt
diss-genes.txt 830B
hg-mm-HomologyGenes.txt 212KB
pcbc-stemsig.tsv 348KB
gene-chr-hg19.txt 1.15MB
PairsLigRec.txt 57KB
gene.chr.txt 155KB
gene-chr-mm10.txt 1.18MB
gene-chr-hg38.txt 1.14MB
cellCycle-genes.txt 556B
hallmark-pathways.txt 50KB
rds
cnvRef_Data-HM.RDS 10.87MB
cellTypeTemplates.RDS 1.3MB
cnvRef_SNN-HM.RDS 571KB
cnvRef_Data-boneMarrow-MS.RDS 6.46MB
cnvRef_SNN-boneMarrow-MS.RDS 340KB
rmd
malign-comb.Rmd 1KB
SoupX.Rmd 343B
main-scAnno.Rmd 11KB
cellTypePred.Rmd 1KB
main-scStat.Rmd 11KB
stemness.Rmd 593B
main-scAnnoComb.Rmd 11KB
exprProgram.Rmd 1KB
cellInteraction.Rmd 1KB
diffExpr.Rmd 707B
cellCalling.Rmd 1KB
filterCell.Rmd 300B
umap.Rmd 305B
malignancy.Rmd 2KB
contamination.Rmd 249B
geneSets.Rmd 1KB
cellCycle.Rmd 519B
doublet.Rmd 1KB
filterGene.Rmd 332B
DESCRIPTION 1KB
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孙洋Sonya
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