RNAseqR:RNA-seq表达分析工具-开源

RNAseqR专为RNA-seq数据的表达分析而设计，最适合分析多个未复制的文库。 它是当前为Linux系统编译的C ++编码程序。 借助GUI和命令行界面，它可以使用负二项式累积分布函数（CDF）或R检验统计量进行log，PPM和/或RPKM（如果提供了长度）转换，以及对差异表达进行统计分析。由Stekel等人介绍用于EST分析。 输出允许根据CDF概率，最高R值或R值与随机数据的比较做出决策。 比较是Stekel等人的可信度度量，或者是在给定的平均表达下观察到的R与预期的R。 随机化是通过泊松或负二项式分布或列改组进行的。