RNA-Seq_tuxedo:使用tophat，袖扣，袖扣和袖扣，您可以分析来自fastq文件的RNA-Seq数据。 参见Tra...

RNA-Seq_tuxedo 使用tophat，袖扣，袖扣和袖扣，您可以分析来自fastq文件的RNA-Seq数据。 参见Trapnell等。 2014年以获取更多信息（ ）。 该python代码是一个可以解压缩fastq文件并调用tophat（ ），袖扣（ ）的管道。 ），cuffmerge（ ）和cuffdiff（ ）自动完成。 请注意，高帽礼帽，袖扣和袖扣可能需要很长时间才能运行。 所有这些都使用默认设置来调用。 如果要添加其他参数，请随意调整代码（打开python脚本并搜索关键字参数，然后按照说明进行操作）。 我建议然后使用R和cummeRbund处理结果数据。 有关更多信息，请使用cummeRbund手册（ ）。 除了python脚本（runtuxedosuite.py）外，您还需要两个文件：文件名文件和目录列表文件。 #### Filenames文件（例如：