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鲑鱼:使用选择性比对,可从RNA-seq读取物中进行高精度且快速的转录本水平定量
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2021-03-03
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试用alevin(鲑鱼的单细胞处理模块)! 开始学习本 试用新的框架进行单细胞分析! 帮助指导鲑鱼的发展, 预先计算的诱饵转录组 tl; dr:快速是好的,但是快速和准确的更好! 尽管预先计算的诱饵(<= v.14.2)仍与最新的主要发行版(v1.0.0)兼容。 我们建议您使用完整的基因组更新索引,因为它可以提供更高的准确性。 有关更多信息,请在最新修订的预印本查看我们的广泛基准测试,以比较不同的比对方法及其在RNA-seq定量方面的性能。 请使用该的逐步指南,了解如何有效地索引参考转录组和基因组,以进行基于准确的双端核糖核酸的RNA序列定量。 具体来说,可以通过3种可能的方式创建鲑鱼指数: 仅限cDNA的索引:salmon_index- ://combine-lab.github.io/salmon/getting_started/。 此方法将产生最小的索引,并需要最少的资源来构
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鲑鱼:使用选择性比对,可从RNA-seq读取物中进行高精度且快速的转录本水平定量 (801个子文件)
AdolcForward 4KB
AlignedVector3 6KB
ArpackSupport 905B
AutoDiff 1KB
cpld.bash 738B
BVH 5KB
xxhash.c 30KB
format.cc 16KB
posix.cc 8KB
posix.cc 7KB
mer_dna.cc 963B
ostream.cc 893B
printf.cc 752B
Cholesky 1KB
CholmodSupport 2KB
.clang-format 3KB
FindTBB.cmake 12KB
FindJemalloc.cmake 2KB
TestSalmonQuasi.cmake 1KB
TestSalmonFMD.cmake 1KB
Findlibstadenio.cmake 1KB
FindTcmalloc.cmake 1KB
SimpleTest.cmake 1KB
FindJellyfish.cmake 1KB
PostInstall.cmake 1KB
FindCereal.cmake 752B
Findlibdivsufsort.cmake 741B
Findlibgff.cmake 396B
UnitTests.cmake 366B
.cmakelintrc 19B
Core 17KB
SalmonUtils.cpp 146KB
SalmonAlevin.cpp 114KB
SalmonQuantify.cpp 107KB
edlib.cpp 83KB
SalmonQuantifyAlignments.cpp 70KB
GZipWriter.cpp 67KB
CollapsedCellOptimizer.cpp 56KB
AlevinUtils.cpp 50KB
ProgramOptionsGenerator.cpp 50KB
Alevin.cpp 40KB
CollapsedGibbsSampler.cpp 37KB
CollapsedEMOptimizer.cpp 36KB
AlignmentModel.cpp 21KB
DedupUMI.cpp 20KB
SGSmooth.cpp 16KB
FastxParser.cpp 15KB
WhiteList.cpp 13KB
SBModel.cpp 11KB
PCA.cpp 10KB
Salmon.cpp 10KB
LibraryTypeTests.cpp 10KB
BuildSalmonIndex.cpp 10KB
AlevinHash.cpp 10KB
SalmonQuantMerge.cpp 10KB
SequenceBiasModel.cpp 9KB
FragmentList.cpp 8KB
FragmentLengthDistribution.cpp 7KB
FragmentStartPositionDistribution.cpp 6KB
DistributionUtils.cpp 6KB
PCAUtils.cpp 5KB
FASTAParser.cpp 4KB
KmerHistTests.cpp 4KB
GenomicFeature.cpp 3KB
SimplePosBias.cpp 3KB
EMUtils.cpp 3KB
LibraryFormat.cpp 3KB
GCSampleTests.cpp 3KB
BAMUtils.cpp 2KB
Graph.cpp 2KB
TestUtils.cpp 2KB
EffectiveLengthStats.cpp 2KB
wrapper.cpp 1KB
TranscriptGroup.cpp 1KB
SalmonExceptions.cpp 1KB
VersionChecker.cpp 1KB
SingleCellProtocols.cpp 892B
SalmonStringUtils.cpp 680B
UnitTests.cpp 396B
int128_numeric_limits.cpp 382B
StadenUtils.cpp 284B
Dense 122B
Dockerfile 2KB
Dockerfile 2KB
Eigen 35B
Eigenvalues 2KB
EulerAngles 1KB
FFT 14KB
Geometry 2KB
.gitignore 265B
alevin_test_data.tar.gz 3.25MB
lapacke.h 1.01MB
phmap_base.h 177KB
phmap.h 163KB
concurrentqueue.h 145KB
format.h 126KB
peglib.h 123KB
format.h 87KB
GeneralBlockPanelKernel.h 79KB
Eigen_Colamd.h 61KB
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