什么是SplAdder?
本自述文件介绍了SplAdder软件,它是Splicing Adder的缩写,SplAdder是基于RNA-Seq比对数据进行选择性剪接分析的工具箱。 简而言之,该软件以标准格式获取给定的批注和RNA-Seq读取比对,将批注转换为剪接图表示形式,使用从读取的数据中提取的其他信息来增强剪接图,从图上提取替代剪接事件并量化基于对齐数据的事件。 然后可以将量化的事件用于差异分析。
依赖关系和安装
SplAdder依赖于Python3,仅需要很少的标准软件包。 依赖关系的完整列表可以在找到
我们建议使用python包管理器(例如anaconda)来组织依赖关系。
通过安装pip : pip install spladder
从源安装:
克隆此存储库
在SplAdder根目录中,运行make install
文献资料
本自述文件仅提供基本SplAdder运行的高级概
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