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leafcutter:RNA拼接的无注释定量。 Yang I.Li,David A.Knowles,Jack Humphrey,...
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切叶机 RNA拼接的无注释定量。 1 , 1 ,Jack Humphrey,Alvaro N.Barbeira,Scott P.Dickinson,Hae Kyung Im, 切叶机使用短读RNA-seq数据量化RNA剪接变异。 核心思想是利用拼接阅读(跨内含子的阅读)来量化样本中(差异性)内含子的使用。 这种方法的优点包括 容易检测新内含子 建模比外显子PSI更复杂的剪接事件 避免同工型丰度估算的挑战 简单,计算效率高的算法,可扩展到100甚至1000s的样本 有关详细信息,请参见我们的和相应的《。 此外,有关执行异常拼接检测的孟德尔疾病切叶机(leafcutterMD)方法的详细信息,请参见我们的。 完整的文档可从 如果您有使用方面的问题,我们在这里设置了一个Google网上论坛: : 我们已经开发了一个切叶机应用程序,用于可视化切叶机的结果:您可以查看示例。
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leafcutter:RNA拼接的无注释定量。 Yang I.Li,David A.Knowles,Jack Humphrey,Alvaro N.Barbeira,Scott P.Dickinson,Hae Kyung Im,Jonathan K.Pritchard (143个子文件)
bld.bat 264B
stanExports_dm_glm_multi_conc.cc 2KB
stanExports_bb_glm_fix_conc.cc 2KB
stanExports_dm_glm_robust.cc 2KB
stanExports_dm_glm.cc 2KB
stanExports_bb_glm.cc 2KB
RcppExports.cpp 1KB
docsearch.css 11KB
pkgdown.css 7KB
bootstrap-toc.css 2KB
DESCRIPTION 2KB
.gitignore 200B
gencode19_exons.txt.gz 4.1MB
stanExports_dm_glm_robust.h 31KB
stanExports_dm_glm_multi_conc.h 27KB
stanExports_dm_glm.h 25KB
stanExports_bb_glm.h 19KB
stanExports_bb_glm_fix_conc.h 18KB
stan_meta_header.hpp 48B
Usage.html 19KB
UsageLeafcutterMD.html 13KB
Visualization.html 12KB
Installation.html 9KB
index.html 9KB
differential_splicing.html 9KB
dirichlet_multinomial_anova_mc.html 9KB
index.html 8KB
make_differential_splicing_plot.html 8KB
sQTL.html 7KB
betaBinomialGLM.html 7KB
dirichlet_multinomial_anova.html 7KB
make_gene_plot.html 7KB
map_clusters_to_genes.html 7KB
dirichlet_multinomial_glm.html 7KB
cluster_results_table.html 6KB
leaf_cutter_effect_sizes.html 6KB
beta_real.html 6KB
get_intron_meta.html 6KB
make_cluster_plot.html 6KB
add_chr.html 6KB
multiqq.html 6KB
bh.html 6KB
logistic.html 6KB
leafcutter-package.html 6KB
index.html 5KB
authors.html 5KB
404.html 5KB
bootstrap-toc.js 5KB
pkgdown.js 3KB
docsearch.js 2KB
LICENSE 11KB
Makevars 719B
README.md 2KB
README.md 2KB
README.md 2KB
README.md 100B
README.md 100B
README.md 83B
NAMESPACE 813B
gtf2leafcutter.pl 8KB
sam2bed.pl 7KB
bed2junc.pl 2KB
logo.png 96KB
cluster_plot_example.png 72KB
calibration_4v4.png 40KB
gene_plot_example.png 22KB
leafcutter_app_logo.png 17KB
leafcutter_cluster_regtools.py 17KB
leafcutter_cluster_regtools_py3.py 16KB
leafcutter_cluster_regtools.py 15KB
leafcutter_cluster.py 15KB
prepare_phenotype_table.py 7KB
run_sQTL.py 5KB
run_ds.py 4KB
leafcutter_quant_only.py 2KB
get_cluster_gene.py 2KB
check_files.py 1KB
filter_cs.py 980B
make_gene_plot.R 28KB
prepare_results.R 20KB
make_cluster_plot.R 18KB
server.R 14KB
ui.R 12KB
leafcutterMD.R 9KB
differential_splicing.R 6KB
leafcutter_ds.R 6KB
junction_plot.R 6KB
dm_glm_multi_conc.R 5KB
utils.R 4KB
bb_glm.R 3KB
ds_plots.R 3KB
draw_clusters.R 2KB
dm_glm.R 2KB
plot_one_cluster.R 2KB
tests.R 2KB
gtf_to_exons.R 1KB
stanmodels.R 1KB
run_leafviz.R 1KB
leafcutter-package.R 428B
convert_to_RData.R 264B
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一枝清荷
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