没有合适的资源?快使用搜索试试~ 我知道了~
rna-seq-pipeline
共87个文件
gz:30个
py:15个
json:14个
需积分: 9 1 下载量 111 浏览量
2021-05-08
15:27:01
上传
评论
收藏 254.41MB ZIP 举报
温馨提示
编码RNA-seq管道 概述 这是ENCODE-DCC RNA测序管道。 流水线的范围是对齐读取,生成信号轨迹以及量化基因和同工型。 安装 安装说明 如何 如何指导 输入 管道描述 输出值 管道说明 参考 参考
资源推荐
资源详情
资源评论
收起资源包目录
rna-seq-pipeline-master.zip (87个子文件)
rna-seq-pipeline-master
.dockerignore 40B
.flake8 40B
output_definition.json 10KB
workflow_opts
docker.json 312B
singularity.json 115B
rna-seq-pipeline.wdl 11KB
test_env_requirements.txt 52B
src
prep_star.sh 2KB
prep_rsem.sh 2KB
mad_qc.py 2KB
__init__.py 0B
merge_annotation.py 4KB
align.py 11KB
rna_qc.py 4KB
test
test_align.py 3KB
test_rna_qc.py 3KB
test_rsem_quant.py 1KB
test_compare_md5.py 2KB
__init__.py 0B
test_merge_annotation.py 3KB
MAD.R 2KB
prep_kallisto.sh 146B
kallisto_quant.py 9KB
prep_srna.sh 1KB
bam_to_signals.py 4KB
rsem_quant.py 4KB
compare_md5.py 4KB
transcript_id_to_gene_type_mappings
gencodeV29pri-UCSC-tRNAs-ERCC-phiX.transcript_id_to_genes.tsv 6.51MB
gencodeV24pri-tRNAs-ERCC-phiX.transcript_id_to_genes.tsv 6.22MB
gencodeM21pri-UCSC-tRNAs-ERCC-phiX.transcript_id_to_genes.tsv 5.27MB
Dockerfile 2KB
.circleci
config.yml 9KB
annotations_and_spikeins
gencode.v19.tRNAs.gtf.gz 13KB
gencode.v19.annotation.gtf.gz 35.34MB
gencode.vM7.tRNAs.gtf.gz 543KB
ENCFF824ZKD_gencodeV24pri-tRNAs-ERCC-phiX.gtf.gz 39.53MB
gencode.vM7.annotation.gtf.gz 22.31MB
ENCFF001RTP_spikes_ENCFF335FFV_spikes.fasta.gz 29KB
gencode.vM7.trna.ercc.phix.gtf.gz 22.84MB
ENCFF871VGR_gencodeM21pri-UCSC-tRNAs-ERCC-phiX.gtf.gz 26.23MB
ENCFF159KBI_gencodeV29pri-UCSC-tRNAs-ERCC-phiX.gtf.gz 37.6MB
gencode.v19.trna.ercc.phix.gtf.gz 35.37MB
make_index_wdl
build_genome_index.wdl 2KB
merge_anno.wdl 1KB
.isort.cfg 193B
LICENSE 1KB
test
cromwell_options.json 153B
test_task
test_align_PE_input.json 643B
test_align_SE_input.json 649B
test_align_PE_reference_md5.json 151B
test_align_SE_reference_md5.json 299B
test_align.wdl 785B
test_workflow
PE_stranded_reference_md5.json 1KB
PE_stranded_input.json 1KB
SE_unstranded_input.json 1KB
PE_unstranded_input.json 1KB
PE_unstranded_reference_md5.json 540B
SE_unstranded_reference_md5.json 1KB
caper_run.sh 404B
README.md 1KB
.pre-commit-config.yaml 709B
test_data
rep1_ENCSR510QZW_chr19only_10000_reads_part2.fastq.gz 291KB
ERCC_phiX.fa.gz 29KB
ENCSR653DFZ_rep1_chr19_10000reads_R1.fastq.gz 863KB
GRCh38_no_alt_analysis_set_GCA_000001405.15_onlychr19.fa.gz 15.51MB
rep1_ENCSR510QZW_chr19only_10000_reads.fastq.gz 590KB
ENCSR653DFZ_rep2_chr19_10000reads_R2.fastq.gz 854KB
rep1_ENCSR510QZW_chr19only_10000_reads_part1.fastq.gz 300KB
ENCSR142YZV_chr19only_10000_reads_R2.fastq.gz 700KB
ENCSR142YZV_chr19only_10000_reads_R1.fastq.gz 584KB
ENCSR142YZV_chr19only_10000_reads_R1_part1.fastq.gz 298KB
ENCSR653DFZ_rep2_chr19_10000reads_R1.fastq.gz 867KB
GRCh38_EBV.chrom.sizes 11KB
ENCSR142YZV_chr19only_10000_reads_R2_part1.fastq.gz 355KB
rep2_ENCSR510QZW_chr19only_10000_reads_part1.fastq.gz 313KB
gencodeV24pri-tRNAs-ERCC-phiX_onlychr19_and_spikeins.gtf.gz 2.33MB
Homo_sapiens.GRCh38.cdna.all.chr19_ERCC_phix.fa.gz 3.31MB
ENCSR142YZV_chr19only_10000_reads_R2_part2.fastq.gz 345KB
ENCSR653DFZ_rep1_chr19_10000reads_R2.fastq.gz 847KB
GRCh38_v24_ERCC_phiX_rsemIndex_chr19only.tgz 10.13MB
rep2_ENCSR510QZW_chr19only_10000_reads.fastq.gz 617KB
rep2_ENCSR510QZW_chr19only_10000_reads_part2.fastq.gz 304KB
ENCSR142YZV_chr19only_10000_reads_R1_part2.fastq.gz 287KB
docs
howto.md 10KB
installation.md 3KB
reference.md 21KB
.gitignore 1KB
共 87 条
- 1
资源评论
一行一诚
- 粉丝: 17
- 资源: 4559
上传资源 快速赚钱
- 我的内容管理 展开
- 我的资源 快来上传第一个资源
- 我的收益 登录查看自己的收益
- 我的积分 登录查看自己的积分
- 我的C币 登录后查看C币余额
- 我的收藏
- 我的下载
- 下载帮助
安全验证
文档复制为VIP权益,开通VIP直接复制
信息提交成功