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ATAC-seq数据处理管道 开发该管道用于处理原始/未对齐的ATAC-seq数据,以生成峰值调用,QC报告和主题发现结果。 管道可以以未对齐的BAM格式处理单端和双端读取。 1-安装 克隆此存储库。 安装required_software.txt列出的软件。 安装适用于MultiQC的atacseq插件: python3 /path/to/atacseq_pipeline/multiqc_atacseq/setup.py install 收集atacseq_config.yaml文件中列出的所有参考数据,并使用正确的路径更新文件。 该文件包含不同项目之间通用的管道配置。 2-运行管道 2.1-设置新的分析/项目 对于每个项目,您需要准备一个项目配置( .yaml )文件和一个示例注释表( .csv )。 您可以在项目配置文件中设置项目名称,输出路径,基因组版本等。 样本注释表应为每
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atacseq_pipeline-master.zip (20个子文件)
atacseq_pipeline-master
Dockerfile 2KB
README.md 2KB
atacseq_config.yaml 2KB
required_software.txt 151B
configurator.py 6KB
backends
LocalExample.conf 7KB
slurm.conf 860B
test
BSA_0000_test_atac_atacseq_config.yaml 1KB
BSA_0000_test_atac_atacseq_sample_annotations.csv 429B
atacseq.wdl 10KB
multiqc_atacseq
setup.py 2KB
LICENSE 1KB
BSF_logo.png 83KB
README.md 86B
atacseq_report
__init__.py 0B
cli.py 507B
atacseq_report.py 11KB
modules
__init__.py 0B
atacseq
__init__.py 75B
atacseq.py 22KB
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火影耀阳
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