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chipseq_pipeline, AQUAS TF和组蛋白芯片 seq.zip
共95个文件
bds:37个
py:14个
sh:12个
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2019-09-18
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chipseq_pipeline, AQUAS TF和组蛋白芯片 seq AQUAS转录因子和蛋白芯片seq处理管道进入Kundaje实验室的基因组管道。转到讨论频道跳转到使用状态跳转到故障排除简介AQUAS管道是基于编码( phase-3 ) 转录因子和蛋白质组芯片序列( ) 管道规范中的(
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chipseq_pipeline.zip (95个子文件)
chipseq_pipeline-master
default.env 3KB
chipseq.py 40KB
species
scg.conf 7KB
sherlock.conf 7KB
kundaje.conf 7KB
example_conf.json 1KB
install_dependencies.sh 4KB
uninstall_dependencies.sh 177B
bds.config 813B
requirements_py3.txt 108B
html
jquery.treetable.js 16KB
jquery.treetable.css 652B
rpt_header.html 1KB
jquery.treetable.theme.default.css 29KB
chipseq.bds 75KB
requirements.txt 1KB
examples
ENCSR936XTK_PE.json 403B
imk_run.sh 135KB
p2.sh 33KB
chipseq_test.sh 5KB
example.env 2KB
encode_test.sh 2KB
example2.sh 6KB
multiple_data_type.sh 834B
example.sh 10KB
dream_challenge.sh 323KB
ENCSR936XTK_SE.json 238B
scripts
make_bds_cmds_PE.py 7KB
start_from_peaks.sh 2KB
LICENSE.md 1KB
.gitignore 19B
install_genome_data.sh 12KB
README.md 38KB
utils
bds_scr_5min 2KB
assign_multimappers.py 2KB
narrowpeak.py 733B
kill_scr 179B
narrowpeak_idr.py 858B
axt_dirfiles.py 1KB
get_read_length_from_fastq.py 1KB
reassemble.py 1KB
ucsc_simplegene.py 2KB
ucsc_ensGene.py 2KB
clusterGeneric
kill.pl 1KB
run.pl 923B
postMortemInfo.pl 1KB
stat.pl 1KB
trimfastq.py 8KB
bds_scr 2KB
broadpeak.py 714B
parse_summary_qc_recursively.py 6KB
gappedpeak.py 923B
example_conf_full.json 2KB
etc
Read_Distribution_ChIP-exo.txt 7KB
narrowPeak.as 960B
broadPeak.as 830B
gappedPeak.as 1KB
Read_Distribution_default.txt 12KB
.gitattributes 29B
modules
callpeak_bigbed.bds 1KB
postalign_bed.bds 8KB
species.bds 2KB
module_template.bds 82B
callpeak_filter.bds 2KB
string.bds 12KB
callpeak_peakseq.bds 5KB
align_multimapping.bds 425B
align_trim_fastq.bds 955B
sys.bds 4KB
postalign_bam.bds 22KB
env.bds 6KB
postalign_xcor.bds 4KB
input.bds 6KB
callpeak_macs2_chipseq.bds 9KB
filetable.bds 4KB
output.bds 1KB
input_tagalign.bds 2KB
callpeak_spp.bds 4KB
callpeak_blacklist_filter.bds 887B
input_fastq.bds 3KB
git.bds 1KB
conf.bds 6KB
callpeak_gem.bds 4KB
ENCODE_accession.bds 12KB
callpeak_naive_overlap.bds 9KB
callpeak_idr.bds 10KB
graphviz.bds 9KB
input_bam.bds 2KB
align_bwa.bds 6KB
log_parser.bds 14KB
report.bds 17KB
parallel.bds 4KB
cluster.bds 4KB
pipeline_template.bds 100B
input_peak.bds 2KB
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- 1
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