bedtools_下载资源_代码源码-CSDN下载

bedtools2:bedtools-用于基因组算术的瑞士军刀 bedtools-用于基因组算术的瑞士军刀概括总体而言，bedtools实用程序是瑞士军刀，可用于各种基因组分析任务。使用最广泛的工具可以进行基因组运算：即在基因组上设定理论。例如，bedtools允许人们以广泛使用的基因...

评级：0 浏览量：511 收藏量：0 资源大小：20.05MB 上传时间：2021-04-13

BEDTools-开源 BEDTools是一款广泛应用于生物信息学领域的开源工具集，专门设计用于处理和分析基因组数据，尤其是涉及BED（Browser Extensible Data）格式的文件。BED格式是基因组学研究中常用的文件格式，它包含了基因组区域的...

评级：0 浏览量：101 收藏量：0 资源大小：42KB 上传时间：2021-04-27

bedtools-example-script:大多数bedtools相交脚本看上去相对相似，这是一个示例性的slurm批处理脚本，该... bedtools-示例脚本大多数bedtools相交脚本看上去相对相似，这是一个示例性的slurm批处理脚本，该脚本使用bedtools相交函数来确定两个具有基因组数据的文件上的重叠区域。所有相交都是使用bedtools 2.26执行的-a：...

评级：0 浏览量：115 收藏量：0 资源大小：2KB 上传时间：2021-04-17

bedWEB:一个简单的应用程序，可在云中使用bedtools **bedWEB：云端bedtools工具的简易应用** bedWEB 是一个基于Python开发的简单应用程序，其主要目的是为了让用户能够在云端方便地使用bedtools工具。bedtools 是一套强大的生物信息学工具，主要用于处理和分析基因组...

评级：0 浏览量：66 收藏量：0 资源大小：468KB 上传时间：2021-03-21

pybedtools:适用于Aaron Quinlan的BEDTools（生物信息学工具）的Python包装器以及更多内容 pybedtools包装并扩展了BEDTools，并提供了Python内部的功能级操作。请参阅完整在线文档，包括安装说明。为什么要使用pybedtools？这是获取距基因间SNP小于5 kb的基因名称的示例： from pybedtools import ...

评级：0 浏览量：232 收藏量：0 资源大小：11.97MB 上传时间：2021-05-05

cgranges：一个CC ++库，用于快速间隔重叠查询（带有“ bedtools coverage”示例）介绍 cgranges是一个用于基因组间隔重叠查询的小型C库：给定一个基因组区域r和一组区域R ，在R中查找与r重叠的所有区域。尽管此库基于（一种众所周知的数据结构），但就我们所知，cgranges的核心算法与所有现有实现...

评级：0 浏览量：88 收藏量：0 资源大小：63KB 上传时间：2021-01-28

defining_genomic_regions:定义基因组中的区域要开始，请下载并编译 BEDTools（如果您还没有的话）。 git clone https://github.com/arq5x/bedtools2.git cd bedtools2 make clean && make all 或者，您可以使用安装 BEDTools。 conda install -c bioconda ...

评级：0 浏览量：196 收藏量：0 资源大小：1.33MB 上传时间：2021-07-24

bedtoolsr:R包包裹床工具概述是用于基因组分析的一组广泛使用的实用程序... options(bedtools.path = "[bedtools path]") 您也可以为特定版本的bedtools安装特定的版。下载相应的zip文件（不是源代码），解压缩并从R安装： install.packages

评级：0 浏览量：318 收藏量：0 资源大小：172KB 上传时间：2021-05-08

循环分析脚本依赖关系：bedtools，Python> = 3.7，pandas> = 1.2.0 要复制此分析，运行Common_Loop_generator.py脚本（最好在python IDE中运行）。输出应该是一组.bed文件。在Linux终端中运行以下命令： bedtools window...

评级：0 浏览量：73 收藏量：0 资源大小：2KB 上传时间：2021-02-09

ANNOgesic-0.7.11-py3-none-any.whl.zip 标题中的"ANNOgesic-0.7.11-py3-none-any.whl.zip"表明这是一个...在处理高通量测序数据时，ANNOgesic可以与其他生物信息学工具如Bowtie2（用于比对）、BEDTools（用于区间操作）等配合使用，以实现更全面的分析流程。

评级：0 浏览量：12 收藏量：0 资源大小：353KB 上传时间：2024-02-26

利用Python和R进行生物信息学的练习.zip 7. **软件工具接口**：通过Python或R调用如SAMtools、BEDTools等外部生物信息学工具。通过这个练习，学习者不仅能够学习到Python和R的基础知识，还能深入理解生物信息学的核心概念和技术，这对于在生物医学研究中...

评级：0 浏览量：37 收藏量：0 资源大小：5.81MB 上传时间：2024-02-22

ANNOgesic-0.6.26-py3-none-any.whl.zip 在实际应用中，ANNOgesic可能会与各种生物信息学工具和数据库进行交互，例如BLAST、BEDTools、GenBank等，以便进行基因注释、比对和功能预测。用户可能需要根据项目需求，调整ANNOgesic的参数设置，或者将它与其他...

评级：0 浏览量：13 收藏量：0 资源大小：348KB 上传时间：2024-02-26

基因测序：对wgs数据进行处理 Python的`BEDTools`和R的`GenomicRanges`包可用于这些目的。同时，`samtools`工具集可以用于BAM文件的排序、索引和统计，以便高效查询。接下来，变异检测是核心步骤。Python的`VarScan`、`FreeBayes`和R的`...

评级：0 浏览量：55 收藏量：0 资源大小：35KB 上传时间：2023-12-15

生物信息学数据分析同时，他们使用多种开源软件和工具（如BEDTools、SAMtools、R语言包）进行数据预处理、比对、可视化和结果解读。七、系统生物学与网络分析系统生物学试图从整体角度理解生命系统，通过构建基因、蛋白质、代谢物...

评级：0 浏览量：111 收藏量：1 资源大小：569KB 上传时间：2023-10-04

生物信息学之玩转Linux教程视频课程下载整理.zip 11. **生物信息学工具**：许多生物信息学软件都是在Linux环境下运行的，如BLAST、SAMtools、BEDTools等。学习如何使用这些工具进行序列比对、变异检测和基因组分析。通过这个视频教程，你将不仅学习到Linux的基础...

评级：0 浏览量：15 收藏量：0 资源大小：733B 上传时间：2023-08-21

CTCF.bed.zip 要解析和分析这个CTCF.bed文件，通常会使用生物信息学工具，例如BEDTools、BEDOPS或IGV（Integrative Genomics Viewer）。这些工具可以帮助我们查找CTCF结合位点的模式，与其他功能基因组元素的关系，以及它们如何...

评级：0 浏览量：45 收藏量：0 资源大小：36.58MB 上传时间：2023-02-25

《大数据技术》教学大纲(本科).docx - 学习Bedtools和Samtools处理测序数据，以及CRISPR-Cas9技术及其相关基因提取软件MAGeCK。 5. **生物大数据可视化**： - 掌握Epigenome Browser（UCSC Genome Browser）、WashU Epigenome Browser、Ensembl和...

评级：0 浏览量：31 收藏量：0 资源大小：15KB 上传时间：2022-12-18

叶绿茂生物信息实验三.zip 6. **生物信息学软件和工具**：实验可能介绍了如何使用一些常用的生物信息学工具，如Bowtie2进行序列比对，Samtools进行SAM/BAM文件处理，BEDTools进行基因组区域分析等。 7. **生物信息学数据库**：如NCBI...

评级：0 浏览量：22 收藏量：0 资源大小：1.02MB 上传时间：2022-12-06

bedtorch:用于BED文件操作的快速本机工具套件床火炬动机bedtorch的目标是提供R中固有的快速BED文件操作... 在tabix ， bedtools数据写入临时目录，调用某些命令行工具，例如tabix ， bedtools或bedops ，解析输出并重新生成R空间中的数据帧。通常，此方法非常有

评级：0 浏览量：101 收藏量：0 资源大小：338KB 上传时间：2021-04-04

PyPI 官网下载 | pybedtools-0.2.2dev.tar.gz 它将BEDTools工具集与Python的强大功能相结合，提供了丰富的接口和方法，使得在Python环境中处理BED文件变得更加便捷。 PyBedTools库的核心特性包括： 1. **文件操作**：它支持读取和写入BED格式的数据，同时也...

评级：0 浏览量：58 收藏量：1 资源大小：11KB 上传时间：2022-01-29

生信技能树编程实战题-题目整理版1 10. **根据指定染色体及坐标得到序列**：这部分可能需要利用生物信息学工具（如samtools或bedtools）从FASTA文件中提取指定区域的序列。 11. **根据指定染色体及坐标得到位置信息**：可能涉及到处理BED文件，从中...

评级：0 浏览量：235 收藏量：4 资源大小：960KB 上传时间：2022-08-04

Python库 | cellbrowser-0.4.51-py3-none-any.whl 此外，Cellbrowser还支持与其他生物信息学工具的集成，例如可以结合Bedtools进行区域重叠分析，或者利用BioPython处理核酸序列数据。这种灵活性使得它能够适应多种生物信息学研究场景。在实际使用中，Cellbrowser...

评级：0 浏览量：9 收藏量：0 资源大小：680KB 上传时间：2022-03-14

Python库 | pydbsnp-0.0.4-py3-none-any.whl 在实际应用中，`pydbsnp`可能会与其他生物信息学工具结合，如BEDTools或BioPython，以进行更复杂的基因组分析。例如，它可以帮助用户定位和注释SNPs在基因结构中的位置，或者比较不同个体之间的遗传差异。总之，`...

评级：0 浏览量：18 收藏量：0 资源大小：3KB 上传时间：2022-03-23

Python库 | TFBS_footprinting-1.0.0b7-py2-none-any.whl 5. **集成其他工具**：可能集成了其他开源生物信息学工具，如BEDTools、BioPython等，以增强其功能。 6. **API接口**：可能提供了API接口，使得其他软件或Web应用可以方便地调用该库的功能。安装这个库时，用户...

评级：0 浏览量：51 收藏量：0 资源大小：2.94MB 上传时间：2022-02-20

Python库 | igv-0.1.1.tar.gz 在实际应用中，igv库通常与其他生物信息学工具结合使用，例如与Samtools、Picard等一起处理BAM文件，或者与BEDTools一起处理BED格式的注释数据。通过Python的科学计算库（如NumPy、Pandas）和可视化库（如matplotlib...

评级：0 浏览量：57 收藏量：0 资源大小：250KB 上传时间：2022-03-06

PyPI 官网下载 | metaseq-0.5.5.1.tar.gz 其次，metaseq提供了与各种生物信息学工具的集成，如BEDTools、Picard、samtools等。这些工具通常用于处理比对结果、计算覆盖度、查找特定特征等。通过metaseq，用户可以无缝地调用这些工具，无需关心命令行参数和...

评级：0 浏览量：67 收藏量：0 资源大小：1.28MB 上传时间：2022-01-13

Coursera-北京大学生物信息学讲义PPT-完整版.zip 这些章节会介绍基本的算法，如Smith-Waterman和BLAST，以及如何使用软件工具如FASTA和BEDTools。第五章至第七章可能涉及转录组学，介绍RNA-seq数据分析，包括质量控制、组装、表达量估计和差异表达分析。可能会...

评级：0 浏览量：148 收藏量：0 资源大小：66.16MB 上传时间：2021-12-16

matlab代码左移-TFaffinity:用于在床文件定义的区域中聚集转录因子结合亲和力谱的代码此代码需要bedtools（）和参考FASTA文件。如果要使用其他PWM，则应提供该PWM（并且在CalculateProteinAffinity.m中更改文件名）算法主循环位于TFaffinity_aggregate.m中，并执行以下算法：仔细阅读BED文件的每一...

评级：0 浏览量：76 收藏量：0 资源大小：938KB 上传时间：2021-05-24

NIAP:NIAP是用于分析NGS和长期读取的RNA-seq数据的通用管道行动计划NIAP（天真异构体分析... 需要bedtools（）。运行工具脚本时，bedtool的路径可以放在$ PATH中，也可以指定。1.笔录合并在脚本合并步骤中，脚本NIAP_merge_v1.1.pl用于在一个或多个.gtf文件中合并具有相同结构

评级：0 浏览量：141 收藏量：0 资源大小：26KB 上传时间：2021-03-30

AVBioInfo:我学习生物信息学对于基因组学，了解如何使用Bedtools进行基因组区间操作也很重要，例如交集、并集、覆盖等。Bedtools可以处理BED、GFF、VCF等格式的文件，这些在基因注释和变异分析中广泛使用。在转录组学方面，了解如何使用HTSeq...

评级：0 浏览量：58 收藏量：0 资源大小：1.79MB 上传时间：2021-04-01

COMP 571 BIOINFORMATICS SEQUENCE ANALYSIS.zip 学习生物序列分析会涉及到一系列工具和软件，如BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）用于快速查找相似序列，Clustal系列工具用于序列对齐，Bowtie和BWA用于高通量测序数据的比对，以及BEDTools和samtools...

评级：0 浏览量：84 收藏量：0 资源大小：84.69MB 上传时间：2021-12-15

BRIG-0_bioinformatics_BRIG_BRIG-0.95-dist_源码.rar.rar 或者与Samtools、Bedtools等工具配合，处理更复杂的数据格式。总之，BRIG是一个强大的生物信息学图形化工具，其源码版允许用户根据自己的需求进行定制，提高分析效率，深入理解基因组数据。通过学习和理解BRIG的源...

评级：0 浏览量：109 收藏量：0 资源大小：12.15MB 上传时间：2021-09-29

四川省雅安市八年级下学期期中生物试卷.pdf 生物信息学家开发了如Hadoop和Spark等大数据处理框架，以及BEDTools、samtools等专门用于处理生物数据的软件。 6. **生物医学图像分析**：在医学成像领域，生物信息学通过图像处理和分析技术帮助医生进行疾病诊断和...

评级：0 浏览量：51 收藏量：0 资源大小：1.3MB 上传时间：2021-09-30

novva_bio_site_test-gh-pages-源码.rar 可能使用到的工具有BEDTools、BLAST、FASTA等。 4. **版本控制系统**: 开发过程中，源代码可能使用Git进行版本控制，便于协同工作和追踪更改。在GitHub上，每个提交都有对应的SHA哈希值，通过这些信息可以查看历史...

评级：0 浏览量：76 收藏量：0 资源大小：144KB 上传时间：2021-10-10

POP序列先决条件根据用户手册安装以下软件： fastqc（） Samtools（） Bedtools（） Hisat（）食人鱼（）（来自史密斯实验室）数据集公共访问： UCSC-基因组浏览器： : 基因表达综合（GEO）： ://...

评级：0 浏览量：139 收藏量：0 资源大小：948KB 上传时间：2021-02-18

行业分类-设备装置-发现新基因的方法和使用的计算机系统平台以及新基因.zip BEDTools、Samtools等用于处理和分析测序结果；还有GATK、VarScan等用于变异检测。 4. 数据挖掘与机器学习：利用AI和深度学习算法，如卷积神经网络（CNN）、循环神经网络（RNN）等，进行模式识别和预测，以发现潜在...

评级：0 浏览量：54 收藏量：0 资源大小：1.72MB 上传时间：2021-08-25

How To... Evaluate SeqCap EZ Target Enrichment Data.pdf 6. 覆盖度和捕获统计：使用BEDtools、Picard和GATK等工具进行覆盖度评估和捕获统计分析，这些工具可以帮助评估目标区域的测序深度和效率。文档还提醒读者，在选择工作流程时应当慎重考虑，因为除了文档所提供的...

评级：0 浏览量：205 收藏量：0 资源大小：683KB 上传时间：2021-08-04

Mobster:Mobster：用于 NGS 中移动元素插入检测的强大工具-开源通常，它需要与 SAMtools 和 BEDTools 等其他生物信息学工具一起使用，以处理 BAM 文件和生成报告。使用 Mobster 时，用户需要提供输入的 BAM 文件、参考基因组以及一些参数，如最小支持读数、插入长度阈值等。 **...

评级：0 浏览量：65 收藏量：0 资源大小：704.46MB 上传时间：2021-07-08

NOMe-seq-analysis:NOMe-seq 数据分析分步指南接下来，使用`BEDtools`或`GenomicAlignments`中的函数来处理对齐的reads，去除多态性位点、PCR重复和低质量读取，以提高分析的准确性。之后，计算每个CpG位点的覆盖度和甲基化状态。NOMe-seq数据中，未甲基化的C会...

评级：0 浏览量：297 收藏量：0 资源大小：370KB 上传时间：2021-07-13

REPTILE:根据表观基因组特征预测调控性DNA元素爬虫 -基于TIssue特有的局部表观遗传标记的调控元素预测 ...可在bedtools网站上找到1床工具。建议根据安装说明下载并安装最新的稳定版本。较旧的版本可能会起作用，但尚未经过测试。 2-安装后，

评级：0 浏览量：70 收藏量：0 资源大小：34.38MB 上传时间：2021-04-30

horvath-2013-clock 预测年龄：两性之间的DNA甲基化时钟差异总结步骤： 1运行GEOquery.seq以下载训练和... 8使用重要的CpG位点的基础文件和UCSC基因的基础文件，运行bedtools最近的（get_closest_genes.sh）查找最接近cpG位点的基因。

评级：0 浏览量：115 收藏量：0 资源大小：23.87MB 上传时间：2021-03-10

SeqEntropy-开源 SeqEntropy可能还支持与其他生物信息学工具的集成，如samtools、bedtools等，以实现更复杂的分析流程。同时，它可能提供了命令行界面和参数调整选项，以适应不同的分析需求。例如，用户可能需要设置最小和最大重复...

评级：0 浏览量：15 收藏量：0 资源大小：3.93MB 上传时间：2021-04-28

RepeatFinder-开源在实际应用中，用户可能还需要结合其他生物信息学工具，例如使用BEDTools来处理和可视化RepeatFinder的输出结果，或者利用R语言进行统计分析和图形绘制。同时，由于生物数据的复杂性和多样性，用户可能需要对生物学...

评级：0 浏览量：18 收藏量：0 资源大小：282KB 上传时间：2021-04-28

tidygenomics:处理基因组数据框架的整洁动词https 该API受到流行的bedtools和Fuzzyjoin软件包中的基因组_join（）方法的启发。安装 install.packages("tidygenomics") 或获取最新的开发版本 devtools::install_github("const-ae/tidygenomics") 文献资料基因组...

评级：0 浏览量：56 收藏量：0 资源大小：341KB 上传时间：2021-05-15

NovelSeq:新型序列插入检测-开源在使用NovelSeq时，用户应熟悉相关生物信息学工具和环境，例如FASTX工具包、Bowtie或BWA对齐器，以及SAMtools和BEDTools等常用分析工具。同时，理解如何解读和解释输出结果也是至关重要的。NovelSeq的输出可能包括...

评级：0 浏览量：54 收藏量：0 资源大小：68KB 上传时间：2021-04-28

tp_rna:TP RNA 2. **TP RNA识别**：可能包含用Python或R编写的脚本，利用生物信息学工具（如BEDTools或HISAT2）来定位转录暂停位点，从而识别TP RNA。 3. **统计分析**：对识别出的TP RNA进行统计分析，例如频数分布、位置偏好性等...

评级：0 浏览量：49 收藏量：0 资源大小：32KB 上传时间：2021-03-17

durian_project 5. **生物信息学数据分析**：使用BEDTools、BEDOPS等工具进行区间操作，理解基因富集分析、转录因子结合位点预测等。 6. **统计和可视化**：使用R语言和其生物信息学包（如DESeq2、edgeR）进行差异表达分析，利用...

评级：0 浏览量：61 收藏量：0 资源大小：2.84MB 上传时间：2021-04-10

剧本所使用的工具包括但不限于：Trimmomatic，Bowtie2，HISAT2，Samtools，Picard和Bedtools。在适当的情况下，需要安装这些工具才能成功运行脚本。强烈建议将包含使用脚本的目录添加到PATH变量，以便Bash终端可以...

评级：0 浏览量：226 收藏量：0 资源大小：167KB 上传时间：2021-02-22

MIPVAR:MIP VARiant 调用工具-开源运行管道需要事先安装三个通用工具：BWA、GATK 和 Bedtools。输入：要运行管道，您需要指定 3 个参数。下面给出了该命令的示例。这两个输入文件对于指定示例和运行配置至关重要。环境参数应始终设置为 EMPTY。 ...

评级：0 浏览量：140 收藏量：0 资源大小：97.47MB 上传时间：2021-06-02

RefComp:BINF 6110项目2 在IT行业中，尤其是在生物信息学领域，"RefComp:BINF...最后，他们可能会使用如BEDTools或IGV等工具进行可视化，以理解序列差异和潜在的生物学含义。整个过程需要对生物信息学工具、脚本编写以及数据分析有扎实的理解。

评级：0 浏览量：48 收藏量：0 资源大小：8KB 上传时间：2021-03-20