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REPTILE:根据表观基因组特征预测调控性DNA元素
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2021-04-30
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爬虫 -基于TIssue特有的局部表观遗传标记的调控元素预测 REPTILE是通过整合组蛋白修饰数据和碱基分辨率DNA甲基化图谱来识别增强子精确位置的工具。 请联系以获取反馈,问题或错误。 REPTILE手稿的补充数据可从下载。 目录 要求 [R REPTILE需要R(> = 3.2.2),并且可以在R网站上找到。 Python REPTILE需要python2(> = 2.7.9)或python3(> = 3.5.1)。 它还需要numpy(> = 1.10.4)和pandas(> = 0.17.1)模块。 numpy和pandas可以从他们的网站上获得。 建议为python2.7安装anaconda ,这两个模块将包括在内。 床具 可在bedtools网站上找到1床工具。 建议根据安装说明下载并安装最新的稳定版本。 较旧的版本可能会起作用,但尚未经过测试。 2-安装后,
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REPTILE-master.zip (32个子文件)
REPTILE-master
PRETRAINED_MODEL.md 2KB
models
model_accuracy.tsv 2KB
mm_model_coreMarks.reptile 7.87MB
mm_model_sixHisMod.reptile 6.57MB
mm_model_coreHisMod.reptile 8.63MB
mm_model_sevenMarks.reptile 6.49MB
simple_example
run_simple_example.sh 3KB
doc
PRETRAINED_MODEL.pdf 131KB
README.pdf 1.12MB
README.html 524KB
EXAMPLE.html 519KB
EXAMPLE.pdf 559KB
PRETRAINED_MODEL.html 508KB
example
run_example.sh 3KB
LICENSE 1KB
test
run_test.py 7KB
data
bw
mESC_H3K27ac_LogRatio.bw 3.84MB
mESC_Meth.bw 2.48MB
DMR_CG_mESC_E11_5_ext150.bed 523KB
data_info_mESC.tsv 97B
test_data
test_region_label.tsv 10KB
test_region.region_with_epimark.tsv 317KB
test_region.bed 16KB
data_info_mESC_E11_5.tsv 3KB
test_region.DMR_with_epimark.tsv 428KB
README.md 12KB
EXAMPLE.md 10KB
bin
REPTILE_train.R 6KB
REPTILE_call_enhancer.py 9KB
REPTILE_evaluate_prediction.R 5KB
REPTILE_preprocess.py 17KB
REPTILE_compute_score.R 13KB
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许吴倩
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