GATK_下载资源_代码源码-CSDN下载

GATK使用方法详细介绍 ### GATK使用方法详细介绍 #### 一、GATK概览及预备知识 ##### (1) GATK适用范围及版本更新 - **适用范围**：GATK主要用于处理人类全基因组和外显子组测序数据，且特别针对illumina数据格式。虽然目前尚未支持...

评级：5 浏览量：4121 收藏量：9 资源大小：254KB 上传时间：2018-07-31

gatk-sv GATK-SV 用于Illumina短读全基因组测序（WGS）数据的结构变异发现管道。目录原始呼叫者和证据收集批量质量控制 -gCNV模型创建批量证据合并，BAF生成和深度调用者网站集群网站指标过滤跨批次站点合并基因...

评级：0 浏览量：439 收藏量：0 资源大小：15.72MB 上传时间：2021-03-19

atlas_gatk4:在Atlas HPC上测试gatk4模块 Atlas HPC上的GATK4模块在Atlas HPC上测试gatk4模块示例数据集重用GATK nextflow管道中的数据集（） wget https://iastate.box.com/shared/static/wt85l6s4nw4kycm2bo0gpgjq752osatu.gz tar -xf wt85l6s4nw4...

评级：0 浏览量：141 收藏量：0 资源大小：16KB 上传时间：2021-04-07

SNP_calling_GATK SNP_calling_GATK 这是运行GATK调用高质量SNP的逐步步骤，它旨在在集群上运行。该脚本是通过实施Genome Analysis Toolkit（GATK）而构成的全基因组植物SNP调用管道的一部分。有关GATK的更多信息，请访问： ://gatk...

评级：0 浏览量：877 收藏量：0 资源大小：38KB 上传时间：2021-02-13

GATK HaplotypeCaller SNP Calling 自动化流程使用GATK进行 SNP Callling的自动化流程。基于GATK3.3以上版本的HaplotypeCaller标准流程进行，测试脚本以sra文件为最初输入，将读取文件见内的所有sra文件（视为同一个样本的数据），进行SNP Calling产生GVCF，然后...

评级：5 浏览量：4287 收藏量：6 资源大小：7KB 上传时间：2018-03-13

GATK使用方法详解-plob最详尽说明书.doc ### GATK使用方法详解 #### 一、使用GATK前须知事项： 1. **数据类型**：GATK主要用于人类全基因组及外显子组测序数据分析，特别是基于Illumina平台的数据。虽然它也支持其他平台如Ion Torrent的数据，但官方并未...

评级：0 浏览量：85 收藏量：0 资源大小：139KB 上传时间：2024-07-01

gatk:GATK版本4及更高版本的官方代码存储库 GATK 4 该存储库包含下一代的基因组分析工具包（GATK）。该存储库的内容是100％开源的，并根据Apache 2.0许可发布（请参阅）。 GATK4旨在在简化的框架下将来自和代码库的完善工具集中在一起，并使选定的工具能够...

评级：0 浏览量：365 收藏量：0 资源大小：75.67MB 上传时间：2021-05-11

java红酒网站源码-gatk2:gatk2 GATK 4 该存储库包含下一代基因组分析工具包 (GATK)。该存储库的内容是 100% 开源的，并在 BSD 3-Clause 许可下发布（请参阅参考资料）。 GATK4 旨在将来自代码库和代码库的成熟工具整合到一个简化的框架下，并使...

评级：0 浏览量：116 收藏量：0 资源大小：69.29MB 上传时间：2021-06-05

java红酒网站源码-gatk-master:gatk-master GATK 4 该存储库包含下一代基因组分析工具包 (GATK)。该存储库的内容是 100% 开源的，并在 BSD 3-Clause 许可下发布（请参阅参考资料）。 GATK4 旨在将来自代码库和代码库的成熟工具整合到一个简化的框架下，并使...

评级：0 浏览量：100 收藏量：0 资源大小：67.6MB 上传时间：2021-06-05

java红酒网站源码-gatk:盖特克 GATK 的当前版本（即 GATK3），请参阅，您可以在其中下载预编译的可执行文件、阅读文档、提出问题并获得技术支持。 GATK 4 该存储库包含下一代基因组分析工具包 (GATK)。该存储库的内容是 100% 开源的，并在 BSD 3...

评级：0 浏览量：78 收藏量：0 资源大小：62.14MB 上传时间：2021-06-05

gatk4-data-processing:使用GATK4和相关工具处理高通量测序数据以进行变体发现的工作流程 gatk4-数据处理目的：使用GATK4和相关工具处理高通量测序数据以进行变体发现的工作流程。处理变量发现gatk4：处理变异发现gatk4 WDL管道根据实施数据预处理。工作流将未映射的BAM列表文件（包含未映射的bam...

评级：0 浏览量：398 收藏量：0 资源大小：11KB 上传时间：2021-05-01

gatk-cwl-generator:从GATK文档生成CWL文件 gatk-cwl生成器从生成文件安装一，安装模块 git clone https://github.com/wtsi-hgi/gatk-cwl-generator cd gatk-cwl-generator python setup.py install 您可能还需要安装来运行生成的CWL文件要求的Python 3 ...

评级：0 浏览量：199 收藏量：0 资源大小：34KB 上传时间：2021-04-27

java红酒网站源码-gatk4:https://github.com/broadinstitute/gatk的猎鹰镜像 GATK 4 该存储库包含下一代基因组分析工具包 (GATK)。该存储库的内容是 100% 开源的，并在 BSD 3-Clause 许可下发布（请参阅参考资料）。 GATK4 旨在将来自代码库和代码库的成熟工具整合到一个简化的框架下，并使...

评级：0 浏览量：214 收藏量：0 资源大小：74.07MB 上传时间：2021-06-05

GATK-pipeline:实现 GATK 管道以进行变体调用的 shell 脚本 GATK-管道实现 GATK 管道以进行变体调用的 shell 脚本。为示例 BAM 文件创建文件。通过在一组样本上运行脚本创建的 GVCF 文件可以使用联合进行基因分型从下载GATK 关于 GATK 的信息- 依赖关系用法 sh GATK.sh输出 ...

评级：0 浏览量：345 收藏量：1 资源大小：120KB 上传时间：2021-07-10

VariantandSVCalling:使用GATK4进行变体调用的Snakemake管道使用GATK4进行变体调用管道的Snakemake工作流程以及使用Delly和Tiddit进行结构变体调用的Snakemake工作流程这是一个使用GATK4进行变体调用管道的Snakemake工作流程，还包括一个对结构变体的故意和轻率的调用（将...

评级：0 浏览量：275 收藏量：0 资源大小：5KB 上传时间：2021-03-16

GATK-Whole-Genome-Pipeline:端到端流水线，用于针对整个基因组调用变体＃目的此回购中的脚本是为了运行GATK种系变体而创建的，该变种调用了最佳实践管道。管道将未处理的bam文件作为输入，并将输入的生物学基因组差异输出到给定的参考。我创建了一个帮助文档（“了解GATK管道”），该...

评级：0 浏览量：117 收藏量：0 资源大小：24KB 上传时间：2021-05-09

bcbio.variation:用于分析基因组变异数据的工具包，基于带有Clojure的GATK 从命令行运行： $ java -jar bcbio.variation-VERSION-standalone.jar [arguments]该jar包含一个完整的GATK命令行以及其他walker，以及自定义命令行程序。下面的用法部分包含使用该库进行变体比较，规范化和集合...

评级：0 浏览量：105 收藏量：0 资源大小：638KB 上传时间：2021-04-28

gatk_recalibrate_and_realign:GATK Indel校正和质量校正此应用程序对Mappings对象应用了许多重新计算，以提高变量调用的质量。该过程遵循Broad Institute关于变式调用最佳实践的建议。映射在已知插入缺失的位点周围进行重复数据删除和重新排列，并通过查看质量指标与...

评级：0 浏览量：243 收藏量：0 资源大小：42.8MB 上传时间：2021-05-07

gatk, GATK版本 4和更高版本的官方代码库.zip gatk, GATK版本 4和更高版本的官方代码库注意：请查看网站，你可以下载预编译可执行文件，阅读文档，提问，并接收技术支持。 GATK 4这个库包含了下一代基因组分析工具包( GATK ) 。这个存储库的内容是 100%开放...

评级：0 浏览量：456 收藏量：0 资源大小：64.87MB 上传时间：2019-10-10

wgs-Analysis-process:使用gatk进行wgs全基因组分析寻找SNP变异的流程 gatk CreateSequenceDictionary -R ref.fasta -O ref.dict samtools 建索引 samtools faidx ref.fasta 下载测序文件 fastaq-dump --split-files SRR***** 下载的文件是双末端测序从两端读的read1和read2 >> 用...

评级：0 浏览量：741 收藏量：1 资源大小：37KB 上传时间：2021-04-29

Gatk-protected-master 《GATK保护版源码解析》 GATK（Genome Analysis Toolkit）是由Broad Institute开发的一款用于生物信息学分析的强大工具，主要用于高通量测序数据的处理、变异检测和基因组分析。"Gatk-protected-master"是GATK的...

评级：0 浏览量：179 收藏量：0 资源大小：11.16MB 上传时间：2015-11-20

sentieon-matching-performance:Sentieon GATK匹配工具的准确性和运行时基准 Sentieon匹配性能Sentieon GATK匹配工具的准确性和运行时基准。流水线 -Sentieon DNAseq管道与GATK最佳实践管道匹配，用于种系变异调用。 -Sentieon TNseq管道与GATK最佳实践管道匹配，用于体变体调用。

评级：0 浏览量：142 收藏量：0 资源大小：92KB 上传时间：2021-03-20

ngs-main-wes:这是dockerize的“体细胞配对WES（Normal-Tumor）管道”，它是指GATK最佳做法 ngs-main-wes 这是Docker化的“体细胞配对WES（Normal-Tumor）hg19管道”，是指GATK最佳做法。注意：此脚本基于相关路径流程图准备环境： git clone到您的主项目目录（例如OSCC）将“ ngs-main-wes.py”和“ ...

评级：0 浏览量：136 收藏量：0 资源大小：442KB 上传时间：2021-04-29

java红酒网站源码-gatk4:gatk4 GATK 4 该存储库包含下一代基因组分析工具包 (GATK)。该存储库的内容是 100% 开源的，并在 BSD 3-Clause 许可下发布（请参阅参考资料）。 GATK4 旨在将来自代码库和代码库的成熟工具整合到一个简化的框架下，并使...

评级：0 浏览量：122 收藏量：0 资源大小：36.63MB 上传时间：2021-06-05

基于Apache Spark和ADAM的Spark-GATK基因组分析框架设计源码本项目是基于Apache Spark和ADAM开发的Spark-GATK基因组分析框架设计源码，主要使用Scala进行开发。项目共包含72个文件，其中JAR打包文件59个，Markdown文档文件3个，Scala源代码文件2个，项目许可证文件1个，Python...

评级：0 浏览量：202 收藏量：0 资源大小：57.17MB 上传时间：2024-04-17

gatk-swe:GATK 管道与 Cirrus 兼容当前管道在 Illumina 双端数据上运行最佳实践 GATK 工作流程，旨在与 hg19 参考一起使用。 Pipeline 使用作为任务调度程序，使用 S3 来存储中间文件。 Cirrus 用户可以按原样使用管道，也可以将其用作参考来构建...

评级：0 浏览量：100 收藏量：0 资源大小：4.94MB 上传时间：2021-06-12

java红酒网站源码-GATK-ancient:GATK-古代 GATK 4（代号 Hellbender）该存储库包含下一代 GATK/Picard 引擎和免费可用的工具（请参阅参考资料）。另请参阅以不同许可分发的其他 GATK 工具的存储库。 GATK4 旨在将来自代码库和代码库的成熟工具整合到一个...

评级：0 浏览量：132 收藏量：0 资源大小：23.61MB 上传时间：2021-06-05

GenomeAnalysisTK（GATK3.8.0）便携版，无需编译直接使用包含GenomeAnalysisTK.jar和README.md文件。 Linux使用 java -jar GenomeAnalysisTK.jar -h 可查看帮助文档，直接运行GATK3.8.0软件。

评级：0 浏览量：210 收藏量：0 资源大小：13.53MB 上传时间：2024-04-29

gatk4-genome-processing-pipeline:用于处理全基因组序列数据 + 种系变异调用的工作流程。此 Repository ... gatk4-genome-processing-pipeline- 此仓库已存档，工作流新仓库位置为用于全基因组序列数据中种系处理的工作流程。WholeGenomeGermlineSingleSample : 该 WDL 管道根据 GATK 最佳实践（2016 年 6 月）实施数据...

评级：0 浏览量：219 收藏量：0 资源大小：35KB 上传时间：2021-05-30

2bRAD_GATK:2bRAD基于全基因组参考的基因分型基于全基因组参考的2bRAD基因分型该存储库自2018年6月起已过时。2bRAD基因分型的所有脚本和演练（包括基于参考的信息）现在都包含在2bRAD_denovo存储库中。 Mikhail Matz， Wang等人在2012年描述了2bRAD ...

评级：0 浏览量：260 收藏量：0 资源大小：539KB 上传时间：2021-05-15

gatk-dataflow:开发数据流 GATK 4数据流探索这不是一个积极开发的项目！它记录了Hellbender项目在运行GATK工具的探索性工作。 GATK 4的开发正在（）朝着不同的方向继续发展，我们欢迎您的贡献！如果对您有用，请随时使用此代码，但不要提供...

评级：0 浏览量：92 收藏量：0 资源大小：8.27MB 上传时间：2021-04-28

GenomicsDB：C ++中的高性能数据存储，用于导入，查询和转换带有CC ++ JavaSpark绑定的变体... 在gatk4中使用主开发 GenomicsDB（最初来自）建立在和基于图块的阵列存储系统的基础上，用于导入，查询和转换变体数据。变异数据本质上是稀疏的（相对于整个基因组稀疏），并且使用稀疏数组数据存储非常适合存储此类数据。...

评级：0 浏览量：152 收藏量：0 资源大小：6.7MB 上传时间：2021-02-05

forum:采用开源论坛系统Flarum建设GATK中文社区，该论坛所有帖子将以markdown代码形式发帖，所有的markdown... GATK中文社区招募 GATK流程是目前科研界+工业界应用最广泛的变异位点识别流程，而且是由大名鼎鼎的广泛开发和维护，非常具有学习参考价值。首先介绍一下我们的计划：建设协作论坛采用开源论坛系统Flarum建设GATK...

评级：0 浏览量：177 收藏量：0 资源大小：127KB 上传时间：2021-03-22

exoma-de-rato:利用GATK4的褐家鼠样品的遗传变异褐变种家鼠变种GATK4 递归计算 Ubuntu 20 6 CPU（Core i5） 32 Gb内存RAM 256 GB SSD储存空间要求码头工人 get # ubuntu sudo apt-get install -y wget # mac brew install wget samtools # ubuntu sudo apt...

评级：0 浏览量：121 收藏量：0 资源大小：4.03MB 上传时间：2021-05-09

GenomeAnalysisTK.jar 生信gatk3.8可用于高通量测序流程，里边分析代码较多，包括重比对，重校正等流程；通常结合picard软、samtools、bwa、trimmomatic、bcftools等软件配合使用。

评级：0 浏览量：1534 收藏量：0 资源大小：14.82MB 上传时间：2019-11-25

rnaseq_variant_calling_workflow:这是遵循GATK管道的人类RNAseq变体调用工作流程。还包括ADAR站点消除 rnaseq_variant_calling_workflow 下载使用以下命令克隆git存储库： ...安装此工作流使用conda环境来满足所有必要的依赖关系。...gatk_path: "java -jar /path/to/GenomeAnalysisTK.jar" picard_path: "java -jar

评级：0 浏览量：156 收藏量：0 资源大小：9KB 上传时间：2021-05-11

fastq_to_bam_paired_snakemake：遵循GATK最佳做法的蛇形将配对的fastq文件转换为可分析的bams fastq_to_bam_paired_snakemake 遵循GATK最佳做法，将成对的fastq文件转换为可分析的bams的snakemake。该存储库包含运行snakemake所需的所有文件夹。由于GitHub不允许空文件夹，所以results /和logs / cluster /...

评级：0 浏览量：327 收藏量：0 资源大小：6KB 上传时间：2021-02-18

mycosnp-bwa-pre-process:该工作流程使用BWA准备和对齐样品，以使用MycoSNP GATK工作流程进行变体调用 MycoSNP：BWA预处理概述该存储库包含MycoSNP BWA预处理工作流，该工作流由十个步骤组成：如果提供了多个通道，则合并FASTQ文件通道。使用SeqTK 1.3将FASTQ文件样本降低到所需的覆盖率或采样率。...

评级：0 浏览量：185 收藏量：0 资源大小：28KB 上传时间：2021-03-21

GenomeAnalysisTK-3.6.tar.bz2 生物信息的变异检测工具GATK 3.6版本

评级：1 浏览量：578 收藏量：0 资源大小：12.03MB 上传时间：2016-07-22

太阁立志传5，包含多种修改器《太阁立志传5》是日本光荣公司推出的一款历史策略角色扮演游戏，深受玩家喜爱。这款游戏以日本战国时代为背景，玩家可以选择不同的角色，如武士、商人、忍者等，通过各种方式提升自己的地位，最终实现统一日本的...

评级：0 浏览量：149 收藏量：0 资源大小：458.39MB 上传时间：2024-05-10

rna-test:用于 RNA-Seq 变异调用的脚本-开源 rna_test.sh 是一个 shell 脚本，用于运行 GATK 最佳实践以在 RNAseq 中进行变体调用。它使用 STAR 进行对齐，使用 HaplotypeCaller 调用变体，使用 Annovar 进行注释。它还采用了 STAR-Fusion、Cufflinks 和 ...

评级：0 浏览量：185 收藏量：0 资源大小：5.18MB 上传时间：2021-05-31

pipeline:经过验证的，可扩展的，极简的变异检测管道从BAM文件到从头种系突变输入：BAM文件（可选）根据GATK最佳做法处理BAM文件计算可调用区域，并将基因组细分为大小近似相等的单元，以进行并行化在GVCF模式，Freebayes，鸭嘴兽中选择GATK HaplotypeCaller的呼叫变体...

评级：0 浏览量：97 收藏量：0 资源大小：93KB 上传时间：2021-05-01

freebayes:基于贝叶斯单元型的遗传多态性发现和基因分型该模型是对先前模型（例如PolyBayes，samtools，GATK）的直接概括，这些模型基于比对来检测或报告变体。此方法避免了基于比对的变异检测的核心问题之一-相同序列可能具有多个可能的比对： freebayes使用短读比对...

评级：0 浏览量：231 收藏量：0 资源大小：2.84MB 上传时间：2021-05-05

VCFSplitter:将组合的 VCF 拆分为单独的 VCF 文件-开源该软件将帮助您将具有多个 vcf 条目的单个 vcf 文件拆分为单个 VCF 文件。

评级：0 浏览量：429 收藏量：0 资源大小：496KB 上传时间：2021-05-30

GenomeAnalysisTK-3.3-0.tar.bz2 里面包含了很多有用的工具，主要注重与变异的查找，基因分型且对于数据质量保证高度重视，是一种可以发现indel与SNP的集成软件。

评级：3 浏览量：426 收藏量：0 资源大小：10.94MB 上传时间：2014-11-15

How To... Evaluate SeqCap EZ Target Enrichment Data.pdf 标签“panel VCF enrichment target GATK”暗示了文档可能会涉及一些特定的术语和工具，包括： - Panel：在这里指的是靶向测序面板，用于指代SeqCap EZ系列中的特定产品，例如SeqCap EZ Exome（外显子组），SeqCap ...

评级：0 浏览量：219 收藏量：0 资源大小：683KB 上传时间：2021-08-04

mutserve:mtDNA变异调用者突变体 Mutserve是线粒体基因组的变异调用者，可检测序列数据中的同质和异质位点。和使用它。快速开始 Mutserve要求将经过排序和索引的CRAM / BAM文件作为输入。 curl -sL mutserve.vercel.app | bash ...

评级：0 浏览量：187 收藏量：0 资源大小：520.61MB 上传时间：2021-05-07

GenomeAnalysisTK-2.2-15.tar.bz2 GATK的官方软件，因为要注册，所以放在这里，供大家下载使用！

评级：5 浏览量：164 收藏量：1 资源大小：12.05MB 上传时间：2012-12-04