Spark-GATK
Scala
Scala, Python, Shell
共72个文件
jar: 59
md: 3
scala: 2
Spark-GATK/LICENSE: 1
py: 1
Spark-GATK/bin/gatk-spark-submit: 1
sh: 1
xml: 1
properties: 1
bam: 1
Spark-GATK is a genomics analysis framwork based on Apache Spark and ADAM.
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温馨提示
本项目是基于Apache Spark和ADAM开发的Spark-GATK基因组分析框架设计源码,主要使用Scala进行开发。项目共包含72个文件,其中JAR打包文件59个,Markdown文档文件3个,Scala源代码文件2个,项目许可证文件1个,Python源代码文件1个,Shell脚本文件1个,XML配置文件1个,Properties配置文件1个,以及BAM文件1个。该系统为基因组分析提供了全面的解决方案,包括数据处理、分析等。项目结构清晰,代码注释详尽,适合用于学习和研究Scala在基因组分析框架开发中的应用。
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upload.zip (70个子文件)
patch
core.patch 585KB
Spark-GATK
lib
BaseCalculator.jar 431KB
it
unimi
dsi
fastutil
6.4.4
fastutil-6.4.4.jar 14.56MB
commons-codec
commons-codec
1.4
commons-codec-1.4.jar 57KB
args4j
args4j
2.0.23
args4j-2.0.23.jar 65KB
adam-core_2.10-0.17.0.jar 1.43MB
javassist
javassist-3.12.1.GA.jar 629KB
colt-1.2.0.jar 568KB
bdg-formats-0.4.0.jar 109KB
net
sf
json
json-lib-2.4-jdk15.jar 155KB
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commons-cli
1.2
commons-cli-1.2.jar 40KB
htsjdk-1.140.jar 1.21MB
ActiveRegionMapper.jar 971KB
commons-logging
commons-logging
1.1.1
commons-logging-1.1.1.jar 59KB
log4j
log4j
1.2.17
log4j-1.2.17.jar 478KB
commons-io
commons-io
1.3.2
commons-io-1.3.2.jar 86KB
org
jgrapht
jgrapht-0.8.3.jar 240KB
slf4j
slf4j-log4j12
1.7.5
slf4j-log4j12-1.7.5.jar 9KB
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1.7.5
slf4j-api-1.7.5.jar 25KB
xerial
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snappy-java
1.1.1.6
snappy-java-1.1.1.6.jar 578KB
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2.10.4
scala-library-2.10.4.jar 6.8MB
apache
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httpclient
4.3.2
httpclient-4.3.2.jar 574KB
httpcore
4.3.1
httpcore-4.3.1.jar 276KB
avro
avro
1.7.6
avro-1.7.6.jar 416KB
commons
math
commons-math-2.2.jar 965KB
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1.4.1
commons-compress-1.4.1.jar 236KB
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commons-lang-2.5.jar 270KB
commons-jexl
2.1.1
commons-jexl-2.1.1.jar 261KB
collections
commons-collections-3.2.1.jar 562KB
codehaus
jackson
jackson-mapper-asl
1.9.13
jackson-mapper-asl-1.9.13.jar 762KB
jackson-core-asl
1.9.13
jackson-core-asl-1.9.13.jar 227KB
reflections
reflections-0.9.9-RC1.jar 118KB
ow2
asm
asm
4.0
asm-4.0.jar 45KB
tukaani
xz
1.0
xz-1.0.jar 92KB
bdgenomics
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utils-cli_2.10-0.2.1.jar 22KB
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0.2.1
utils-metrics_2.10-0.2.1.jar 547KB
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0.2.1
utils-misc_2.10-0.2.1.jar 12KB
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0.2.1
utils-io_2.10-0.2.1.jar 57KB
adam
adam-apis_2.10
0.17.0
adam-apis_2.10-0.17.0.jar 12KB
seqdoop
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hadoop-bam-7.0.0.jar 291KB
objenesis
objenesis
1.2
objenesis-1.2.jar 35KB
scoverage
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0.99.2
scalac-scoverage-plugin_2.10-0.99.2.jar 210KB
com
thoughtworks
paranamer
paranamer
2.3
paranamer-2.3.jar 29KB
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0.5.5
servo-core-0.5.5.jar 361KB
esotericsoftware
minlog
minlog
1.2
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kryo
kryo
2.21
kryo-2.21.jar 355KB
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reflectasm
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twitter
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parquet-common-1.6.0rc4.jar 15KB
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1.6.0rc4
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1.6.0rc4
parquet-encoding-1.6.0rc4.jar 266KB
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parquet-hadoop-1.6.0rc4.jar 191KB
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1.6.0rc4
parquet-scala_2.10-1.6.0rc4.jar 27KB
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1.6.0rc4
parquet-column-1.6.0rc4.jar 846KB
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1.6.0rc4
parquet-avro-1.6.0rc4.jar 41KB
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2.2.0-rc1
parquet-format-2.2.0-rc1.jar 367KB
google
guava
guava
14.0.1
guava-14.0.1.jar 2.09MB
java
contract
cofoja-1.1-r150.jar 589KB
code
findbugs
annotations
2.0.0
annotations-2.0.0.jar 72KB
commons-httpclient
commons-httpclient
3.1
commons-httpclient-3.1.jar 298KB
pom.xml 11KB
src
test
resources
test.bam 15.73MB
main
resources
log4j.properties 760B
scala
org
ncic
gatkspark
GATKSparkMain.scala 3KB
HaplotypeCaller.scala 10KB
LICENSE 34KB
bin
append_to_option.py 2KB
gatk-spark-submit 7KB
example
run_gatk_spark_example.sh 2KB
readme.txt 270B
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