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java8看不到源码-Genome-Analysis-Tutorial:基因组分析教程页面
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java8 看不到源码欢迎来到基因组分析教程页面 请访问此站点以查看此 git 存储库的网络版本。 此页面将帮助您学习如何基于 GATK BestPractice 制作流水线。 从此页面,您可以下载资源文件,例如参考 fasta、samtools、bwa、picard、GATK4、snpEff 和原始 fastq 文件。 是的! 本教程基于 Broad Institute 的最新工具 GATK4。 希望大家学会分析基因数据,为科学领域做出贡献。 如果您想要 GATK3 最佳实践管道,请单击 。 请享用!! 1. 下载资源 从此页面下载所有资源。 2. 安装工具 2.1. 安装 BWA # 1) Download BWA (bwa-0.7.17.tar.bz2) $ wget https://downloads.sourceforge.net/project/bio-bwa/bwa-0.7.17.tar.bz2 # 2) Extract bwa-0.7.17.tar.bz2 $ tar xf bwa-0.7.17.tar.bz2 # 3) Install BWA $ make # 4)
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Genome-Analysis-Tutorial-master.zip (37个子文件)
Genome-Analysis-Tutorial-master
_config.yml 26B
result
SRR000982.filtered.variants.annotated.GATK3.vcf 169KB
SRR000982.rawINDELs.vcf 23KB
kit.bed.gz 1.76MB
SRR000982.mapped.sorted.bam 22.42MB
snpEff_genes.txt 5KB
all.sh 4KB
SRR000982.rawSNPs.vcf 73KB
SRR000982.rawINDELs.vcf.idx 17KB
SRR000982.rawSNPs.vcf.idx 19KB
ucsc.hg19.dict 12KB
snpEff_summary.html 88KB
SRR000982.mapped.sorted.markdup.recal.bam.bai 3.36MB
SRR000982.recal_data.table 1.66MB
SRR000982.rawVariants.vcf.idx 23KB
SRR000982.rawSNPs.Filtered.vcf 77KB
SRR000982.Filtered.Variants.vcf.idx 20KB
SRR000982.mapped.sorted.markdup.recal.bai 3.47MB
kit.pad.sort.merge.bed 4.26MB
ucsc.hg19.fasta.fai 3KB
SRR000982.filtered.variants.annotated.vcf 246KB
SRR000982.rawINDELs.Filtered.vcf.idx 19KB
SRR000982.rawVariants.vcf 84KB
SRR000982.mapped.sorted.markdup.bam 22.78MB
SRR000982.rawINDELs.Filtered.vcf 76KB
ucsc.hg19.fasta.genome 2KB
SRR000982.mapped.bam 23.88MB
SRR000982.rawSNPs.Filtered.vcf.idx 19KB
SRR000982.Filtered.Variants.vcf 135KB
SRR000982.markdup.metrics.txt 3KB
README.md 13B
SRR000982.g.vcf.idx 143KB
SRR000982.mapped.sorted.markdup.bam.bai 3.36MB
SRR000982.mapped.sorted.bam.bai 3.36MB
gatk3-bestpractice.md 10KB
README.md 9KB
resource.md 1KB
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