bedtorch:用于BED文件操作的快速本机工具套件

床火炬 动机 bedtorch的目标是提供R中固有的快速BED文件操作工具套件。 在生物信息学研究中，一种重要的工作类型与BED和类似BED的文件操作有关。 仅举几个例子： 根据长度过滤cfDNA片段 鉴定与某些基因重叠的基因组区域 基于表观遗传特征的过滤特征，例如组蛋白修饰水平 以一定的基因组间隔提取SNV 许多这样的任务可以通过一些高度优化的工具来完成，例如和 。 但是，这些是仅在Shell中工作的二进制工具。 有时，尤其是对于使用R的开发人员，希望以R代码调用这些工具。 一种解决方案是使用调用系统命令（或 ）的函数。 一个受欢迎的软件包是一个很好的例子。 这是R代码和Shell工具之间的桥梁。 在tabix ， bedtools数据写入临时目录，调用某些命令行工具，例如tabix ， bedtools或bedops ，解析输出并重新生成R空间中的数据帧。 通常，此方法非常有