rm(list=ls())
a=read.table(choose.files(),sep='\t',stringsAsFactors=F,header=T)#选择你下的CCDs文件
tmp<‐apply(a[1:100,],1,function(gene){#取前100行数据分析调试
#gene=a[3,]
x=gene[10]#Column10外显子坐标位置列
if(grepl('\\]',x)){#判断x中是否存在有]这样的符号，如果有就利用正则替换掉。
x=sub('\\[','',x)
x=sub('\\]','',x)
#这个时候得到的对象还是像这样的“880073‐880179,880436‐880525……”
tmp<‐strsplit(as.character(x),',')[[1]]#我们先从逗号开始分割成小块
start<‐as.numeric(unlist(lapply(tmp,function(y){#取开始位点
strsplit(as.character(y),'‐')[[1]][1]
})))
end<‐as.numeric(unlist(lapply(tmp,function(y){#取结束位点
strsplit(as.character(y),'‐')[[1]][2]
})))
gene_d<‐data.frame(gene=gene[3],#将基因名，染色体，开始、结束位点绑定为数据框
chr=gene[1],
start=start,
end=end
)
return(gene_d)#返回数据框
}
})
tmp_pos=c()#构造一个空的向量
lapply(tmp[1:10],function(x){#取前10个list文件计算调试
#print(x)
if(!is.null(x)){
apply(x,1,function(y){
#print(y)
for(iinas.numeric(y[3]):as.numeric(y[4]))#y[3]为坐标起点，y[4]为终止坐标，历编
tmp_pos<<‐c(tmp_pos,paste0(y[2],"‐",i))
})
}
})
length(tmp_pos)#计算exon的长度
length(unique(tmp_pos))#计算去重后的exon的长度
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