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pybedtools:适用于Aaron Quinlan的BEDTools(生物信息学工具)的Python包装器以及更多内容
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2021-05-05
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概述 广泛用于基因组间隔操纵或“基因组代数”。 pybedtools包装并扩展了BEDTools,并提供了Python内部的功能级操作。 请参阅完整在线文档,包括安装说明。 为什么要使用pybedtools? 这是获取距基因间SNP小于5 kb的基因名称的示例: from pybedtools import BedTool snps = BedTool ( 'snps.bed.gz' ) # [1] genes = BedTool ( 'hg19.gff' ) # [1] intergenic_snps = snps . subtract ( genes ) # [2] nearby = genes . closest ( intergenic_snps , d = True , stream = True ) # [2, 3]
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pybedtools:适用于Aaron Quinlan的BEDTools(生物信息学工具)的Python包装器以及更多内容 (210个子文件)
gdc.50.200.bam.bai 96B
gdc.1.100.bam.bai 96B
gdc.sorted.bam.bai 96B
x.bam 1.84MB
y.bam 2KB
small.bam 1KB
issue_121.bam 1KB
reads.bam 429B
gdc.othersort.bam 275B
gdc.bam 225B
gdc.sorted.bam 203B
gdc.50.200.bam 188B
gdc.1.100.bam 165B
make.bat 4KB
x.bed 2.4MB
issue319.out.bed 170KB
Cp190_Kc_Bushey_2009.bed 117KB
Cp190_Mbn2_Bushey_2009.bed 116KB
SuHw_Kc_Bushey_2009.bed 84KB
SuHw_Mbn2_Bushey_2009.bed 78KB
BEAF_Mbn2_Bushey_2009.bed 67KB
BEAF_Kc_Bushey_2009.bed 67KB
CTCF_Mbn2_Bushey_2009.bed 64KB
CTCF_Kc_Bushey_2009.bed 51KB
rmsk.hg18.chr21.small.bed 36KB
venn.c.bed 7KB
venn.b.bed 4KB
gdc.bed 194B
issue319.bed 170B
bedpe.bed 103B
bedpe2.bed 103B
a.bed 102B
vcf-stderr-test.bed 100B
test_bedpe.bed 74B
b.bed 52B
expand_test.bed 52B
test_tsses.bed 49B
m1.bed 39B
hg38-problem.bed 35B
multibamcov_test.bed 29B
test_peaks.bed 20B
tag_test2.bed 19B
tag_test1.bed 18B
hg38-base.bed 10B
mm9.bed12 749B
setup.cfg 83B
bedFile.cpp 14KB
gzstream.cpp 5KB
fileType.cpp 2KB
gdc.cram 877B
custom.css 48B
Dockerfile 923B
Dockerfile 920B
example-script 3KB
example-script-nocomments 943B
example_3 45B
example_3_no_comments 1KB
test.fa 2KB
genome.fa 84B
test.fa.fai 18B
small.fastq 1KB
hg19.gff 218KB
c.gff 1KB
gdc.gff 734B
d.gff 228B
exons.gff 138B
.gitignore 284B
164.gtf 412B
snps.bed.gz 8.08MB
dm3-chr2L-5M-invalid.gff.gz 405KB
dm3-chr2L-5M.gff.gz 405KB
issue319.vcf.gz 22KB
rmsk.hg18.chr21.small.bed.gz 11KB
gdc.gff.gz 229B
bedFile.h 20KB
gzstream.h 4KB
lineFileUtilities.h 1KB
fileType.h 1KB
a.links.html 995B
layout.html 81B
a.igv_script 193B
MANIFEST.in 349B
Makefile 5KB
mpl.png 32KB
mpl-expected.png 24KB
gchart.png 8KB
gchart-expected.png 8KB
downloads.png 2KB
prevent_open_file_regression 2KB
cbedtools.pxd 3KB
bedtool.py 130KB
genome_registry.py 110KB
test_1.py 54KB
helpers.py 26KB
test_issues.py 25KB
plotting.py 19KB
long_range_interaction.py 16KB
test_cbedtools.py 12KB
ez_setup.py 11KB
setup.py 10KB
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AaronGary
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