bioconda

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: Linux安装bioconda Linux安装bioconda简述安装使用Q&A 简述 bioconda，一个类似于360软件管家、yum、apt功能而致力于管理生物信息学相关软件的包。 conda：包管理软件。 miniconda：conda和python的集成环境。 anaconda：conda、python...
评级：0 浏览量：794 收藏量：0 资源大小：36KB 上传时间：2021-01-09

: bioconda-repodata-archive：来自Bioconda和相关渠道的repodata.json存档 Bioconda是一个专门为生物信息学提供软件包的Conda频道，它极大地简化了在Linux、macOS和Windows系统上安装和管理生物信息学工具的过程。这个压缩包“bioconda-repodata-archive”包含了Bioconda频道的repodata.json...
评级：0 浏览量：84 收藏量：0 资源大小：184.27MB 上传时间：2021-02-27

: bioconda食谱：bioconda频道的Conda食谱 Bioconda频道是独立于平台和语言的软件包管理器，可轻松进行软件的分发，安装和版本管理。是Conda频道，为Linux和Mac OS提供与生物信息学相关的软件包。该存储库托管相应的配方。用户指南请访问了解详细信息。...
评级：0 浏览量：116 收藏量：0 资源大小：27.87MB 上传时间：2021-02-04

: bioconda-actions:Bioconda 项目使用的 github 操作存储库当前子目录： bioconda_utils_autobump ：由 bioconda-utils 存储库用于测试 autobump bioconda_utils_setup_conda ：几乎所有 bioconda 存储库都使用。这将设置 bioconda-utils。修改此存储库要修改此存储库，您...
评级：0 浏览量：75 收藏量：0 资源大小：49.54MB 上传时间：2021-05-29

: bioconda.github.io:Bioconda是生物信息学软件的发行版，实现为多功能包装管理器Conda的渠道 Bioconda文档使用Sphinx构建，可从位于。如果您在我们的文档中发现错误，请，或者更好的方法是，在Github上编辑文件并打开PR。打包索引每天更新一次，可能无法反映出最新上传到Bioconda频道的内容。
评级：0 浏览量：81 收藏量：0 资源大小：37.46MB 上传时间：2021-03-27

: SARS-CoV-2:使用Galaxy，BioConda和公共研究基础设施对COVID-19进行的持续分析-源码家真的分析是使用平台和开源工具进行的。工具使用运行由得克萨斯高级计算中心（维持资源），匹兹堡超级计算中心（）和在美国，，云资源和群集资源在欧洲方面，在Diamond Light Source，以及澳大利亚的云资源。
评级：0 浏览量：61 收藏量：0 资源大小：155.22MB 上传时间：2021-03-20

: anndata2ri:在 AnnData 和 SingleCellExperiment 之间转换 conda install -c bioconda anndata2ri 故障排除如果您在安装或导入 anndata2ri 时遇到问题，请确保您首先：检查堆栈跟踪：如果在安装或导入依赖项（例如rpy2 ）时发生错误，请在该项目的错误跟踪器中报告您的...
评级：0 浏览量：401 收藏量：0 资源大小：35KB 上传时间：2021-05-29

: VariantMaster:提取单基因和散发性遗传疾病的致病变异-开源临床遗传学对利用高通量测序数据准确诊断单基因疾病的兴趣正在快速增长。为了提高对 HTS 变异的识别，我们开发了 VariantMaster，这是一个原始程序，可准确有效地提取家族性和散发性遗传疾病中的致病变异。...
评级：0 浏览量：63 收藏量：0 资源大小：24KB 上传时间：2021-07-01

: seqfu2:seqfu-Sequece Fastx实用程序 conda install -y -c bioconda seqfu 完整文件完整的文档可在以下找到：开机画面 SeqFu - Sequence Fastx Utilities version: 1.0.0 • count [cnt] : count FASTA/FASTQ reads, pair-end aware • ...
评级：0 浏览量：108 收藏量：0 资源大小：7.2MB 上传时间：2021-05-11

: chanjo：Chanjo提供了更好的方法来分析临床测序中的覆盖率数据昌祖 Chanjo是用于临床测序的覆盖率分析。它在Python中使用符合的命令行界面来实现。如果您发现chanjo在您的项目中很...conda install --channel bioconda sambamba pip install -r requirements-dev.txt --editabl
评级：0 浏览量：78 收藏量：0 资源大小：654KB 上传时间：2021-02-06

: anaconda-conda install加速.pdf 上述命令涵盖了 Anaconda 的主要包源和一些特定的第三方频道，如 conda-forge（包含额外的社区构建包）、bioconda（生物信息学相关包）和 msys2（Windows 环境下的依赖）。 3. **显示渠道 URL**：为了确保镜像源...
评级：0 浏览量：386 收藏量：0 资源大小：93KB 上传时间：2024-01-27

: Anaconda安装-超详细版(2023).docx bioconda: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/ ``` #### 七、总结通过上述步骤，您可以成功地在自己的计算机上安装并配置好Anaconda环境。Anaconda的强大之处在于它集成了大量的科学计算库...
评级：0 浏览量：225 收藏量：0 资源大小：5.41MB 上传时间：2024-05-31

: anaconde-conda安装清华源.pdf bioconda: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud menpo: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud pytorch: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud pytorch-lts: ...
评级：0 浏览量：520 收藏量：1 资源大小：99KB 上传时间：2024-01-20

: spark三种模式部署安装（基于Anaconda3实现spark编程） bioconda: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud menpo: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud ``` 5. **安装PySpark库**：使用Anaconda的`conda`命令安装PySpark和其他相关...
评级：0 浏览量：162 收藏量：0 资源大小：882KB 上传时间：2024-03-25

: 22KneadData宏基因组质控1 安装完成后，可以使用`conda config --add channels bioconda`命令添加Bioconda频道，以便安装生物信息学相关的软件。总的来说，22KneadData宏基因组质控1涵盖了从样本处理到数据分析的全过程，涉及物种鉴定、功能...
评级：0 浏览量：163 收藏量：0 资源大小：2.25MB 上传时间：2022-08-03

: 疯狂踩坑的《动手学深度学习pytorch》windows10的环境，miniconda+GPU+Jupter 这包括pytorch、menpo、bioconda、msys2、conda-forge、pkgs/main和pkgs/free等频道。 7. **SSL验证**：在某些网络环境中，可能需要关闭SSL验证以完成下载。但请注意，这可能带来安全风险，因此仅在必要时才进行...
评级：0 浏览量：340 收藏量：0 资源大小：5.97MB 上传时间：2023-08-10

: 文件libssl.so.1.0.0、文件libcrypto.so.1.0.0 conda install -c bioconda ucsc-bedgraphtobigwig conda install -c bioconda ucsc-bigwigtobedgraph ..... 等等一系列ucsctools的系列工具，在安装成功后，如果使用，出现报错！！！！如下： bedGraphToBigWig: ...
评级：0 浏览量：1237 收藏量：0 资源大小：1.12MB 上传时间：2023-04-23

: 30Summary总结1 生物信息学工具的管理和分发平台，如Bioconda，提供了便捷的方式来安装和管理生物信息软件及其依赖。Bioconda包含数千种生物信息软件，简化了软件的部署和更新过程，是生物信息学研究中的重要资源。 6. **环境变量...
评级：0 浏览量：109 收藏量：0 资源大小：2.8MB 上传时间：2022-08-03

: anaconda安装及环境配置教程 bioconda: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud menpo: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud pytorch: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud pytorch-lts: ...
评级：0 浏览量：1713 收藏量：0 资源大小：238KB 上传时间：2023-03-29

: ggd-recipes:基因组数据的conda配方像Conda和Bioconda ，ggd-recipes通常由社区构建。我们鼓励社区做出贡献，并在ggd文档网站上提供了一系列说明页面的页面。参见。此外，用于ggd的命令行界面（cli）提供了可简化ggd配方创建和测试的工具。如果...
评级：0 浏览量：61 收藏量：0 资源大小：5.83MB 上传时间：2021-05-09

: sccaf:单细胞聚类评估框架 SCCAF：单细胞聚类评估框架 ... Bioconda：如果安装是通过Bioconda完成的，则您将需要。 Docker容器：要从其Docker容器中使用SCCAF，您将需要安装。源代码：要直接从源代码使用和安装，您将需要git，Python3和pip。
评级：0 浏览量：744 收藏量：1 资源大小：1.64MB 上传时间：2021-05-06

: graphtyper:使用全基因组图进行人口规模基因分型如果愿意，还可以通过bioconda安装graphtyper： ://bioconda.github.io/recipes/graphtyper/README.html 从源头建造您可能还想从源代码构建graphtyper，例如，如果要更改代码。在这种情况下，您首先需要满足以下...
评级：0 浏览量：279 收藏量：0 资源大小：658KB 上传时间：2021-05-01

: containers-rules-manuscript:推广生物信息学软件的建议包装和容器化生物信息学软件的建议描述该存储库包含标题为：《的手稿。我们的目的是描述生物信息学界如何生产更好的软件容器和包装，以提高原始结果的可简化性。预印：待定最终文件：待定 ...
评级：0 浏览量：62 收藏量：0 资源大小：19KB 上传时间：2021-05-16

: bioinformatics-in-the-clouds.rar_bioinformatics_cloud learning_c 5. **生物信息学工具和软件在云环境的实现**：例如Galaxy、Dockstore、Bioconda等平台的使用。 6. **数据安全与隐私**：云计算环境下的数据保护措施、法规遵从性、加密技术。 7. **实例分析**：通过具体项目或实验...
评级：0 浏览量：90 收藏量：0 资源大小：896KB 上传时间：2022-07-13

: mskcc的vcf2maf极简解决方案代码分享.docx conda install -y -c bioconda ensembl-vep 在安装完成后，我们可以使用 vcf2maf.pl脚本将 VCF 文件转换为 MAF 文件： vcf2maf.pl --help vep --help samtools -v perl -e '{print join"\n",@INC}' 在配置 VEP 的...
评级：0 浏览量：116 收藏量：0 资源大小：114KB 上传时间：2021-10-26

: tombo:Tombo是一套工具，主要用于从原始的纳米Kong测序数据中鉴定修饰的核苷酸通宝 Tombo是一套工具，主要用于从纳米Kong测序数据中鉴定...conda install -c bioconda ont-tombo 任何Tombo分析的第一步都是重新使原始纳米Kong读段（原始信号与参考序列比对）进行重组。这将创建一个索引并存储执
评级：0 浏览量：406 收藏量：0 资源大小：21.31MB 上传时间：2021-05-15

: bisque:R工具包，可根据大量表达数据估算细胞组成浓汤一个R工具箱，用于从具有单细胞信息的大量表达数据中准确有效地估算细胞组成（“分解”）。 Bisque提供两种操作模式：基于参考的分解此方法利用单单元格数据来分解批量表达... 以及Bioconda conda install r-
评级：0 浏览量：537 收藏量：0 资源大小：37KB 上传时间：2021-05-09

: GToTree:系统基因组学的用户友好型工作流程 conda create -y -n gtotree -c conda-forge -c bioconda -c astrobiomike gtotree GToTree是工作流程的结构化实现，每当我想制作大型系统树时，我都会将其组合在一起。我所说的大规模是什么意思？从拥有全部3个...
评级：0 浏览量：191 收藏量：0 资源大小：52.87MB 上传时间：2021-05-15

: MACS:MACS-ChIP-Seq的基于模型的分析 Bioconda： Debian Med：介绍随着测序技术的改进，染色质免疫沉淀后再进行高通量测序（ChIP-Seq）成为研究全基因组蛋白质-DNA相互作用的工具。为了解决缺乏有力的ChIP-SEQ分析方法中，我们提出ÇhIP-情商的M个...
评级：0 浏览量：304 收藏量：0 资源大小：127.02MB 上传时间：2021-05-02

: tapestry:验证和编辑小型真核基因组装配体挂毯Tapestry是一种使用长序列阅读来验证和编辑小型真核基因组装配体的工具。它旨在帮助识别接近完整的基因组装配体中的完整染色体，共生体... 如果您设置为使用Bioconda（请参阅conda和），请安装最新版本的conda ：
评级：0 浏览量：76 收藏量：0 资源大小：1.86MB 上传时间：2021-05-23

: vcflib:用于解析和处理VCF文件的C ++库和cmdline工具 vcflib一个用于解析和处理VCF文件的C ++库。概述是平面文件，制表符分隔的文本格式，用于... 短指数：筛选指标表型基因型转型统计数据剧本链接库从源代码构建发展执照安装 Bioconda Conda无需用户权限即可安装在用户
评级：0 浏览量：342 收藏量：0 资源大小：18.53MB 上传时间：2021-05-10

: pitchfork:从github源码制作pacbio原型我们正在淘汰旧的干草叉，并用我们用Bioconda所做的努力来代替它。作为主要贡献者，Mengjuei非常感谢您的支持以及在他自己的周末项目中构建此工具的所有乐趣。免责声明本网站和内容以及所有与网站相关的服务...
评级：0 浏览量：84 收藏量：0 资源大小：159KB 上传时间：2021-05-14

: MetaBGC:利用人类微生物组化学库的宏基因组学策略 MetaBGC：生物合成基因簇的元基因组标识符 MetaBGC是一种基于读取的算法，可...Bioconda分布即将推出... 手动安装先决条件要运行MetaBGC，请确保已在PATH中安装了以下依赖项。（版本> = 3.6）版本3.1b2 4.7版
评级：0 浏览量：273 收藏量：1 资源大小：34.46MB 上传时间：2021-04-03

: canu:用于大大小小的基因组的单分子序列组装器 Conda： conda install -c conda-forge -c bioconda -c defaults canu 自制软件： brew install brewsci/bio/canu 或者，您可以使用源代码中的最新未发行版本。此版本未进行与发行版相同的测试，因此可能存在...
评级：0 浏览量：189 收藏量：0 资源大小：2.74MB 上传时间：2021-05-12

: seqcap_processor:用于处理系统发育学的序列捕获数据的生物信息学管道顺序捕获处理程序（SECAPR）原始出版物： : 说明文件：安装与设定SECAPR可作为conda软件包在bioconda渠道上购买。这使得具有所有依赖性的SECAPR管道的安装非常简单。按照本页上的说明进行设置，以准备使用SECAPR...
评级：0 浏览量：65 收藏量：0 资源大小：12.69MB 上传时间：2021-05-21

: 集合体：基于CWL的PacBio和Illumina数据自动生物信息学工作流程该工作流程使用BioConda和DockerHub安装所需的软件，因此是完全自动化的。除最终装配外，工作流程还会在抛光步骤之前和之后产生中间装配。工作流遵循CWL v1.0的语法。依存关系程式可以使用或实现来运行管道，而...
评级：0 浏览量：141 收藏量：0 资源大小：384KB 上传时间：2021-02-15

: adVNTR:从序列数据中对可变数目串联重复序列（VNTR）进行基因分型的工具 conda config --add channels bioconda conda install -c conda-forge -c bioconda advntr 可以使用advntr从命令行调用advntr 或者，您可以安装依赖项并。资料需求为了对VNTR进行基因分型，您需要针对感兴趣的...
评级：0 浏览量：165 收藏量：0 资源大小：288KB 上传时间：2021-05-01

: pytorch安装整理手册.docx conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/menpo/ conda config --add ...
评级：0 浏览量：161 收藏量：0 资源大小：17KB 上传时间：2022-01-08

: cooler:存放Hi-C的好地方冷却器存放Hi-C的好地方 Cooler是稀疏，压缩的二进制持久存储（也称为cooler）的支持库，用于存储基因组交互数据，例如Hi-C联系人矩阵。较凉的文件格式是使用作为容器...$ conda install -c conda-forge -c bioconda
评级：0 浏览量：326 收藏量：0 资源大小：10.84MB 上传时间：2021-05-17

: fastq-scan:以 JSON 格式输出 FASTQ 汇总统计信息 fastq-scan从 STDIN 读取 ... conda install -c bioconda fastq-scan 从源头 git clone git@github.com:rpetit3/fastq-scan.git cd fastq-scan make 这将使用 g++ 编译程序，我会让你处理把它放在哪里。我已经在 g
评级：0 浏览量：170 收藏量：0 资源大小：30KB 上传时间：2021-05-29

: defining_genomic_regions:定义基因组中的区域定义基因组区域参考基因组只是一串 A、C、G 和 T。然而，基因组中有许多功能元件，并且已经进行了大量的努力来注释基因组。任务是对人类和小鼠基因组中的基因和基因...conda install -c bioconda bedtools 下载 GTF
评级：0 浏览量：196 收藏量：0 资源大小：1.33MB 上传时间：2021-07-24

: dca:深度计数自动编码器可对scRNA-seq数据进行消噪 $ conda install -c bioconda dca用法您可以从命令行运行自动编码器： dca matrix.csv results其中matrix.csv是CSV / TSV格式的原始计数矩阵，其基因位于行中，单元格位于列中。细胞和基因标签是强制性的。结果输出...
评级：0 浏览量：285 收藏量：1 资源大小：6.49MB 上传时间：2021-03-21

: haslr:快速读取长短序列杂交基因组的快速工具 HASLR：长读的快速混合组装介绍 HASLR是用于长测序读数的快速基因组组装的工具。... 可以使用conda软件包管理器通过bioconda渠道安装HASLR： conda install -c bioconda haslr 从源头建造 git clo
评级：0 浏览量：171 收藏量：0 资源大小：85KB 上传时间：2021-03-08

: Triti-Map:基于Snakemake的黑麦基因定位管道 Triti-Map是用于Triticeae中基因定位的基于Snakemake的管道，其中包含一组用户友好的计算包和，集成了Triticeae物种的多组学数据，包括基因组，表观基因组，进化和同源...conda create -c conda-forge -c bioconda -n
评级：0 浏览量：134 收藏量：0 资源大小：82KB 上传时间：2021-04-12

: drax:用于检测抗药性相关taXa的管道 Bioconda 为了易于使用， DRAX管道由包装器脚本调用，该脚本可让您下载所需的参考数据，运行DRAX 管道或更新管道。使用安装DRAX最简单： conda install drax -c bioconda 货柜您也可以使用容器而不是DRAX运行...
评级：0 浏览量：54 收藏量：0 资源大小：1.52MB 上传时间：2021-05-14

: pbcore:用于读取和写入PacBio:registered:数据文件的Python库可用性可以通过bioconda软件包pbcore安装最新版本。请参阅我们的以获取有关安装，支持，许可，版权和免责声明的信息。说明文件：免责声明本网站和内容以及所有与网站相关的服务（包括任何数据）均按“原样”提供，...
评级：0 浏览量：142 收藏量：0 资源大小：2.86MB 上传时间：2021-05-08

: pipelines:用于集群的生物信息学管道 5. **依赖管理**：使用像Conda或Bioconda这样的包管理系统，确保所有必要的软件及其依赖项在集群上的正确安装和配置。 6. **日志记录**：为了追踪和调试，需要有良好的日志系统来记录每个步骤的输出和可能的错误。 ...
评级：0 浏览量：77 收藏量：0 资源大小：52KB 上传时间：2021-06-20

: TPMCalculator:TPMCalculator通过解析BAM文件直接从比对中量化mRNA丰度 TPM计算器 TPMCalculator通过解析BAM文件直接从比对中量化mRNA的丰度。输入参数是用于生成比对的相同GTF文件，以及一个或多个包含单端或双端测序读取的输入... TPMCalculator可在Bioconda上找到： ://bioconda.github
评级：0 浏览量：451 收藏量：0 资源大小：3.28MB 上传时间：2021-05-27

: IsoSeq:IsoSeq3-可从单分子PacBio读取的可扩展性从头异构体发现可以通过bioconda软件包isoseq3安装最新版本。请参阅我们的以获取有关安装，支持，许可，版权和免责声明的信息。工作流程文件变更日志 3.4.0 SMRT Link版本10.0.0 通过添加tag和dedup ，添加对UMI和单元条码...
评级：0 浏览量：486 收藏量：0 资源大小：7.62MB 上传时间：2021-05-17

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