fastq

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: parallel-fastq-dump:并行fastq-dump包装器并行fastq转储并行fastq-dump包装器为什么和如何即使您已经拥有更快的资源（网络，IO，CPU），即使您已经下载了sra文件，NCBI fastq-dump有时也会非常慢。该工具通过将工作划分为多个线程来加快过程。这是可能的，...
评级：0 浏览量：785 收藏量：0 资源大小：5KB 上传时间：2021-04-30

: fastq-pair:快速高效地匹配配对的末端fastq文件快速配对重写配对的末端fastq文件，以确保所有读取都具有配对并分离出单例。这段代码做一件事：它需要两个fastq文件，并生成四个fastq文件。是的，免费提供，使您拥有的fastq文件数量增加了一倍！！通常，当您...
评级：0 浏览量：401 收藏量：0 资源大小：321KB 上传时间：2021-05-15

: bam2fastq:从bam到FASTQ的简单转换器 bam2fastq bam2fastq是一个从BAM文件中提取序列和质量的程序。原始版本可以在找到。随后对其进行了修改，以处理具有成对和不成对读和写到stdout混合的BAM文件。安装需要make，gcc和zlib压缩库-所有这些都应该存在...
评级：0 浏览量：1824 收藏量：0 资源大小：10KB 上传时间：2021-05-24

: bcl2fastq:NextSeq特定的bcl2fastq2包装器 NextSeq .bcl转换bcl_to_fastq运行带有可选效果的bcl2fastq到“样本表”，并将跨通道的读取按样本连接到R1和R2中。默认情况下，成功时将删除各个通道的不确定和读取，并将所有读取放置在BaseCalls目录中。在bcl2...
评级：0 浏览量：533 收藏量：0 资源大小：11KB 上传时间：2021-03-16

: seqtk-Introduction.zip_fastq seqtk的操作说明，seqtk是处理fasta格式文件的重要命令，可以完成fastq和fasta之间的转换
评级：0 浏览量：61 收藏量：0 资源大小：5KB 上传时间：2022-09-22

: 维基百科：FASTQ格式来自维基百科中文版本的FASTQ文件格式介绍。由于维基百科被和谐了，特在此分享。
评级：0 浏览量：236 收藏量：0 资源大小：877KB 上传时间：2021-03-22

: Fastq过滤器 Fastq过滤器
评级：0 浏览量：67 收藏量：0 资源大小：1KB 上传时间：2021-02-08

: fastq-scan:以 JSON 格式输出 FASTQ 汇总统计信息 fastq-scan从 STDIN 读取 FASTQ 并以 JSON 格式输出汇总统计信息（读取长度、每次读取质量、每个碱基质量）。快速扫描我想要一种以 JSON 格式输出输入 FASTQ 的简单汇总统计信息的快速方法。有（可能更好）的替代...
评级：0 浏览量：152 收藏量：0 资源大小：30KB 上传时间：2021-05-29

: WES-data-Analysis:从FastQ到vcf WES数据分析从FastQ到vcf，然后使用varaft软件进行注释如果您使用此代码，请在您的论文中引用以下链接： :
评级：5 浏览量：267 收藏量：1 资源大小：2KB 上传时间：2021-04-24

: genozip：用于基因组文件（FASTQ，SAMBAM，VCF，FASTA，GVF，23andMe ...）的压缩器，比gzip压缩多达5倍，... Genozip （可在Conda ， Docker Hub和） Genozip是一种用于基因组文件的压缩器-虽然它可以压缩任何文件（即不仅是基因组文件），但它经过优化可以压缩FASTQ，SAM / BAM / CRAM，VCF / BCF，FASTA，GVF，Phylip和23...
评级：5 浏览量：628 收藏量：0 资源大小：3.79MB 上传时间：2021-02-15

: 鸭子：FASTQ多路分解器鸭子FASTQ解复用器建筑您可以使用两种方法来构建ducks ：装配罐或本地图像。您可能想要在构建任何东西之前先检查最新版本。 $ git checkout v0.1.0组装罐要制作一个装配罐，您需要。跑： $ sbt assembly 这将在...
评级：0 浏览量：58 收藏量：0 资源大小：20KB 上传时间：2021-02-25

: pyFastq:简单的python 2.7库解析fastq文件和处理illumina 1.8+ fastq序列 pyfastq 0.1 解析fastq文件和处理illumina 1.8+ fastq序列的简单python 2.7库创作时间：2015/04/02 最后更新 : 2015/04/02快速阅读器读取 fastq 文件并生成 FastqSeq 对象的迭代器的解析函数。当文件为空时，生成器...
评级：0 浏览量：246 收藏量：0 资源大小：5KB 上传时间：2021-06-04

: pecheck:检查配对端FASTQ数据完整性检查双端FASTQ数据完整性的工具用法只需通过-i指定read1文件，并通过-I指定read2文件。输入文件可以gzip压缩（即R1.fq.gz）。 pecheck -i R1.fq -I R2.fq 然后将生成JSON报告。如果检查通过，则JSON结果将类似...
评级：0 浏览量：252 收藏量：0 资源大小：77KB 上传时间：2021-04-27

: selectseq:从FASTA或FASTQ文件中获取特定序列。-开源一个命令行实用程序，用于处理FASTA或FASTQ文件中的生物序列。在给定标识符列表的情况下，它只能获取序列的子集（或其补码，即列表中不在序列中）。也只能获得序列号N。如果zcat可读，则支持压缩序列文件。
评级：5 浏览量：1584 收藏量：0 资源大小：5KB 上传时间：2021-04-29

: defq:超快速多线程FASTQ多路分解定义超快速多线程FASTQ多路分解介绍使用index1或index2将单个FASTQ文件解复用为多个FASTQ文件。该工具是用C ++开发的，支持多线程。简单用法# read1 and read2 are precessed separately# -o specifies the output ...
评级：0 浏览量：97 收藏量：0 资源大小：503KB 上传时间：2021-04-28

: Python-从Python高效处理FASTQ文件从Python高效处理FASTQ文件
评级：0 浏览量：2525 收藏量：1 资源大小：32KB 上传时间：2019-08-10

: fastq_to_bam.slurm fastq_to_bam.slurm
评级：0 浏览量：210 收藏量：0 资源大小：7KB 上传时间：2022-03-24

: fastQ-Translator:尝试在Python中制作高效且准确的fastQ转换器 fastQ-翻译器试图用Python制作高效，准确的fastQ转换器。资源：方法在该翻译程序的整个开发过程中，我一直在使用各种方法编写的Jupyter文件。 FastQ.py 我的BME160最终版本中的OG文件。 newFastQ.py 正在进行...
评级：0 浏览量：104 收藏量：0 资源大小：6.54MB 上传时间：2021-03-19

: fq_delta:高效存储fastq文件的处理版本 Fq_delta - fastq 文件处理版本的有效存储。 Fq_delta 是一个 python 模块和 shell 脚本，可以存储由 DNA 和 RNA 测序技术生成的 fastq 文件的处理版本。通过使用允许对两个字符串进行逐字符比较的 Myer diff 算法...
评级：0 浏览量：138 收藏量：0 资源大小：35KB 上传时间：2021-07-04

: fastq_download_fr_acc_list fastq_download_fr_acc_list 这仅适用于配对末端读取。对于单端，需要修改inner_sra.sh文件。清理文件夹rm -rf batch / * err / * temp / * down *，然后复制整个父文件夹以进行其他研究。将特定的acc.txt文件...
评级：0 浏览量：121 收藏量：0 资源大小：57KB 上传时间：2021-02-13

: fastq:快速，在内存工作队列中 Fastq 快速，在内存工作队列中。基准（100万个任务）： setImmediate：812ms fastq：854毫秒异步队列：1298ms neoAsync.queue：1249毫秒在专用服务器上的节点12.16.1上获得。如果您需要零开销系列函数调用，请签出...
评级：0 浏览量：78 收藏量：0 资源大小：12KB 上传时间：2021-05-13

: fastqe:使用表情符号进行FASTQ序列质量可视化 FASTQ与表情符号= FASTQE :thinking_face: 读取一个或多个FASTQ文件，将计算每个文件的质量统计信息，并出于某种原因将这些统计信息打印为emoji...。给定Illumina 1.8 + / Sanger格式的fastq文件，计算每个位置的...
评级：0 浏览量：65 收藏量：0 资源大小：1.47MB 上传时间：2021-05-01

: fastq_to_bam_paired_snakemake：遵循GATK最佳做法的蛇形将配对的fastq文件转换为可分析的bams fastq_to_bam_paired_snakemake 遵循GATK最佳做法，将成对的fastq文件转换为可分析的bams的snakemake。该存储库包含运行snakemake所需的所有文件夹。由于GitHub不允许空文件夹，所以results /和logs / cluster /...
评级：0 浏览量：276 收藏量：0 资源大小：6KB 上传时间：2021-02-18

: fastp:超快速的多合一FASTQ预处理器（QCadapters整理过滤分离拆分合并...）快一种工具，旨在为FastQ文件提供快速的多合一预处理。该工具是用C ++开发的，支持多线程以提供高性能。来自STDIN的输入存储未配对的PE数据读取存储使过滤器失败的读取仅处理部分数据不要覆盖现有文件将输出拆分为...
评级：5 浏览量：1446 收藏量：0 资源大小：159KB 上传时间：2021-04-27

: fastq.bio:用于DNA测序数据质量控制的交互式Web工具如何使用fastq.bio 您可以在使用托管版本。或者，要在本地运行fastq.bio： npm installnpm run build 并在浏览器中打开index.html文件。这个怎么运作要生成质量控制报告，fastq.bio使用WebAssembly在浏览器中直接...
评级：0 浏览量：97 收藏量：0 资源大小：277KB 上传时间：2021-05-07

: fqzcomp:fastq压缩程序-开源 Fqzcomp是基本的fastq压缩机，主要为高性能而设计。尽管如此，其压缩级别与bzip2相当。
评级：0 浏览量：158 收藏量：0 资源大小：55KB 上传时间：2021-04-28

: FASTQ格式命令行工具Fqutils.zip Fqutils提供了一套基本的生物信息学序列数据FASTQ格式与命令行工具。格雷格·汉农的优良Fastx工具包套件的补充。的是，它正确地处理FASTQ格式发布的标准，该标准明确允许多行序列和质量得分记录信息每所描述的特征之...
评级：0 浏览量：254 收藏量：0 资源大小：272KB 上传时间：2019-07-18

: Raspberry:Raspberry，一种用于处理原始 FASTQ 文件的并行化 QC 工具使用压缩 (gzip) 或未压缩的 Illumina MiSeq 和 HiSeq FASTQ 配对/单端读取进行工作和测试。该软件包包含一个在 x86_64 平台上编译的静态二进制文件 (bin/raspberry)，以防您想独立使用它；否则你可能需要编译...
评级：0 浏览量：57 收藏量：0 资源大小：6.32MB 上传时间：2021-06-14

: slimfastq:对fastq文件的有效无损压缩。-开源 slimfastq是cli应用程序，用于压缩/解压缩fastq文件。它具有以下特点：*高压缩率*相对较低的CPU /内存使用率*真正无损的压缩/解压缩
评级：0 浏览量：112 收藏量：0 资源大小：5.79MB 上传时间：2021-04-29

: fastq-test-4.select-3.10.0-693.2.2.rt56.623.el7.x86_64.rar 一些火焰图，
评级：0 浏览量：109 收藏量：0 资源大小：316KB 上传时间：2021-08-24

: fastq2vcf:WES分析流程-开源 fasq2vcf是一个程序，可为全外显子组测序（WES）项目生成分析管道。它会将原始读取传递到变体调用和注释。
评级：0 浏览量：323 收藏量：2 资源大小：10KB 上传时间：2021-04-28

: PE_vus:在FASTQ中找到brcd和umi。 Goosang的2021年项目。03。25 PE_vus 在FASTQ中找到brcd和umi。 Goosang在2021年的项目。03。25。 [PE vus sub-pool] [procedure] win_size = 3 1. find "T"*6 sequence after (18 + 19 + 76)nt 2. get barcode sequence after "T"*6 3. find RP_...
评级：0 浏览量：85 收藏量：0 资源大小：290KB 上传时间：2021-03-25

: bgi2illumina:将FASTQ记录的BGI排序的标头转换为与Illumina兼容的标头将FASTQ记录的BGI排序的标头转换为与Illumina兼容的标头。安装只需运行make： make // this will build a binary make install // this will copy binary into /usr/local/bin 删除现有的“安装”运行 make ...
评级：5 浏览量：206 收藏量：0 资源大小：3KB 上传时间：2021-03-21

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: G-FQZip：使用GPU对FASTQ文件进行无损基于参考的压缩 G-FQZip：使用GPU对FASTQ文件进行无损基于参考的压缩
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评级：0 浏览量：180 收藏量：0 资源大小：330KB 上传时间：2019-09-17

: htseq2multx：包装到fastq-multx使其具有模仿条形码的拆分器，从而轻松地与Princeton的HTSEQ Web界面集成 htseq2multx 包装到使其具有，从而轻松地与Princeton的 Web界面集成。描述 Princeton 软件可访问的产生的数据。它提供了用于上游分析和数据下载/传输的功能。支持的功能的是对合并的测序样本进行多路分解。...
评级：0 浏览量：353 收藏量：0 资源大小：73KB 上传时间：2021-02-14

: qseq2fastq-开源一个将Illumina qseq文件转换为Phred fastq文件以在Maq中使用的perl脚本。最初由UC Riverside的Tyler Bachman撰写，由Eugene Goltsman改编。根据GNU GPLv3的条款免费提供。
评级：0 浏览量：61 收藏量：0 资源大小：970B 上传时间：2021-04-28

: sff2fastq:提取454 Genome Sequencer从SFF文件中读取并将其转换为FASTQ格式的输出例如，您可以执行以下操作： cat file.sff | sff2fastq > file.fastq 如果您有压缩的sff文件，并且想要避免像这样创建临时文件，这将很有用： zcat file.sff.gz | sff2fastq > file.fastq （该功能已通过了麻烦加入...
评级：0 浏览量：144 收藏量：0 资源大小：10KB 上传时间：2021-05-14

: CoMS_fastq_to_bins:从读取中创建垃圾箱 CoMS_fastq_to_bins 从读取中创建垃圾箱从Fastq到Bins数据专门针对所有5个样本的“高复杂度” fastq文件。阅读质量控制测序运行返回的读数并不完美，因此通常需要进行一些纠正，以使错误不会从测序读数传播到其他...
评级：0 浏览量：82 收藏量：0 资源大小：5KB 上传时间：2021-03-30

: DNA-Sequencing-FA-FASTQ-Python DNA序列分析：使用Python的lambda_virus.fa和Human Genome FASTQ文件基因组数据lambda病毒基因组，为真实的DNA测序读取自人类资料来源：Ajay，SS，Parker，SC，Abaan，HO，Fajardo，KVF和Margulies，EH（2011年）...
评级：0 浏览量：114 收藏量：0 资源大小：76KB 上传时间：2021-05-03

: 用Rust编写的 FASTQ 配对算法_rust_代码_下载 Rust 中的 Fastq 配对算法尝试对不同的 fastq 配对方法进行基准测试，以确定内存和运行时之间的权衡。方法描述资源存储读取迭代 R1 并存储。迭代 R2 并写出。两者兼而有之同时遍历 R1/R2。找到成对的写入/...
评级：0 浏览量：46 收藏量：0 资源大小：17KB 上传时间：2022-06-12

: assembly-stats:从FASTA和FASTQ文件获取程序集统计信息装配状态从FASTA和FASTQ文件获取程序集统计信息。内容安装如果在安装程序集统计信息时遇到问题，请与本地系统管理员联系。如果您遇到错误，请记录该错误，或通过向我们发送电子邮件。运行以下命令以将程序...
评级：0 浏览量：331 收藏量：0 资源大小：1.14MB 上传时间：2021-05-25

: fastqstream:用于将FASTQ文件解析为记录的Stream转换 fastqstream是用于将FASTQ文件解析为记录的Stream转换。用法 var fs = require ( 'fs' ) var reader = fs . createReadStream ( 'file.fq' ) reader . pipe ( new FASTQStream ( ) ) . on ( 'data' , function ( ...
评级：0 浏览量：66 收藏量：0 资源大小：7KB 上传时间：2021-05-01

: rs_demultiplex:FASTQ的简单多路分解，一次仅一个寡头（条形码）根据前x个碱基（例如，Unique Molecular Identifier，UMI）中的寡核苷酸，从FASTQ输入文件中以FASTQ格式进行多路读取。接受oligo例如8bp作为第一个命令行arg，请参见下面的示例阅读FASTQ 将给定的寡核苷酸精确...
评级：0 浏览量：104 收藏量：0 资源大小：4KB 上传时间：2021-03-26

: 单细胞RNA测序（scRNA-seq）SRA数据下载及fastq-dumq数据拆分.md 单细胞RNA测序（scRNA-seq）SRA数据下载及fastq-dumq数据拆分
评级：0 浏览量：17 收藏量：0 资源大小：4KB 上传时间：2024-05-12

: ArtificialFastqGenerator:来自参考基因组的Ouputs人工FASTQ文件。-开源 ArtificialFastqGenerator将参考基因组（FASTA格式）作为输入，并以Sanger格式输出人工FASTQ文件。它可以接受来自现有FASTQ文件的Phred基本质量得分，并使用它们来模拟测序错误。由于人工FASTQ来自参考基因组，...
评级：0 浏览量：88 收藏量：0 资源大小：1.45MB 上传时间：2021-05-27

: ross-在fastq文件上运行基本分析的一组脚本-Rust开发固定使用Unix流对fastq文件执行随机操作。用Fasten保护您的分析！在Rust Fasten中对Installation Fasten进行编程，使用Unix流对fastq文件执行随机操作。用Fasten保护您的分析！使用Fast编程语言对Installation ...
评级：0 浏览量：37 收藏量：0 资源大小：137KB 上传时间：2021-05-27

: GCContent:该Web应用程序基于Fastq文件创建质量控制图此Web应用程序使用ASP.NET Core和Javascript基于Fastq文件创建质量控制图，将FASTQ文件从本地系统上传到服务器，并计算GC对的基本计数，并使用Javascript TODO将其绘制。TODO的下载和上传路径应相同TODO移动从...
评级：0 浏览量：83 收藏量：0 资源大小：17.54MB 上传时间：2021-05-18

: personal-genome-processing-pipeline:用于单个先证者的原始全基因组测序读取（FASTQ）的变体调用和注释的... 个人基因组处理管道介绍这种...变体调用管道作为基本概述，包含的personal_genome_processing_pipeline.sh脚本将接受成对的末端Illumina读取（以FASTQ格式），使用fastqc运行初始读取的QC指标，然后继续使用以下fastq
评级：0 浏览量：133 收藏量：0 资源大小：8KB 上传时间：2021-03-31

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