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fastp:超快速的多合一FASTQ预处理器(QCadapters整理过滤分离拆分合并...)
共73个文件
h:40个
cpp:26个
fq:2个
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2021-04-27
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快 一种工具,旨在为FastQ文件提供快速的多合一预处理。 该工具是用C ++开发的,支持多线程以提供高性能。 来自STDIN的输入 存储未配对的PE数据读取 存储使过滤器失败的读取 仅处理部分数据 不要覆盖现有文件 将输出拆分为多个文件以进行并行处理 合并PE读取 过滤 质量过滤器 长度过滤器 低复杂度滤波器 其他过滤器 适配器 每次阅读按质量得分进行切割 PE数据的基础校正 整体修剪 polyG尾部修剪 polyX尾部修剪 唯一分子识别码(UMI)处理UMI示例 输出分割 通过限制文件数量进行分割 通过限制每个文件的行来拆分 过度代表序列分析 合并配对末端读取 所有选项 引文 特征 过滤数据前后的全面质量分析(质量曲线,基本含量,KMER,Q20 / Q30,GC比率,重复,衔接子含量...) 过滤掉错误的读数(质量太低,太短或太多N ...) 通过评估滑动窗口的平均质量(例如
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fastp-master.zip (73个子文件)
fastp-master
.travis.yml 98B
testdata
R1.fq 3KB
R2.fq 3KB
LICENSE 1KB
src
stats.cpp 29KB
duplicate.cpp 4KB
filterresult.cpp 15KB
adaptertrimmer.h 859B
options.cpp 20KB
threadconfig.h 2KB
cmdline.h 18KB
sequence.h 363B
seprocessor.cpp 16KB
knownadapters.h 30KB
htmlreporter.cpp 17KB
duplicate.h 710B
fastareader.cpp 3KB
evaluator.cpp 21KB
peprocessor.cpp 30KB
util.h 6KB
fastareader.h 1KB
writerthread.h 953B
fastqreader.cpp 6KB
unittest.h 233B
overlapanalysis.h 761B
options.h 9KB
evaluator.h 1007B
common.h 2KB
umiprocessor.cpp 2KB
sequence.cpp 1KB
filterresult.h 2KB
adaptertrimmer.cpp 5KB
nucleotidetree.cpp 3KB
polyx.h 581B
peprocessor.h 2KB
overlapanalysis.cpp 5KB
filter.h 601B
read.h 1KB
basecorrector.h 551B
htmlreporter.h 1KB
read.cpp 7KB
filter.cpp 8KB
writerthread.cpp 2KB
umiprocessor.h 406B
main.cpp 27KB
threadconfig.cpp 4KB
basecorrector.cpp 3KB
nucleotidetree.h 628B
jsonreporter.h 731B
writer.h 714B
processor.cpp 379B
polyx.cpp 3KB
stats.h 3KB
fastqreader.h 1KB
jsonreporter.cpp 6KB
writer.cpp 2KB
zlib
zlib.h 86KB
deflate.h 12KB
trees.h 8KB
inffixed.h 6KB
inffast.h 427B
zutil.h 7KB
crc32.h 30KB
zconf.h 15KB
inflate.h 6KB
gzguts.h 6KB
inftrees.h 3KB
processor.h 278B
unittest.cpp 1KB
seprocessor.h 2KB
.gitignore 287B
Makefile 935B
README.md 38KB
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流浪的夏先森
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