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BatMeth2:BS-seq分析管道
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2021-05-25
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BatMeth2:使用Indel敏感映射的亚硫酸氢盐DNA甲基化数据分析的集成软件包。 这是使用Batmeth2的自述文件。 BatMeth2教程: ://www.dna-asmdb.com/tools/batmeth2-tutorial/batmeth2.html 要求 gcc(v4.8),gsl库,zlib samtools(建议:v1.3.1) fastp,原始读取作为输入需求 安装 a)下载1) b)解压缩1) c)将目录更改为b)“ BatMeth2 /”的顶层目录 d)类型 。/配置 制作 进行安装 e)BatMeth2的二进制文件将在bin /中创建 建筑指标 a)准备好Fasta格式的参考文件 b)对于WGBS键入“ BatMeth2 build_index GENOME.fa ”,对于RRBS BatMeth2 build_index rrbs GENOME.
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BatMeth2:BS-seq分析管道 (402个子文件)
output.0 210KB
traces.0 34KB
output.1 182KB
traces.1 32KB
samtools.1 26KB
libbam.a 1.07MB
libbcf.a 390KB
Makefile.am 3KB
Makefile.am 3KB
Makefile.am 202B
AUTHORS 916B
penguin.cpp.bak 203KB
batmake 19KB
batmap 584B
batmeth 969KB
BatMeth2 159KB
batmeth2 634B
BatMeth2 616B
batmeth2 616B
batmeth2-align 675B
batmeth2-map 592B
bcftools 428KB
bedGraphToBigWig 4.16MB
bedSort 4.31MB
bsSnp 290KB
build_all 780B
build_complement 117B
build_indexX 2KB
build_revcmp 327B
BWT.c 395KB
HSP.c 264KB
MiscUtilities.c 144KB
BWTConstruct.c 143KB
deflate.c 63KB
MemManager.c 57KB
TextConverter.c 49KB
inflate.c 48KB
trees.c 43KB
bwtformatdb.c 34KB
DNACount.c 32KB
gzio.c 30KB
ssw.c 30KB
razf.c 24KB
call1.c 23KB
seqtk.c 23KB
infback.c 22KB
iniparser.c 21KB
bam_index.c 21KB
phase.c 20KB
bgzf.c 19KB
bam_plcmd.c 19KB
sam_header.c 19KB
prob1.c 18KB
knetfile.c 18KB
karlin.c 17KB
bam2bcf_indel.c 17KB
bam_import.c 16KB
kaln.c 15KB
wgsim.c 14KB
dictionary.c 14KB
inftrees.c 13KB
bam_sort.c 13KB
bam_tview.c 13KB
sam_view.c 13KB
QSufSort.c 13KB
crc32.c 13KB
bam_pileup.c 13KB
bam_md.c 13KB
inffast.c 12KB
bam.c 12KB
HSPstatistic.c 11KB
faidx.c 11KB
kprobaln.c 10KB
bam2bcf.c 10KB
bcfutils.c 10KB
md5.c 9KB
em.c 9KB
bcf.c 8KB
index.c 8KB
Socket.c 8KB
kmin.c 7KB
zutil.c 7KB
vcf.c 7KB
inistrlib.c 6KB
bgzip.c 6KB
sam.c 6KB
bam_cat.c 6KB
cut_target.c 6KB
bam_rmdup.c 5KB
kstring.c 5KB
main.c 5KB
bam_aux.c 5KB
bam_lpileup.c 5KB
kfunc.c 5KB
bamtk.c 5KB
maq2sam.c 4KB
adler32.c 4KB
bam2depth.c 4KB
bam_rmdupse.c 4KB
razip.c 4KB
共 402 条
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孙洋Sonya
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