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2021-02-10
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品种图 变异调用并创建图基因组 用于图谱基因组变异调用和构建的管道。 脚本:bash,Nextflow。 工具类 映射:1. BWA-MEM 2. VGtools 变体调用:1. Delly 2. GATK 3. VGtools 图基因组:1. VGtools Samtools,bcftools和BEDtools用于其他任务。 在运行main.nf之前,请使用fastp.nf使用fastp进行修剪和分析。 您可以并行运行所有可用文件以根据可用内存进行修整。 结构变异分析 结构变化(VCF文件)的分析可以在文件夹SVs_identification中找到。 分析由詹妮·雅各布森(Jenny Jakobsson)完成。
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breedmaps-main.zip (31个子文件)
breedmaps-main
run_nf_breedmaps.sh 253B
LICENSE 34KB
sort_fq.nf 590B
GG_pipeline.nf 5KB
breedmap_blueprint.sh 2KB
main.nf 3KB
README.md 762B
fastp.nf 509B
SVs_identification
results
reformatted_data
reformatted_QTLdb.tsv.gz 3.21MB
org_format_QTLdb.tsv.gz 3.52MB
GALLO
BTA125_S1_L003_R_SV
dup_qtl.tsv 390KB
del_qtl.tsv 5KB
inv_gene.tsv 112KB
inv_qtl.tsv 2.6MB
del_gene.tsv 10KB
dup_gene.tsv 72KB
BTA125_S1_L001_R_SV
dup_qtl.tsv 390KB
del_qtl.tsv 3KB
inv_gene.tsv 110KB
inv_qtl.tsv 1.45MB
del_gene.tsv 13KB
dup_gene.tsv 96KB
BTA125_S1_L002_R_SV
dup_qtl.tsv 3KB
del_qtl.tsv 232KB
inv_gene.tsv 189KB
inv_qtl.tsv 3.09MB
del_gene.tsv 45KB
dup_gene.tsv 2KB
scripts
gallo.Rmd 8KB
gallo.html 891KB
reformat_QTLdb.Rmd 3KB
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安幕
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