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fq_delta:高效存储fastq文件的处理版本
共11个文件
py:6个
test_fq_delta:1个
delta:1个
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2021-07-04
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Fq_delta - fastq 文件处理版本的有效存储。 Fq_delta 是一个 python 模块和 shell 脚本,可以存储由 DNA 和 RNA 测序技术生成的 fastq 文件的处理版本。 通过使用允许对两个字符串进行逐字符比较的 Myer diff 算法,我们从原始和编辑过的 fastq 文件生成增量文件。 虽然 fq_delta 生成的 delta 文件可用于完全重建原始文件,但它们只是原始大小的一小部分 (0.1 – 2%)。 根据处理步骤的数量,该模块的实施将导致处理序列数据所需的存储量显着减少。 有关 fq_delta 的技术说明已在发布。 安装 首先克隆git存储库, git clone git://github.com/averaart/fq_delta.git 进入 fq_delta 仓库目录 cd fq_delta 使用 python setup.
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fq_delta-master.zip (11个子文件)
fq_delta-master
COPYING.txt 2KB
scripts
delta 3KB
test_fq_delta 8KB
rebuild 3KB
fq_delta
fq_delta.py 10KB
__init__.py 22B
setup.py 625B
README.md 2KB
diff_match_patch
diff_match_patch_test.py 41KB
__init__.py 59B
diff_match_patch.py 66KB
共 11 条
- 1
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