该存储库包含用于分析，处理和建模长尾猕猴中的α珠蛋白的脚本。代码与手稿“长尾猕猴中的α珠蛋白变化表明疟疾选择”相关联
手稿分为三个主要部分，每个部分与代码相关联：
长尾猕猴alpha globin的地理表型变异的分析metaly_models.py：通过疟疾选择过程对变异的层次模型进行建模的脚本（Python 2.7）mal_variant_hierarchical_model_results.R：可视化贝叶斯模型的结果map_figures.R：可视化东南亚的alpha球蛋白表型primate_phylogeny.R：可视化猕猴系统发生的AQ变体
序列的遗传分析processing_fastq_dada2.R：处理猕猴属α球蛋白Illumina读取summarizing_ngs_data.R：清洗猕猴属α球蛋白读取sequence_viz.R：可视化清洗并处理过的Illumina读取M
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