Illumina

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: Illumina-pipeline 该存储库包含用于解释和分析Illumina测序数据的代码。在此目录中创建一个“输出”文件夹，其中包含每个处理过的样品的生成图和读取的CSV文件。入门：要运行这些脚本，您需要能够运行python，perl，bowtie2和awk...
评级：0 浏览量：144 收藏量：0 资源大小：35KB 上传时间：2021-03-28

: gtc2vcf:将Illumina IDATBPMEGTGTC和Affymetrix CELCHP文件转换为VCF的工具 gtc2vcf 一套无需使用Microsoft Windows即可将Illumina和Affymetrix DNA微阵列强度数据文件转换为VCF文件的工具。您可以使用最终输出来运行管道以检测。如果您在出版物中使用此工具，请引用此网站。如有任何反馈...
评级：0 浏览量：322 收藏量：0 资源大小：402KB 上传时间：2021-05-05

: illumina_demux:用于多路复用照明运行的管道 mpozud00 /解复用是一种生物信息学分析流水线，用于将i5和i7的Illumina数据解复用。工作流处理来自FastQ输入（，）的原始数据以进行多路分解，有关结果的更多详细信息，请参见。该管道是使用构建的，是一种...
评级：0 浏览量：87 收藏量：0 资源大小：16KB 上传时间：2021-03-04

: bgi2illumina:将FASTQ记录的BGI排序的标头转换为与Illumina兼容的标头 bgi2illumina 将FASTQ记录的BGI排序的标头转换为与Illumina兼容的标头。安装只需运行make： make // this will build a binary make install // this will copy binary into /usr/local/bin 删除现有的“安装”...
评级：5 浏览量：200 收藏量：0 资源大小：3KB 上传时间：2021-03-21

: Illumina450K-methylation:从IDAT到Beta Illumina 450K甲基化分析此R代码使用和将ILLUMINA 450K从预处理为经过过滤和标准化的beta值。分析包括读取450K idat文件，通过detectionP和Nbead过滤的样品和探针，使用BMIQ归一化的II型探针，使用准备好的列表除去...
评级：0 浏览量：276 收藏量：1 资源大小：691KB 上传时间：2021-05-01

: illumina-SNPchip-strand-normalizer:将“-”链基因型转化为“+”链基因型，以消除与参考基因组的歧义 illumina SNP芯片链归一化器 illumina 的 SNP 芯片可产生 + 和 - 链基因型。为了进一步分析，这种混合链基因型应该标准化。该模块根据每个illumina SNP芯片的清单文件将全链基因型转换为+链基因型。考试用法 ...
评级：0 浏览量：74 收藏量：0 资源大小：501KB 上传时间：2021-06-05

: illumina设备及芯片介绍及临床应用.pptx illumina设备及芯片介绍及临床应用.pptx
评级：0 浏览量：52 收藏量：0 资源大小：22.88MB 上传时间：2021-09-14

: Python库 | illumina-utils-2.0.0.tar.gz python库。资源全名：illumina-utils-2.0.0.tar.gz
评级：0 浏览量：42 收藏量：0 资源大小：2.25MB 上传时间：2022-03-08

: UMI-analysis:用于处理包含唯一分子标识符（UMI）的Illumina序列数据的脚本这项研究包括具有独特分子标识符（UMI）的Illumina RNA-seq文库的制备和测序，从而能够对mRNA分子进行计数。我们用Perl和C开发了一系列程序来处理包含UMI的序列数据。熟悉使用这些语言处理序列数据的程序员和分析...
评级：0 浏览量：677 收藏量：0 资源大小：65KB 上传时间：2021-05-08

: Microbiota-amplicon-bioinformatics:生物信息学流程，用于在Illumina MiSeq平台上测序的微生物扩增子序列... 微生物群-生物信息学在Illumina MiSeq平台上测序的微生物扩增子序列数据的生物信息学流水线（多路，配对末端读取）。README.md目录1.1细菌_16S 1.2 Fungi_ITS1.1细菌_16S在你开始之前/原始数据在工作目录中创建一个...
评级：0 浏览量：261 收藏量：0 资源大小：20KB 上传时间：2021-05-14

: banana:用于处理多路复用 454 和 Illumina 生成的序列数据的工具香蕉分裂 ... 此脚本按您指定的条形码拆分 Illumina QSEQ 格式读取！用法：pythonbanana.py config.yaml 读取/输出/ 配置文件参见示例.yaml 这会将泳道 1 的读数分成两个文件（每个条形码一个）。
评级：0 浏览量：55 收藏量：0 资源大小：3KB 上传时间：2021-06-09

: ngopt:Illumina 序列数据的从头组装和分析-开源 Illumina 序列数据的从头组装和分析，包括 A5 管道、A5-miseq、评估组装质量的工具，以及便于将数据提交到 NCBI 和 RAST 注释系统的脚本
评级：0 浏览量：84 收藏量：0 资源大小：6.85MB 上传时间：2021-05-30

: illumina各测序试剂盒接头序列引物序列信息2015年10月[收集].pdf illumina各测序试剂盒接头序列引物序列信息2015年10月[收集].pdf
评级：5 浏览量：334 收藏量：0 资源大小：315KB 上传时间：2021-10-11

: ibsget:从 Illumina BaseSpace 下载文件（* 过时 * 因为 BaseSpace 已更改 API）该程序从下载文件。要使用此程序，请先通过获取 access_token（如果您尚未这样做）。您应该将此令牌保存到文件中，最好是~/.ibssecret 。之后，您可以：列出所有文件： ibsget -l 下载文件： ...
评级：0 浏览量：53 收藏量：0 资源大小：730KB 上传时间：2021-07-06

: illumina-nf:用于DPIRD的Illumina管道-使用Nextflow 用于DPIRD的Illumina管道-Nextflow版管道需要才能运行。使用DSL2语法，因此需要Nextflow 20.07.1或更高版本。管道该管道是项目中Illumina工作流1和2的Nextflow转换：合并*（+ QC）->修剪（+ QC）->重新组装->（地图...
评级：0 浏览量：64 收藏量：0 资源大小：12.55MB 上传时间：2021-03-20

: Illumina测序基础知识.pdf Illumina测序基础知识.pdf
评级：0 浏览量：128 收藏量：0 资源大小：1.12MB 上传时间：2023-09-23

: Illumina_、454_、ABI_测序仪比较 Illumina_、454_、ABI_测序仪比较
评级：0 浏览量：243 收藏量：1 资源大小：199KB 上传时间：2014-11-19

: shovill::high_voltage::spade_suit: 从 Illumina 双端读取组装细菌分离基因组从 Illumina 双端读取组装细菌分离基因组介绍 SPAdes 基因组组装器已成为 Illumina 细菌和其他小型微生物全基因组测序数据的事实上的标准从头基因组组装器。 SPAdes 是对 Velvet 等以前的组装器的重大改进，但它的...
评级：0 浏览量：297 收藏量：1 资源大小：5.96MB 上传时间：2021-05-29

: VANIR:用于病毒变体调用和纳米Kong和 Illumina 读数的从头组装的 NextFlow 管道 VANIR - NextFlow 管道，用于病毒变体调用和纳米Kong和 Illumina 读取的从头组装以获得高质量基因组如果出现任何问题，请随时在此存储库中打开问题或通过[email protected]与我联系介绍该管道的目的...
评级：0 浏览量：110 收藏量：0 资源大小：10.04MB 上传时间：2021-08-03

: methylation:用于Illumina甲基化阵列的软件包以minfi为例，可以读取一堆Illumina甲基化阵列，进行标准化等操作，然后使用umphunter查找看起来差异甲基化的区域。一旦有了一组可能被甲基化差异化的区域，能够绘制出一个显示基因组区域，该区域中的任何基因/...
评级：5 浏览量：196 收藏量：0 资源大小：16KB 上传时间：2021-04-29

: illumina-utils:一个库和脚本集合，用于处理Illumina的配对末端数据（适用于CASAVA 1.7+管道）这是一个小型库和一堆客户端，可对FASTQ文件执行各种操作（例如，对Illumina原始文件进行多路分解，合并部分或全部重叠部分和/或执行质量过滤）。它可与配对端FASTQ文件一起使用，并已通过用CASAVA 1.8.0或更高版本...
评级：0 浏览量：132 收藏量：0 资源大小：2.31MB 上传时间：2021-05-05

: iva:Illumina的从头病毒汇编程序配对读取迭代病毒汇编程序-Illumina配对读取的从头病毒汇编程序。请注意：我们目前没有资源来提供对IVA的支持，因此，如果您举报任何问题，请不要期待得到答复。内容反馈/问题引文介绍 IVA是一种从头组装机，旨在...
评级：0 浏览量：102 收藏量：0 资源大小：8.45MB 上传时间：2021-05-03

: pipits:自动流水线用于分析Illumina中的真菌ITS 画中画 :mushroom:用于从Illumina测序平台分析真菌内部转录间隔区（ITS）序列的自动化管道显示出比QIIME2和Galaxy更好的性能！ -更新/通知/新闻更新（2020年4月28日）-PIPITS 2.7 WARCUP系统表错误已修复。现在，它...
评级：0 浏览量：78 收藏量：0 资源大小：34KB 上传时间：2021-05-09

: SatIntExt:卫星内部和外部Illumina读数的分析卫星内部和外部Illumina读数的分析提取重复元素的内部和外部读取对的协议内部读取对：两个成员都与同一重复元素具有同源性。它们应该位于satDNA阵列内。外部读对：一个与重复元件同源的成员，另一个与另一个...
评级：0 浏览量：45 收藏量：0 资源大小：40KB 上传时间：2021-04-07

: illuminatus:Illumina运行处理的全知全能的开明管道 Illumina运行处理的全知全能的开明管道。运行bcl2fastq，各种QC步骤，未分配的条形码分析和MultiQC报告。错误条件得到了强有力的处理，并报告给RT。该手册以Google文档的形式维护。我们（目前）还没有一本可...
评级：0 浏览量：87 收藏量：0 资源大小：3.15MB 上传时间：2021-04-06

: TruSightTumor170本地应用程序用户指引-Illumina.pdf TruSightTumor170本地应用程序用户指引-Illumina.pdf
评级：0 浏览量：9 收藏量：0 资源大小：4.37MB 上传时间：2023-09-10

: Illumina光纤微珠芯片技术.pptx Illumina光纤微珠芯片技术.pptx
评级：0 浏览量：39 收藏量：0 资源大小：8.7MB 上传时间：2021-11-29

: TASE: Illumina Solexa annotation-开源一种用于下一代Illumina Solexa数据集的注释和标签计数的生物信息学工具。 TASE与CASAVA 1.0版本一起使用，可以快速提供注释，标签计数和可视化。
评级：0 浏览量：59 收藏量：0 资源大小：3.55MB 上传时间：2021-04-28

: CNVision:来自Illumina基因分型数据的CNV预测-开源 CNVision是一个Perl脚本，可通过PennCNV，QuantiSNPv2.3和GNOSIS（内置算法）运行Illumina的基因分型数据（从300k到最新的Omni的所有芯片）。它合并结果并评估原始数据的质量。 CNVision还可以使用高度精确的算法来...
评级：0 浏览量：150 收藏量：0 资源大小：97.23MB 上传时间：2021-04-29

: 集合体：基于CWL的PacBio和Illumina数据自动生物信息学工作流程基于CWL的工作流来组装非模型生物的单倍体/二倍体真核生物基因组该工作流程旨在使用PacBio的长读和Illumina的短读。该工作流程首先提取，校正，修剪和净化长阅读。然后将去污的修剪后的读数用于组装基因组，并使用...
评级：0 浏览量：130 收藏量：0 资源大小：384KB 上传时间：2021-02-15

: MiSeqDualIndx：处理通过DUAL-INDEXING方法产生的ILLUMINA MISEQ结果的管道 MiSeqDualIndx改进的DUAL-INDEXING方法处理ILLUMINA MISEQ结果的管道该协议基于Fadrosh等人提到的管道。（Microbiome，2014年），为github ，也由Alesei Korzshenkov在。在这种情况下，将双索引测序方法与在引物...
评级：0 浏览量：68 收藏量：0 资源大小：9KB 上传时间：2021-02-27

: Illumina_16S_pre-processing:使用 Usearch for Illumina 16S 扩增子读取预处理的 R 函数 Illumina_16S_预处理使用 Usearch v8 进行 Illumina 16S 扩增子读取预处理的 R 函数见埃德加 RC。搜索和聚类比 BLAST 快几个数量级。生物信息学。 2010 年 10 月 1 日；26(19):2460-1。 doi：10.1093/生物信息...
评级：0 浏览量：170 收藏量：0 资源大小：5KB 上传时间：2021-06-11

: 论文研究 - 木制文物的微生物群落结构与水环境保存研究：Illumina MiSeq测序［方法］采用Illumina MiSeq测序方法探索木器遗址和全水环境微生物群落结构。 [结果]结果表明，木材样品的水平分布在含有6个优势菌的17个门中，而水样品分布在7个优势菌的21个中。在家庭水平上，木材样本分布在64...
评级：0 浏览量：107 收藏量：0 资源大小：642KB 上传时间：2020-05-22

: recount-contributions:贡献您的人类Illumina RNA-seq数据以重新计数2 如果您有兴趣提供在Illumina平台上测序的人类RNA-seq数据以，则需要修改并提交，可以描述您的数据并告诉我们如何访问所需的文件。我们将尽快答复，并将您的数据添加到。有关更多信息，请阅读的recount2论文。 ...
评级：0 浏览量：74 收藏量：0 资源大小：5KB 上传时间：2021-04-29

: NxTrim:Illumina Nextera Mate Pair库的适配器修整和虚拟库创建版权所有（c）2018，Illumina，Inc.保留所有权利。该软件是根据BSD 2-条款许可的条款和条件提供的您应该已经与该程序一起收到了BSD 2-条款许可的副本。如果没有，请参阅。有关Nextera Mate-Pair数据的一些...
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: pyFastq:简单的python 2.7库解析fastq文件和处理illumina 1.8+ fastq序列 pyfastq 0.1 解析fastq文件和处理illumina 1.8+ fastq序列的简单python 2.7库创作时间：2015/04/02 最后更新 : 2015/04/02快速阅读器读取 fastq 文件并生成 FastqSeq 对象的迭代器的解析函数。当文件为空时，生成器...
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: Maslenlab_Thesis：论文代码存储库，用于分析Illumina亚硫酸氢盐测序数据马斯伦实验室论文项目作者：雅各布·古铁雷斯目录环境...SA1：Illumina甲基捕获序列的技术表征SA2：45，X TS受试者的二尖瓣主动脉瓣（BAV）与三尖瓣主动脉瓣（TAV）的甲基化差异分析。细胞反卷积甲基捕获歧义读富集分析
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: NGS_DNA:用于Illumina测序的NGS DNA最佳实践管道-比对，变异调用，注释和QC 随后，检查Illumina编码，并使用FastQC 1计算QC度量。与参考基因组比对 Burrows-Wheeler Aligner（BWA） 2的bwa-mem命令用于将序列数据与参考基因组进行比对，从而生成SAM（序列比对图）文件。 SAM文件中的读取...
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: maxbin2_checkm_slurm_illumina:在DSMZ中进行元基因组合并的Slurm工作流程 maxbin2_checkm_slurm_illumina Slurm工作流程，用于DSMZ中的元基因组合并。此脚本依赖于Slurm调度程序来协调计算机资源。它汇集了几种生物信息学工具，并且在中间增加了重要的一步：过滤引物二聚体（“鲤鱼”序列）...
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: Adaptive-Illumination-Compensation.zip_The Illumination_illumina This code s adaptive illumination compensation based black value or minimum value pixel followed by Y component of YCbCr space based illumination compensation. The code is cascaded execution of ...
评级：0 浏览量：50 收藏量：0 资源大小：2KB 上传时间：2022-07-15

: MetaWorks是一个灵活的多标记元条形码管道，用于处理从原始fastq.gz文件到分类分配的成对末端Illumina读取 MetaWorks由一个conda环境和Snakemake流水线组成，这些流水线将在命令行中运行，以生物信息学方式处理从原始读取到分类分配的Illumina配对末端元条形码。 MetaWorks当前支持许多流行的标记基因扩增子和元条形码：COI...
评级：0 浏览量：547 收藏量：0 资源大小：243KB 上传时间：2021-03-14

: methylysis:Illumina数据的DNA甲基化分析-开源来自 Illumina 450K BeadChip 和 850K EPIC 阵列的全基因组 DNA 甲基化分析。用于数据分析的 R 代码可以在这里找到：https://sourceforge.net/projects/methylysis/files/DiffMeth850K.R/download
评级：0 浏览量：76 收藏量：0 资源大小：164.84MB 上传时间：2021-05-31

: EnsembleAssembler:EnsembleAssembler 从使用 Illumina 平台测序的宏基因组样本中执行病原体基因组的从头... EnsembleAssembler 从使用 Illumina 平台测序的宏基因组样本中执行病原体基因组的从头组装。 EnsembleAssembler 通过整合来自多个组装器（包括 SOAPDenovo2、ABySS、MetaVelvet 和 Cap3）的结果来优化重叠群的形成...
评级：0 浏览量：131 收藏量：0 资源大小：10.02MB 上传时间：2021-07-10

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