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maxbin2_checkm_slurm_illumina:在DSMZ中进行元基因组合并的Slurm工作流程
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2021-03-18
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maxbin2_checkm_slurm_illumina Slurm工作流程,用于DSMZ中的元基因组合并。此脚本依赖于Slurm调度程序来协调计算机资源。它汇集了几种生物信息学工具,并且在中间增加了重要的一步:过滤引物二聚体(“鲤鱼”序列)。 先决条件 饮 镰刀 梅加希特 Maxbin2 领结2 Samtools MetaBat2 编造 Checkm DAS工具 所有特定于管道的工具都已经安装在DSMZ的“合并”环境中。要使用合并环境。在您的〜/ .condarc中添加以下两行 envs_dirs: - /opt/hpcopt/sixing/anaconda3/envs 您可能需要重新启动终端才能继续。 然后测试环境是否可用,通过在终端中发出以下命令来激活“ binning”环境 conda activate binning 正在安装 请编译并将其添加到路径中。 脚本无需安
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maxbin2_checkm_slurm_illumina-master.zip (17个子文件)
maxbin2_checkm_slurm_illumina-master
filter_fasta_multiprocess_big.py 3KB
submit_multi_in_one_filter_negative.sh 488B
taboo.txt 106B
submit_multi_in_one.sh 309B
importer_multi_in_one.sh 5KB
random_sample_seq.py 2KB
bam_coverage.py 2KB
importer_multi_in_one_filter_negative.sh 2KB
importer.sh 4KB
LICENSE 1KB
README.md 2KB
submit.sh 387B
importer_big.sh 1KB
checkm_compilor_general.py 2KB
submit_big.sh 399B
.gitignore 2KB
filter_fasta_multiprocess.py 3KB
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管墨迪
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