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MaxBin:自动分类宏基因组学序列的工具-开源
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2021-04-29
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MaxBin是一种基于Expectation-Maximization算法对组合的宏基因组序列进行分箱的软件。 用户只需提供组装的宏基因组序列和读段覆盖信息或测序读段,就可以了解其元基因组中微生物的潜在库(基因组)。 为了方便用户,MaxBin将在分箱摘要页面中报告与基因组相关的统计信息,包括估计的完整性,GC含量和基因组大小。 装箱过程完成后,用户可以在MaxBin箱上使用MEGAN或类似软件来查找每个箱的分类。 最新版本是2.2.7。 MaxBin已发表在微生物学杂志上(2:26)! 如果您在工作中使用MaxBin,请引用Microbiome论文。 可以在MaxBin官方网站上找到更多信息:http://downloads.jbei.org/data/MaxBin.html以
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MaxBin-2.2.7.tar.gz (86个子文件)
MaxBin-2.2.7
heatmap.r 577B
marker.hmm 15.19MB
COPYRIGHT 91B
src
MinManhattanDist.cpp 2KB
KendallDist.cpp 878B
RatioManhattanDist.cpp 3KB
RatioManhattanDist.h 404B
ManhattanDist.h 352B
NormalDistribution.cpp 327B
EucDist.cpp 1KB
fastaReader.h 2KB
ManhattanDist.cpp 1KB
kmerMap.h 654B
AbstractDist.h 858B
Profiler.cpp 2KB
AbundanceLoader.h 846B
SpearmanDist.cpp 2KB
quickSort.h 781B
NormalDistribution.h 345B
MinManhattanDist.h 397B
quickSort.cpp 2KB
EManager.h 3KB
AbstractDist.cpp 1KB
EucDist.h 326B
SpearmanDist.h 439B
AbundanceLoader.cpp 3KB
makefile 597B
SpeciesLoader.h 1KB
fastaReader.cpp 11KB
kmerMap.cpp 4KB
logger.cpp 937B
SpeciesLoader.cpp 5KB
main.cpp 3KB
ThreadPool.cpp 2KB
logger.h 435B
EManager.cpp 43KB
global_inc.h 440B
bak
MinManhattanDist.cpp 2KB
KendallDist.cpp 878B
RatioManhattanDist.cpp 3KB
RatioManhattanDist.h 404B
ManhattanDist.h 352B
NormalDistribution.cpp 327B
EucDist.cpp 1KB
fastaReader.h 2KB
ManhattanDist.cpp 1KB
kmerMap.h 654B
AbstractDist.h 858B
Profiler.cpp 2KB
AbundanceLoader.h 846B
SpearmanDist.cpp 2KB
quickSort.h 781B
NormalDistribution.h 345B
MinManhattanDist.h 397B
quickSort.cpp 2KB
EManager.h 3KB
AbstractDist.cpp 1KB
EucDist.h 326B
SpearmanDist.h 439B
AbundanceLoader.cpp 3KB
makefile 582B
SpeciesLoader.h 1KB
fastaReader.cpp 11KB
kmerMap.cpp 4KB
logger.cpp 890B
SpeciesLoader.cpp 5KB
main.cpp 3KB
logger.h 435B
EManager.cpp 42KB
global_inc.h 440B
KendallDist.h 286B
Profiler.h 562B
KendallDist.h 286B
Profiler.h 562B
ThreadPool.h 990B
run_MaxBin.pl 34KB
buildapp 7KB
bacar_marker.hmm 3.5MB
LICENSE 4KB
ChangeLog 6KB
_getmarker.pl 15KB
autobuild_auxiliary 971B
README.txt 9KB
_getabund.pl 2KB
_sepReads.pl 5KB
setting 183B
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kolten
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