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locusvu:基因组学工具;自动从数据库检索数据;启用工作流程-开源
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2021-04-29
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LocusVu是一种新颖的基于Java的软件工具,可以接受一系列基因组位点(染色体上的位置)作为输入,并自动从诸如UCSC基因组浏览器之类的公共数据库中提取相关信息(细胞遗传学带,基因名称,OMIM数据等)。数据库。 然后,它可以在检索到的结果上启用多个工作流程,例如比较多个数据集(比较基因组学),从工具本身内部查看基因座的邻近基因,或以条形图/饼形图的形式以图形方式表示这些结果。 LocusVu在前端有一个简单易用的GUI,可实现与底层逻辑的直观用户交互。 该工具可以轻松扩展以添加对其他数据库(例如Ensembl)的支持或从数据库中的其他表中获取信息。 因此,LocusVu提供了一个可供用户和开发人员使用的基本框架,可简化现有工作流程并创建更新的工作流程以支持基因组学中的数据分析。
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LocusVu.tar.gz (17个子文件)
README.TXT 1KB
LocusVu.sh 35B
LocusVu.jar 194KB
lib
jfreechart-1.0.14-swt.jar 71KB
log4j-1.2.16.jar 470KB
junit.jar 118KB
swtgraphics2d.jar 15KB
jfreechart-1.0.14-experimental.jar 13KB
jfreechart-1.0.14-demo.jar 740KB
jcommon-1.0.17.jar 303KB
gnujaxp.jar 226KB
jfreechart-1.0.14.jar 1.39MB
iText-2.1.5.jar 1.07MB
mysql-connector-java-5.1.18-bin.jar 771KB
commons-lang3-3.1.jar 308KB
miglayout-4.0-swing.jar 75KB
servlet.jar 78KB
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