MiSeqDualIndx：处理通过DUAL-INDEXING方法产生的ILLUMINA MISEQ结果的管道

MiSeqDualIndx 改进的DUAL-INDEXING方法处理ILLUMINA MISEQ结果的管道 该协议基于Fadrosh等人提到的管道。 （Microbiome，2014年），为github ，也由Alesei Korzshenkov在 。 在这种情况下，将双索引测序方法与在引物设计上使用异质性间隔子相结合，以提高读段的质量。 从1到4的步骤完成了流水线的第一阶段，在该阶段将对末端的读段进行连接，修整和清洗，并将条形码与读段分开。 在Qiime下执行进一步的步骤以完成最终多路分解，OTU选择和分类分配。 目前准备使用Qiime 1，但将来会进行更新以执行Qiime 2下的相同步骤。 初始文件： R1.fastq（具有正向读取功能的Fastq文件）。 R2.fastq（带有反向读取的Fastq文件）。 sample.sheet.data.csv->具有MiSeq运行中使