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pipits:自动流水线用于分析Illumina中的真菌ITS
共15个文件
py:5个
pipits_getsamplelistfromfasta:1个
license:1个
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2021-05-09
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画中画 :mushroom: 用于从Illumina测序平台分析真菌内部转录间隔区(ITS)序列的自动化管道 显示出比QIIME2和Galaxy更好的性能! - 更新/通知/新闻 更新(2020年4月28日)-PIPITS 2.7 WARCUP系统表错误已修复。 现在,它会生成正确的汇总表(它曾经在“族”级别进行汇总,但现在在“物种”级别进行了汇总) 更新(2020年4月26日)-PIPITS 2.6 BIOM修复了系统表错误。 在升级BIOM(依赖项之一)之后,系统型表无意间被归一化值填充。 现在,此问题已得到纠正,并且可以恢复到以前的行为。 对于只想将OTU表转换为系统型表而又无需再次运行PIPITS的用户,请更新PIPITS,然后(在pipits_env中): pipits_phylotype_biom -i otu_table.biom -o phylotype_table.txt -l 6
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pipits-master.zip (15个子文件)
pipits-master
LICENSE 34KB
setup.py 1KB
README.md 10KB
pipits
pipits_SeqIO.py 2KB
__init__.py 0B
bin
pipits_funguild.py 1KB
pipits_phylotype_biom 1KB
pipits_rereplicate 3KB
pipits_process 25KB
pipits_getsamplelistfromfasta 1KB
pipits_reformatAssignedTaxonomy 4KB
pipits_funits 13KB
__init__.py 0B
pipits_uc2otutable 3KB
pipits_retrain_rdp 2KB
共 15 条
- 1
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九九长安
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