SatIntExt:卫星内部和外部Illumina读数的分析

SatIntExt 卫星内部和外部Illumina读数的分析 提取重复元素的内部和外部读取对的协议 内部读取对：两个成员都与同一重复元素具有同源性。 它们应该位于satDNA阵列内。 外部读对：一个与重复元件同源的成员，另一个与另一个重复元件同源的成员。 一个读数应该位于satDNA阵列内部，而另一个读数应该位于satDNA阵列外部。 0.随机读取 带有读操作的FASTA文件应混洗。 您可以使用： $ shuffleSequences_fasta.pl file_1.fasta file_2.fasta file_12.fasta 一种替代方法是使用： $ rexp_prepare_normaltag.py FASTA文件应如下所示： >seq1/1 AAAAAA >seq1/2 AAAAAA >seq2/1 AAAAAA >seq2/2 AAAAAA [...]