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graphtyper:使用全基因组图进行人口规模基因分型
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2021-05-01
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图类型器 graphtyper是一个高度可扩展的基于图的变体调用程序。 它代表使用无环图结构的参考基因组和基因组区域的已知变体(“泛基因组参考”),高通量序列读数经过重新比对,以发现和基因分型SNP,小的插入缺失和结构变体。 维护者: ( ) 安装 静态二进制发行 安装GraphTyper的最简单方法是转到“发布”并在此处下载最新的二进制文件: : 该二进制文件是静态链接的,因此不需要任何运行时库。 如果愿意,还可以通过bioconda安装graphtyper: ://bioconda.github.io/recipes/graphtyper/README.html 从源头建造 您可能还想从源代码构建graphtyper,例如,如果要更改代码。 在这种情况下,您首先需要满足以下条件: 具有完全AVX512支持的C ++编译器(GCC 7+) 升压> = 1.57.0 z
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graphtyper:使用全基因组图进行人口规模基因分型 (172个子文件)
caller.cpp 113KB
test_graph.cpp 82KB
graph.cpp 67KB
vcf.cpp 63KB
constructor.cpp 62KB
variant.cpp 62KB
main.cpp 54KB
hts_parallel_reader.cpp 39KB
bamshrink.cpp 37KB
genotype_paths.cpp 37KB
vcf_operations.cpp 34KB
segment_calling.cpp 29KB
genotype.cpp 26KB
vcf_writer.cpp 23KB
variant_map.cpp 22KB
sv.cpp 22KB
test_constructor.cpp 20KB
haplotype.cpp 19KB
genotype_hla.cpp 18KB
test_index.cpp 17KB
alignment.cpp 16KB
haplotype_extractor.cpp 14KB
var_stats.cpp 13KB
var_record.cpp 13KB
sample_call.cpp 11KB
genotype_camou.cpp 11KB
event.cpp 10KB
indexer.cpp 10KB
hts_reader.cpp 10KB
type_conversions.cpp 8KB
genotype_sv.cpp 8KB
test_utilities.cpp 7KB
io.cpp 7KB
bucket.cpp 7KB
reference_depth.cpp 7KB
genotype_lr.cpp 7KB
genomic_region.cpp 7KB
segment.cpp 6KB
ph_index.cpp 6KB
system.cpp 5KB
kmer_help_functions.cpp 5KB
test_kmer_help_functions.cpp 5KB
primers.cpp 5KB
test_genotype_path.cpp 4KB
test_path.cpp 4KB
sam_reader.cpp 4KB
path.cpp 4KB
alt.cpp 4KB
read.cpp 4KB
haplotype_calls.cpp 3KB
test_gyper_aligner.cpp 3KB
variant_candidate.cpp 3KB
variant_support.cpp 3KB
absolute_position.cpp 2KB
test_vcf.cpp 2KB
var_node.cpp 2KB
test_genomic_region.cpp 2KB
graph_serialization.cpp 2KB
read_strand.cpp 2KB
kmer_label.cpp 2KB
label.cpp 2KB
ref_node.cpp 2KB
hts_writer.cpp 1KB
snp_event.cpp 1KB
genotype.cpp 1KB
hash_seqan.cpp 1KB
test_haplotypes.cpp 1KB
test.cpp 992B
test_vcf_io.cpp 949B
index_entry.cpp 932B
sequence_extractor.cpp 911B
ref.cpp 615B
options.cpp 298B
test_variant.cpp 221B
test.cram.crai 59B
test_write.cram 135KB
test.cram 99KB
test.bam.csi 121B
index_test.fa 1KB
index_test.fa.fai 204B
.gitignore 832B
.gitmodules 642B
index_test.vcf.gz 370B
indexz.vcf.gz 184B
alu_sequences.hpp 24KB
log_table.hpp 23KB
gzstream.hpp 7KB
graph.hpp 6KB
haplotype.hpp 4KB
event.hpp 4KB
options.hpp 4KB
hts_parallel_reader.hpp 4KB
variant.hpp 4KB
genotype_paths.hpp 3KB
vcf.hpp 3KB
var_stats.hpp 3KB
hts_utils.hpp 3KB
logistic_constants.hpp 3KB
bgzf_stream.hpp 3KB
graph_utils.hpp 2KB
共 172 条
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