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trieFinder:trieFinder 程序旨在将各种长度的数字基因表达 (DGE) 标签快速映射到 RefSeq、UniG...
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2021-06-15
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查找器 trieFinder 程序旨在将各种长度的数字基因表达 (DGE) 标签快速映射到 RefSeq、UniGene 和/或基因组序列。 它使用来自序列文件的信息对标签进行注释,以适合转录本量化和检测新转录本的格式提供输出。 有关安装、运行和其他文档,请参阅 readme.pdf。 使用示例 给定已排序的短 MPSS 标签: @seq1 GATCGTCTGGAGCCTCCTCAAATGACACAC + !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! @seq2 GATCATGCCGCCGCAGCCATCGCCAAAACC + !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! @seq3 GATCAGACCAGCAACAAACTACAGCATTCA + !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! @seq4 GATCCAGAAGAGCGG
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trieFinder-master.zip (27个子文件)
trieFinder-master
README.md 8KB
mainScript.pl 26KB
src
allTag.cpp 20KB
gzstream
version 18B
gzstream.C 5KB
gzstream.h 4KB
test_gunzip.C 3KB
logo.gif 2KB
README 251B
test_gzip.C 3KB
index.html 6KB
COPYING.LIB 26KB
Makefile 3KB
fastaReader.h 537B
trie.cpp 19KB
trie.h 3KB
readFiles.pl 4KB
mergeAnnotation.pl 4KB
fastaReader.cpp 4KB
Makefile 655B
searchtags.cpp 13KB
testData
database
genome.fa 2.5MB
refseq.fa 27.35MB
unigene.fa 24.93MB
input
test.fq 7.05MB
readme.pdf 106KB
readme.tex 9KB
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