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NGSEPcore:NGSEP是用于分析高通量测序(HTS)读数的集成框架。 NGSEP的主要功能是变体检测器,它允许对具有拷贝...
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NGSEPcore:NGSEP是用于分析高通量测序(HTS)读数的集成框架。 NGSEP的主要功能是变体检测器,它允许对具有拷贝数变异(CNV)的单核苷酸变体(SNV),插入,缺失和基因组区域进行综合发现和基因分型。
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NGSEPcore:NGSEP是用于分析高通量测序(HTS)读数的集成框架。 NGSEP的主要功能是变体检测器,它允许对具有拷贝数变异(CNV)的单核苷酸变体(SNV),插入,缺失和基因组区域进行综合发现和基因分型。 (305个子文件)
buildJar.bat 214B
calculateReadposStatsPeaks 252B
CHANGELOG 21KB
.classpath 549B
COPYING 34KB
Saccharomyces_cerevisiae.fa 11.79MB
Saccharomyces_cerevisiae.gff3 5.4MB
.gitignore 24B
yeastDemo_ann_q40_s_fi_I2_noREP_noCNV.vcf.gz 663KB
NGSEPcore_4.1.0.jar 3.05MB
NGSEPcore_4.0.3.jar 2.98MB
NGSEPcore_4.0.2.jar 2.96MB
NGSEPcore_4.0.1.jar 2.45MB
NGSEPcore_4.0.0.jar 2.37MB
NGSEPcore_3.3.2.jar 2.27MB
NGSEPcore_3.3.1.jar 2.18MB
NGSEPcore_3.3.0.jar 2.15MB
htsjdk-2.22.jar 1.65MB
NGSEPcore_3.2.0.jar 1.54MB
NGSEPcore_3.1.2.jar 1.47MB
NGSEPcore_3.1.1.jar 1.4MB
NGSEPcore_3.1.0.jar 1.35MB
NGSEPcore_3.0.2.jar 1.31MB
NGSEPcore_3.0.1.jar 1.3MB
jsci-core.jar 290KB
AssemblyGraphStatistics.java 57KB
ReadPairAnalyzer.java 51KB
ReadAlignment.java 51KB
VCFGoldStandardComparator.java 41KB
VCFSummaryStatisticsCalculator.java 40KB
VCFConverter.java 40KB
AssemblyGraph.java 39KB
KmerPrefixReadsClusteringAlgorithm.java 38KB
SingleSampleVariantsDetector.java 38KB
KmerHitsCluster.java 34KB
ReadsAligner.java 30KB
ConsensusBuilderBidirectionalWithPolishing.java 29KB
KmerHitsAssemblyEdgesFinder.java 28KB
CNVnatorReadDepthAlgorithm.java 27KB
IndelRealignerPileupListener.java 27KB
HaplotypeReadsClusterCalculator.java 27KB
VCFFileReader.java 26KB
VCFRelativeCoordinatesTranslator.java 26KB
Transcriptome.java 26KB
GenomesAligner.java 26KB
FMIndexReadAlignmentAlgorithm.java 26KB
MultisampleVariantsDetector.java 25KB
VCFWindowIntrogressionAnalysis.java 25KB
VCFFilter.java 24KB
TillingPopulationSimulator.java 24KB
Assembler.java 23KB
SingleSampleVariantPileupListener.java 23KB
KmersExtractor.java 22KB
GFF3TranscriptomeHandler.java 22KB
MinimizersTableReadAlignmentAlgorithm.java 22KB
LayoutBuilderKruskalPath.java 21KB
Transcript.java 20KB
SingleIndividualSimulator.java 20KB
EWTReadDepthAlgorithm.java 18KB
VCFAlleleSharingStatisticsCalculator.java 18KB
CommandsDescriptor.java 18KB
MinimizersTable.java 17KB
CountsHelper.java 17KB
CNVseqAlgorithm.java 17KB
ReadsDemultiplex.java 16KB
ReadsFileErrorsCorrector.java 16KB
IndividualSampleVariantsMerge.java 16KB
AlignmentsPileupGenerator.java 16KB
CalledSNV.java 15KB
FMIndexSingleSequence.java 15KB
AbstractLimitedSequence.java 15KB
VariantDiscoverySNVQAlgorithm.java 15KB
GenotypeImputer.java 14KB
AssemblyPathReadsAligner.java 14KB
ReadDepthDistribution.java 13KB
CalledGenomicVariantImpl.java 13KB
DiploidGenotypeImputationHMM.java 13KB
ReadAlignmentFileReader.java 12KB
FragmentsCutBuilder.java 12KB
GTF2TranscriptomeHandler.java 12KB
DC3SuffixArrayGenerator.java 12KB
FMIndex.java 12KB
Distribution.java 12KB
SingleIndividualHaplotyper.java 12KB
GenHapSIHAlgorithm.java 12KB
TranscriptomeFilter.java 12KB
BiparentalHaploidGoldStandardBuilder.java 12KB
HaplotypeBlock.java 12KB
VCFFunctionalAnnotator.java 12KB
AssemblySequencesRelationshipFilter.java 12KB
TranscriptomeAnalyzer.java 12KB
VCFRecord.java 11KB
VCFComparator.java 11KB
AbstractHMM.java 11KB
VariableTransitionHMM.java 11KB
TillingPoolsIndividualGenotyper.java 11KB
HomologClustersCalculator.java 11KB
VCFFileHeader.java 11KB
BasePairQualityStatisticsCalculator.java 11KB
AssemblyGraphFileHandler.java 11KB
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晔晔匠
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