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GenOO-HTS:高吞吐量测序分析的现代Perl框架-开源
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2021-04-29
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GenOO-HTS [jee-noo]是开源的; 面向对象的Perl框架,专门为设计高吞吐量测序(HTS)分析工具而开发。 GenOO-HTS的主要目的是使简单的HTS分析变得容易,使复杂的分析成为可能。 GenOO-HTS将生物实体建模为Perl对象,并提供允许操纵高通量测序数据的相关属性和方法。 使用GenOO-HTS作为核心开发模块,可以减少管理数据和现有生物实体的开销和复杂性。 GenOO-HTS设计灵活,易于扩展,具有模块化结构,并且对外部工具和库的要求最低。
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genoo-code-2013_04_18.tar.gz (94个子文件)
genoo-code-2ec17b6e16d43fa7c48872c4fe418ab492f8a410
cookbook
01-Introduction.md 9KB
t
sample_data
sample.bed.gz 304B
sample.gff.gz 2KB
sample.fastq.gz 1KB
sample.transcripts.gtf.gz 4KB
sample.fa.gz 221B
sample.sam.gz 41KB
Test
GenOO.pm 2KB
GenOO
Exon.pm 2KB
GenomicRegion.pm 13KB
TranscriptCollection.pm 2KB
RegionCollection
Factory
DB.pm 5KB
BED.pm 3KB
SAM.pm 3KB
RegionArray.pm 2KB
Type
DB.pm 6KB
DBIC.pm 6KB
DoubleHashArray.pm 7KB
Factory.pm 2KB
Intron.pm 2KB
Transcript.pm 5KB
Gene.pm 6KB
TranscriptCollection
Factory
GTF.pm 2KB
Factory.pm 2KB
GeneCollection
Factory
FromTranscriptCollection.pm 4KB
Transcript
UTR5.pm 2KB
Part.pm 4KB
UTR3.pm 2KB
CDS.pm 2KB
RegionCollection.pm 2KB
Module
Search
Binary.pm 4KB
Data
Structure
DoubleHashArray.pm 5KB
File
GFF.pm 7KB
FASTA
Record.pm 3KB
BED.pm 7KB
GFF
Record.pm 3KB
SAM.pm 6KB
FASTA.pm 7KB
FASTQ
Record.pm 3KB
SAM
Record.pm 18KB
BED
Record.pm 6KB
FASTQ.pm 3KB
DB
Alignment
Record.pm 5KB
test_all.t 71B
CHANGES.md 173B
.gitignore 8B
lib
GenOO
Region.pm 7KB
Exon.pm 1KB
GenomicRegion.pm 7KB
TranscriptCollection.pm 984B
Junction.pm 6KB
RegionCollection
Factory
DB.pm 3KB
BED.pm 2KB
DBIC.pm 3KB
SAM.pm 2KB
RegionArray.pm 2KB
Requires.pm 411B
Type
DB.pm 8KB
DBIC.pm 6KB
DoubleHashArray.pm 7KB
Factory.pm 1KB
Intron.pm 1KB
Helper
MyMath.pm 2KB
Spliceable.pm 8KB
Transcript.pm 6KB
Gene.pm 8KB
TranscriptCollection
Factory
GTF.pm 5KB
Factory.pm 951B
GeneCollection
Factory
FromTranscriptCollection.pm 5KB
Factory.pm 1KB
Transcript
UTR5.pm 1KB
Part.pm 2KB
UTR3.pm 1KB
CDS.pm 1KB
RegionCollection.pm 1KB
_Initializable.pm 339B
Module
Search
Binary.pm 3KB
Data
Structure
DoubleHashArray.pm 4KB
File
GFF.pm 6KB
FASTA
Record.pm 2KB
BED.pm 6KB
GFF
Record.pm 5KB
SAM.pm 6KB
FASTA.pm 4KB
FASTQ
Record.pm 1KB
SAM
Record.pm 11KB
BED
Record.pm 3KB
FASTQ.pm 2KB
DB
Connector.pm 2KB
Alignment
Record.pm 2KB
DBIC
Species
Schema.pm 4KB
Schema
SampleResultBase
v1.pm 3KB
Result
Draft.pm 658B
README.md 3KB
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