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haslr:快速读取长短序列杂交基因组的快速工具
共34个文件
cpp:12个
hpp:10个
makefile:3个
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2021-03-08
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HASLR:长读的快速混合组装 介绍 HASLR是用于长测序读数的快速基因组组装的工具。 HASLR是一种混合工具,这意味着它需要使用同一样品的第三代测序技术(例如PacBio或Oxford Nanopore)生成的长读本以及下一代测序读物(例如Illumina)。 HASLR能够在单个计算节点上组装大型基因组。 我们的实验表明,使用64个CPU线程,它可以在不到10小时的时间内组装CHM1人类数据集。 安装 要求 GCC≥4.8.5 Python3 zlib 依存关系 HASLR依赖于以下将自动安装的工具: 用于共识阅读长篇文章 用于组装短读 用于将短阅读重叠群与长阅读对齐 用于FASTA / Q操作 使用conda 可以使用conda软件包管理器通过bioconda渠道安装HASLR: conda install -c bioconda haslr 从源头建造 git clo
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haslr-master.zip (34个子文件)
haslr-master
.gitignore 83B
Makefile 2KB
src
haslr_assemble
.gitignore 32B
Makefile 2KB
src
Commandline.cpp 9KB
Compressed_sequence.cpp 2KB
Assemble.cpp 48KB
Backbone_graph.cpp 39KB
Align_LR2path.hpp 853B
Longread.cpp 27KB
Contig.cpp 7KB
Common.hpp 4KB
Commandline.hpp 291B
Align_LR2path.cpp 41KB
Graph_repeat.cpp 62KB
Compressed_sequence.hpp 470B
Graph_repeat.hpp 1KB
Longread.hpp 3KB
Common.cpp 4KB
main.cpp 13KB
Cleaning.hpp 836B
Contig.hpp 1KB
kseq.h 9KB
Cleaning.cpp 43KB
Backbone_graph.hpp 3KB
Assemble.hpp 1KB
lib
spoa.make 464B
minia_nooverlap
.gitignore 20B
Makefile 687B
nooverlap.cpp 2KB
kseq.h 9KB
bin
haslr.py 19KB
LICENSE 34KB
README.md 9KB
共 34 条
- 1
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王萌昊
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