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deGSM:可扩展内存中的de Bruijn图构造器
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2021-04-28
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介绍 deGSM是一种内存灵活的多线程de bruijn图构造函数。 它适用于为多个参考基因组和大型重测序数据集构建和压缩de bruijn图。 deGSM是一种并行算法,它使用块排序和多路合并的方法彻底解决了内存瓶颈问题。 deGSM从k-mer计数器获取k-mers,并直接在BWT序列中构建图压缩。 deGSM还支持将BWT字符串并行转换为.fasta格式的单路径。 deGSM成功构建了Contig(305Gbp)和Scaffold(1.1Tbp)和Picea abies测序数据集(9.7Tbp)的GenBank序列数据库图,同时保持了较小且灵活的内存使用量。 deGSM主要由刘波和郭洪哲设计,郭洪哲在中国哈尔滨工业大学生物信息学中心开发。 记忆需求 deGSM的内存使用量和磁盘空间使用量可以适合大多数现代服务器和工作站的配置。 用户可以配置其峰值内存占用量,并且峰值磁盘空间使用
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deGSM:可扩展内存中的de Bruijn图构造器 (356个子文件)
libjellyfish-2.0.so.2.0.0 1.21MB
libjellyfish-2.0.so.2.0.0 1.21MB
jellyfish.1 14KB
libjellyfish-2.0.so.2 1.21MB
libjellyfish-2.0.so.2 1.21MB
libjellyfish-2.0.a 2.62MB
libjellyfish-2.0.a 2.62MB
configure.ac 4KB
Makefile.am 8KB
geUnipath.c 180KB
bucket_sort.c 57KB
ubwt.c 24KB
utils.c 9KB
main.c 8KB
ubwt_index.c 4KB
ubwt2unipath.c 4KB
ubwt_query.c 2KB
main.c 1KB
gtest-all.cc 346KB
test_mer_dna.cc 17KB
count_main.cc 12KB
test_large_hash_array.cc 11KB
test_rectangular_binary_matrix.cc 9KB
generator_manager.cc 8KB
test_offsets_key_value.cc 7KB
rectangular_binary_matrix.cc 7KB
test_mer_iterator.cc 6KB
generate_sequence.cc 6KB
bc_main.cc 6KB
test_mer_overlap_sequence_parser.cc 5KB
merge_files.cc 5KB
query_main.cc 5KB
test_whole_sequence_parser.cc 5KB
jellyfish.cc 5KB
test_mer_dna_bloom_counter.cc 4KB
test_dumpers.cc 4KB
int128.cc 4KB
allocators_mmap.cc 3KB
test_misc.cc 3KB
histo_main.cc 3KB
test_text_dumper.cc 3KB
dump_main.cc 3KB
stats_main.cc 3KB
misc.cc 3KB
test_stream_iterator.cc 3KB
storage.cc 3KB
test_hash_counter.cc 3KB
test_generator_manager.cc 2KB
cite_main.cc 2KB
test_file_header.cc 2KB
test_cooperative_pool2.cc 2KB
test_mer_heap.cc 2KB
test_main.cc 2KB
gtest_main.cc 2KB
mem_main.cc 2KB
dbg.cc 2KB
test_mapped_file.cc 2KB
test_stdio_filebuf.cc 2KB
thread_exec.cc 1KB
test_simple_circular_buffer.cc 1KB
info_main.cc 1KB
merge_main.cc 1KB
test_token_ring.cc 1003B
test_int128.cc 995B
mer_dna.cc 953B
backtrace.cc 934B
test_atomic_bits_array.cc 785B
time.cc 751B
test_allocators_mmap.cc 337B
configure 549KB
jsoncpp.cpp 101KB
mersenne.cpp 6KB
depcomp 20KB
.dirstamp 0B
.dirstamp 0B
.dirstamp 0B
.dirstamp 0B
.dirstamp 0B
.dirstamp 0B
.dirstamp 0B
small.fa 157B
GCA_001300935.2_7553_5_78_genomic.fna 2.03MB
.gitattributes 378B
.gitignore 649B
config.guess 44KB
gtest.h 811KB
json.h 60KB
json.h 60KB
ksort.h 9KB
kseq.h 9KB
utils.h 8KB
randomc.h 7KB
bucket_sort.h 3KB
ubwt.h 3KB
geUnipath.h 3KB
config.h 2KB
ubwt_index.h 158B
main.h 99B
ubwt2unipath.h 97B
ubwt_query.h 91B
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余木脑袋
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