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bcalm:低内存中的压缩de Bruijn图构造
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2021-05-27
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平衡计分卡2 BCALM 2是一种生物信息学工具,用于根据测序数据构建压缩的de Bruijn图。 该存储库是BCALM软件的新并行版本。 它使用的是新算法,并使用库实现。 BCALM(版本1)的原始单线程代码仍可在以下位置获得: : 用法 阅读下面的说明进行编译,然后: ./bcalm -in [reads.fa] -kmer-size [kmer_size] -abundance-min [abundance_threshold] 例如 ./bcalm -in reads.fastq -kmer-size 21 -abundance-min 2 重要参数为: -kmer-size [int] k-mer大小,即de Bruijn图的节点长度。 -abundance-min [int] 设置阈值X,在此阈值以下,滤除(严格地)在数据集中少于X次的k-mers; 即通常
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bcalm-master.zip (46个子文件)
bcalm-master
.circleci
config.yml 3KB
CMakeLists.txt 4KB
.gitignore 7B
README.md 5KB
.gitmodules 83B
test
simple_test.sh 640B
minitip.fa 374B
LICENSE 1KB
gatb-core
thirdparty
ThreadPool.h 3KB
lockstdqueue.h 1KB
lockstdvector.h 1KB
lockbasedqueue.h 2KB
concurrentqueue.h 139KB
src
main.cpp 2KB
bcalm_1.cpp 4KB
bcalm_1.hpp 2KB
scripts
convertToGFA.py 5KB
memused 318B
abundance_stats.py 1KB
pufferize.py 6KB
split_unitigs.py 4KB
unitigEvaluator.cpp 6KB
release.sh 69B
example
run-tiny.sh 128B
tiny_read.fa 31B
uf
testUF.cpp 2KB
Makefile 92B
pufferize
refs.fa 197B
run.sh 138B
circular_unitigs_unittests
test2.fa 37B
test3.fa 134B
README 79B
CMD 214B
test1.fa 97B
.travis.yml 1KB
VERSION 7B
bidirected-graphs-in-bcalm2
bidirected-graphs-in-bcalm2.md 11KB
fig4.png 1KB
fig5.png 4KB
fig8.png 17KB
fig1.png 2KB
figs.pptx 44KB
fig33.png 10KB
fig66.png 3KB
fig2.png 4KB
fig7.png 8KB
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