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bruijn_graph:用于基因组重组的 Bruijn 图的实现
共18个文件
py:7个
pdf:2个
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2021-06-01
20:46:23
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德布鲁因图 Bruijn 图的实现应用于基因组重组。 实现是在 Python 中完成的,适用于 Python 2.x 和 3.x。 有两种实现:一种在“src”文件夹中,另一种在“old_src”文件夹中。 “old_src”文件夹中的实现是一个没有优化的旧实现,也不接受参数传递,必须执行/修改的文件是“main.py”。 “src”文件夹中的实现是接受参数的更新和更优化的实现。 我建议你使用它,下面的解释是基于它的。 实现代码由三个文件组成:fasta.py、kdmer.py、assembler.py。 fasta.py 文件读取 FASTA 格式的文件。 kdmer.py 文件通过返回一个 mers 列表来分隔所有 (k,d)-mers。 assembler.py 文件是调用所有其他文件的主文件。 它需要一个参数,即输入文件路径。 在名称为“input1”和“input
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bruijn_graph-master.zip (18个子文件)
bruijn_graph-master
src
kdmer.py 749B
assembler.py 12KB
fasta.py 1KB
referencias
Teoria dos Grafos.pdf 616KB
Links 68B
Remontando Genomas.pdf 8.75MB
README.md 3KB
old_src
kdmer.py 2KB
main.py 2KB
graph.py 12KB
entradas
entrada_rosalind 568KB
entrada_fasta 6KB
file_module.py 1KB
entradas
entrada_rosalind2 568KB
entrada1 9KB
entrada_rosalind1 93B
entrada2 26B
.gitignore 714B
共 18 条
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leeloodeng
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