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debruijn:de Bruijn 图构建工具
共9个文件
h:3个
cpp:2个
c:2个
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2021-06-10
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笔记 这个软件很旧(2011)。 现在有更好的技术。 更好的 de Bruijn 图构造算法是 BCALM: : (这里的可读 Python 代码: : )。 另一个是 Genome-Scale Algorithm Design(第 13.2 章, )一书中包含的实现。 德布赖恩 构建一组读取(FASTA 或 FASTQ 文件)的 de Bruijn 图的软件。 边是出现在读取中的 (k+1)-mers,节点是 k-mers。 在 k-mer(分别为 (k+1)-mer)和它的反向互补体之间没有区别。 它返回 KisSplice 格式(ad-hoc)或 DOT 格式(可以被大多数应用程序打开,包括 Zgrviewer 和 Gephi)的图形。 de Bruijn 图可用于许多下一代测序应用,包括从头基因组组装和变异检测。 对于 k <= 32,此实现使用 ma
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debruijn-master.zip (9个子文件)
debruijn-master
Makefile 313B
fasta.h 163B
tight_tables.h 2KB
merge_graphs.cpp 13KB
debruijn3.cpp 21KB
kmers.h 2KB
kmers.c 13KB
README.md 2KB
fasta.c 3KB
共 9 条
- 1
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侯戈
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